שתי הממשלות בראשותו של בנימין נתניהו, שכיהנו מאז פרוץ משבר הקורונה ועד יוני השנה, כשלו בהיבטים רבים של ניהול המשבר. נתניהו ניהל בעצמו חלק ניכר מן המהלכים והדיונים, בחלק מן הזמן בלי קבינט קורונה ובלי לכנס אותו גם כאשר התחלואה החמירה. הוא החליט לבדו אלו תרחישים לקבל, בלא לבחון חלופות ובלא לבחון את ההשפעות על המשק. כך קובע (יום ג', 31.8.21) מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, בפרק המרכזי בדוח שלו על ההתמודדות עם הקורונה.
הממשלה ה-34 קיימה 24 דיונים שעסקו בהתמודדות עם הקורונה. כמו-כן, קיימה ועדת השרים להכרזת אזור מוגבל שבעה דיונים. נוסף על כך, נתניהו קיים 31 דיונים בפורום בהרכבים שונים, חלקם בהשתתפות שרים. ההרכבים כללו לרוב את ראש המל"ל (המטה לביטחון לאומי) דאז, מאיר בן-שבת, ואת המנכ"לים דאז של משרד האוצר ומשרד הבריאות. הממשלה לא הסמיכה קבינט קורונה, ולא הוכרז על הפעלת הממשלה במתכונת חירום כפי שקובע תקנונה. ההחלטות על הסתייעות במשרד הביטחון, הצגת חלופות לתחזיות התחלואה וההחלטה על רכש מנשמים בתקופת הממשלה ה-34 התקבלו במסגרת פורומים שונים בראשות נתניהו ולא נדונו במליאת הממשלה.
בהחלטת הממשלה מ-24.5.20 נקבע, כי יוקם קבינט הקורונה בראשות נתניהו ובהרכב של 15 שרים נוספים. מאז הקמתו עד 15.10.20 קיים קבינט הקורונה 22 דיונים. באותה תקופה קיימה ועדת השרים לאזור מוגבל שישה דיונים. בהחלטת הממשלה לא הוסמך קבינט הקורונה לקבל החלטות בשם הממשלה, ועד הקמתו מחדש ביולי אשתקד, נדרש אישור של הממשלה לכל ההחלטות שהתקבלו בו.
הפרויקטור מונה באיחור וללא סמכויות קבינט הקורונה לא התכנס בין 3 ביולי ל-2 באוגוסט 2020 והממשלה לא דנה בתקופה זו באמצעים לצמצום התחלואה שעליהם המליץ המל"ל, אף שבתקופה זו חל גידול ניכר במספר החולים במצב קשה. השיהוי בקבלת החלטות הקבינט ביולי ובאוגוסט 2020, ובכלל זה אישור תוכנית "הרמזור", פגע ביכולת לצמצם את התחלואה על-פי המלצת הגורמים המקצועיים, והדבר השפיע על ההחלטה בדבר הטלת הסגר השני ב-18.9.20 - קובע אנגלמן.
משרד הבריאות התקשה בניהול ובמתן מענה אופרטיבי בתחומי הרכש ובניהול מרכז השליטה (משל"ט), אשר נועדו להפחית את סיכוני המגיפה. הפרויקטור הראשון, רוני גמזו, מונה ארבעה חודשים לאחר פרוץ הקורונה, ולמרות שהקשיים של משרד הבריאות בתחומים הניהוליים-אופרטיביים הוצגו בפני מקבלי ההחלטות בתחילת המשבר. מינוי הפרויקטור לא לווה בכתב מינוי ובהגדרת סמכויות, ולפיכך התעכב גם גיבוש תוכנית להתמודדות עם הקורונה.
התפקיד שהוטל על המל"ל והמורכבות של ההתמודדות עם המשבר במהלך גל התחלואה הראשון, הביאו את המטה לבצע תפקידים בעלי אופי אופרטיבי. ניהול משבר לאומי מצריך הפעלת גוף אופרטיבי ייעודי שיוסמך למימוש החלטות הדרג המדיני, מדגיש אנגלמן. פעילותו של המל"ל במשבר הקורונה נעשתה על בסיס המבנה הארגוני הקיים, מבלי לבחון האם הוא מתאים למשימות הקורונה. בתחילת המשבר נדון במל"ל הצורך להקים "צוות אדום" ("איפכא מסתברא") שיאתגר את הנחות העבודה והעשייה, אך הוא לא הוקם.
בדיוני הממשלה וקבינט הקורונה לא התקיים הליך סדור של בקרה ומעקב אחר החלטות נתניהו והממשלה, כדי לאפשר לשרים לדעת על חסמים במימוש החלטותיהם. בעשרה מ-28 דיונים של הממשלה וקבינט הקורונה בין 8.3.20 ל-8.11.20 המל"ל הציג התייחסות לאופן יישום של החלטות קודמות; ב-18 הדיונים האחרים לא הציג המל"ל את תמונת המצב לגבי יישום ההחלטות. בתום הגל הראשון, המל"ל לא השלים תהליך הפקת לקחים בנושא ניהול המשבר. הממשלה וקבינט הקורונה לא קיימו דיון הפקת לקחים בתקופה שבין הגל הראשון לגל השני. נכון לינואר השנה, לא הושלם תהליך של הפקת לקחים ברמה הלאומית ולא הושלמה הפקת לקחים של המל"ל ומשרד הבריאות.
ההדרגתיות של היציאה לא נשמרה עד יוני 2020 לא דנה הממשלה בתרחיש העוסק בהשפעות נרחבות של משבר הקורונה על המשק בהיבטי כלכלה, חינוך ורווחה. נתניהו קיבל את תחזית התחלואה המחמירה של משרד הבריאות בלי שהוצגו לממשלה החלופות השונות, על-אף ההבדלים הניכרים בין התחזיות, וההשפעה של התרחיש הנבחר על היערכות משרדי הממשלה ועל התנהלות המשק.
לאחר שקבינט הקורונה והממשלה קבעו את תחזית התחלואה שתשמש הנחת עבודה לקראת הגל השני, הם הנחו רק את מערכת הבריאות להיערך, בלי שבחנו את המשמעויות על תחומים נוספים כגון חינוך, תעסוקה, כלכלה, תחבורה ותרבות, ובלי שהנחו את המשרדים השונים להיערך. כל זאת, למרות ההשפעה הניכרת שהייתה לגל הראשון על כל התחומים, בדגש על מערכת החינוך והמשק.
המל"ל הכין תוכנית יציאה מהסגר הראשון בהסתמך על המלצות צוותי המומחים. עם זאת, הצעדים הראשונים (מאמצע אפריל עד תחילת מאי 2020) מומשו בלי שהממשלה דנה בתוכנית המל"ל, ובלי שקבעה יעדים ומדדים לבחינת השפעת ההקלות על התפשטות התחלואה. כאשר דנה הממשלה ב-4.5.20 באסטרטגיית היציאה מהסגר, היא לא בחנה את קיומם של התנאים המחייבים ליציאה מן הסגר שהוגדרו בתוכנית המל"ל, ובהם מימוש מנגנון אפקטיבי לקטיעת שרשרת הדבקה.
נוסף על כך, המתווה שאישרה הממשלה ליציאה מן הסגר לא שמר על פערי זמן של שבועיים בין צעדי ההקלות, בניגוד להמלצת המומחים. במאי ויוני 2020 הממשלה שינתה את המתווה שקבעה ואישרה מימוש הקלות בקצב מהיר אף יותר, ללא בחינת ההשפעות שלהם על התפשטות התחלואה. היא המשיכה לאשר הקלות גם לאחר התגברות התחלואה אל מעבר לערכי הסף של שתיים מתוך שלוש "נורות האזהרה" שנקבעו.
כישלון במעקב אחרי הנכנסים מחו"ל מתחילת מאי 2020 ועד לקראת סוף דצמבר 2020, תקופה שבה גדלו באופן עקבי שיעור התחלואה ומספר הנכנסים ארצה, לא נקבעה חובת בידוד במלוניות. הממשלה וקבינט הקורונה לא בחנו את עמדת משרד הבריאות בנוגע לשילוב בדיקות לנכנסים מחו"ל או לבחינת חלופות נוספות לשהייה של 14 ימים במלוניות, על-אף ההבנה שללא בקרה ופיקוח הדוקים יותר על הנכנסים, יהיה קשה למנוע "ייבוא" של גל תחלואה חדש.
על אף ההכרה בסכנה של כניסת וריאנטים של הנגיף לישראל, העלולים להעמיד בסכנה את מבצע החיסון, הפעולות שננקטו מאז נודע על הווריאנט האנגלי בספטמבר 2020 לבלימת כניסתו, אפשרו מעבר של 98% מהנכנסים מחו"ל לבידוד ביתי, בידוד שלא היה יעיל מבחינת הציות של המבודדים ומבחינת פעולות האכיפה. הטיפול בנכנסים מחו"ל מנתב"ג התבסס על פתרון אחד של הפניית 96% מהנכנסים לבידוד ביתי בתקופה שבין אפריל 2020 לפברואר 2021, והדבר הוכח כלא יעיל.
מערך החקירות האפידמיולוגיות החל לפעול במתכונת מלאה רק לאחר שצה"ל הקים את "מפקדת אלון" בתחילת נובמבר 2020, תשעה חודשים לאחר פרוץ משבר הקורונה וחצי שנה לאחר הנחיית נתניהו להקמתו, אשר ניתנה עוד בתחילת היציאה מהסגר הראשון.