קרן דלק למדע, לחינוך ולתרבות - זרוע התרומות של קבוצת דלק בשליטתו של יצחק תשובה - העבירה עשרות מיליוני שקלים לקרן למורשת הכותל המערבי, למרות שלדעת רשם העמותות הדבר אינו נכלל בין מטרותיה. כדי לתקן ליקוי זה, אישר בדיעבד דירקטוריון הקרן (שהיא חברת לתועלת הציבור) את התרומות, היא שינתה בדיעבד את התקנון שלה ומבקשת מבית המשפט המחוזי בתל אביב לאשר שינוי זה.
הליקוי התגלה, לצד ליקויים נוספים, בדוח ביקורת עומק שערך רו"ח אבי יהודיוף עבור רשם העמותות בשנת 2019 ואשר הוגש בשלהי 2020. בבקשתה של הקרן לאשר את השינוי (26.1.22) לא נזכר סכום התרומות שהועברו לקרן למורשת הכותל המערבי. רק עיון בדוח עצמו, המצורף לבקשה, מעלה שבשנים 2016-2018 תרמה הקרן למטרה זו 21 מיליון שקל, שהיוו 85% מתרומותיה באותן שנים. ההסכם בין שתי הקרנות מבטיח הנצחה ראויה לתשובה, ומן הנספחים לבקשה גם עולה, כי בית הכנסת שנבנה במימונו אמור להיקרא "שערי תשובה". תרומותיה של קרן דלק מימנו את חלק הארי מן העבודות שביצעה הקרן למורשת הכותל, וקרן דלק אף מינתה מהנדס מטעמה לפיקוח על העבודה.
מקור המימון הכמעט-בלעדי של הקרן הוא תרומות של קבוצת דלק, לצד תרומות אישיות (לכל היותר 300,000 שקל) של תשובה עצמו. תשובה מחזיק ב-52% ממניות הקבוצה, בעוד 48% מוחזקים בידי הציבור - כך שבעקיפין, מחצית מכספי התרומות מגיעים מכיסיהם של בעלי המניות מן הציבור, בעוד התמורה בדמות ההנצחה ניתנת לתשובה באופן אישי. תשובה עצמו אינו חבר בהנהלת הקרן - כשם שאינו נושא תפקיד רשמי כלשהו בחברות שבשליטתו - אם כי שתיים מבנותיו חברות בהנהלתה: כרמית אלרואי וקרן אלדר.
הקרן טענה, כי מאחר שבין מטרותיה המקוריות היו גם תרבות וחינוך, הרי שהתרומה לקרן למורשת הכותל המערבי עמדה במטרותיה - אך יהודיוף ורשם העמותות דחו עמדה זו. בעקבות הגשת בקשה לתביעה ייצוגית נגד הקרן בשל תרומות אלו, היא שינתה בדיעבד את התקנון והוסיפה בו את המילה "מורשת", קיבלה את אישור רשם העמותות לשינוי וכעת כאמור מבקשת את אישור בית המשפט.
עיון בדוח של יהודיוף מעלה, כי הוא הצביע על ליקויים נוספים - רובם בלתי מהותיים. יהודיוף מצא, כי הקרן תורמת מדי שנה 400,000 שקל למימון מלגות במכללה האקדמית נתניה (עיר מוצאו של תשובה), כאשר יו"ר דלק ויו"ר הקרן, גבי לסט, יושב גם בחבר הנאמנים של המכללה ואף מחליט אישית על חלוקת מלגות. הקרן הבטיחה לתקן ליקוי זה ולמנוע מעורבות של לסט בתרומות למכללה. ליקוי זהה נמצא בתרומות לתיאטרון אורנה פורת לילדים ונוער, אם כי שם התרומות הסתכמו בכמה אלפי שקלים בשנה.