אחת הסוגיות המרכזיות שנידונו בוועדה היא הכוונה לשנות את ההנחה המינימלית שמחויבים להעניק בתי החולים לקופות החולים על השירותים, מ-18.5% ל-20%. רו"ח נעה פרסטר, סמנכ"ל כספים של בית החולים שיבא, הסבירה: "ועדת מחירים קובעת מחירים לשירותים שמספקים בתי החולים, אבל כשבתי החולים רוצים למכור את השירות, וכאן מתלבש חוק הקאפ, אנחנו נאלצים לתת לקופות הנחות אל מול המחיר הריאלי. התמחור של ביקור רופא למשל הוא 150 שקל, אבל אם עברתי את התקרה, זה יורד ל-50 שקל. לפני שש שנים החליטו שההנחה תיכנס לחוק ושאנחנו צריכים לתת מהשקל הראשון 18.5% הנחה. זה כמובן גורר גירעון מהרגע שיצאנו לדרך והחוק הזה משך את השמיכה הרבה יותר לטובת הקופות". פרופ' עופר מרין, מנכ"ל שערי צדק הוסיף: ""בחוק הקאפ הקודם הייתה הנחה מינימלית של 18.5% ובתי החולים היו זקוקים ל-3 מיליארד ש"ח כדי לסיים באיזון. עכשיו משנים את זה ל-20%, אז למעשה אפשר היה לתת כל מספר. אם רוצים להעביר את החוק הזה צריך לחוקק סעיפים ברורים שיאפשרו איזון לבתי החולים אחרת אין לו שום משמעות, כל בתי החולים יסיימו עם גרעון ואם לא יהיה מה שיאזן אותו, זה יבוא על גב החולים".
ד"ר מיקי הלברטל, מנהל בית חולים רמב"ם ויו"ר פורום בתי החולים הממשלתיים: "לנו אין שום מלחמה עם קופות החולים או בתי החולים הציבוריים. השיטה עובדת כך שאנחנו מתוקצבים בחסר ובסוף השנה אנחנו צריכים לזחול ולבקש החזרים על הפערים, במקום לתקצב מראש בתקציב ראוי. אין כאן בעיה ניהולית אלא תקציבית ואם מעמיקים את ההנחה מייצרים עוד חוסר איזון תקציבי. הנתונים שהוצגו על-ידי משרד הבריאות הם חלקיים ואין בהם הרבה שקיפות. החוק הוא חוק רע שיפגע באזרחי מדינת ישראל. דיברו אותנו אבל לא שמעו, לא הקשיבו לנו. לא הכניסו שום שינוי משמעותי. אין לו מסר, אין לו חזון".
רועי רייכר, רכז בריאות באגף התקציבים במשרד האוצר, התייחס לטענות: "ניסיון הקשירה בין כל הטענות שעלו כאן לחוק הנוכחי לא נכון. צריך לבדוק את הדברים אל מול המצב הקיים היום ולא על-פי החוק היבש. בפועל ההנחה היום עומדת על כ-23% בממוצע ולא על 18.5%, והחוק מוריד את זה ל-20%. החוק לא מייצר מצב אופטימלי ולא פותר את כל הבעיות אבל הוא מעביר כסף מהקופות לבתי החולים ולא להפך, הוא מעלה את התקרות ואת ההנחה מהשקל הראשון אבל הוא בסופו של דבר נותן יותר".
נציגי קופות החולים טענו גם הם שהחוק דווקא מקטין את ההנחות ופוגע בקופות החולים: רקפת לוי, ראש אגף חשבונאות ומימון בשירותי בריאות כללית אמרה: "ההנחות לקופות בחוק החדש דווקא קטנות, מאות מיליונים שהקופות נדרשות להוסיף על שירותי אשפוז וחשוב שיהיה לנו מנגנוני שיפוי לכך ולוודא שהמקורות שהקופות נדרשות להוציא מעבר יתוקצבו בחזרה לקופות. בתי החולים שלנו גם הם גרעוניים ולא מקבלים סבסוד מהמדינה לגירעונות וגם אנחנו מבקשים שוויון". הראל שרעבי, לאומית שירותי בריאות אמר: "החקיקה הזאת לוקחת כסף משירותי הקהילה ומעבירה אותם לאשפוז. המשמעות של זה היא פגיעה בשירותים שנוכל לתת למטופלים שלנו בקהילה. נתחי השוק של הקופות אינם זהים והחוק גוזר יכולת מתן שירות שונה לכל קופה והיכולת להמשיך ולפתח את השירותים בקהילה מושפע באופן דומה וצריך לראות שלא נוצרת כאן תחרות בתנאים שאינם הוגנים".
ח"כ ישראל אייכלר אמר: "צריך לשנות את כל מבנה התקצוב ולא להפלות בין בתי חולים ציבוריים לממשלתיים. ההבדל ביניהם הוא שהציבורי מביא תרומות למימון ההתנהלות ובונה בניינים, אז המדינה הייתה צריכה לעודד את זה ולא להפך איפה ההיגיון? ". ח"כ אריאל בוסו הוסיף: צריך שיהיה שוויון אמיתי בין בתי החולים הציבוריים והממשלתיים, אחרת לא נצליח להגיע לשוויון גם בשירות לאזרחים". לגבי ההנחות אמר "המחירים נקבעו על-ידי ועדת המחירים וכעת אנחנו מבקשים להוריד את המחיר ולתת הנחה שמגיעה לעשרות אחוזים".