הובלת אגרגטים (חצץ) ברכבת ממחצבת תמר היא אחד מצעדי המדיניות שהוגדרו ע"י מנהל התכנון בתוכנית המתאר הארצית לכרייה וחציבה (תמ"א 14 ב') כמענה למחסור הצפוי באגרגטים במרכז הארץ משנת 2025 ואילך. אגרגטים הם חומר גלם חיוני לענפי הדיור והסלילה. המסילה החדשה תאפשר הובלת אגרגטים (חומרי חציבה) למרכז הארץ בהיקף שצפוי להגיע בהדרגה עד כ-10 מיליון טון מדי שנה. היקף הובלה זה שווה לכ-1,250 משאיות כבדות מדי יום. אורך המסילה החדשה כ-7 ק"מ והיא תכלול תחנת רכבת מטענים ושלוחות מסילתיות לתוך המחצבה וכן 3 הפרדות מפלסיות. בתכנון המסילה ניתן דגש רב לשמירת ערכי טבע ונוף, הכולל בין היתר הקמת מעבר אקולוגי לבעלי חיים והסטת קטע מכביש 25 לצורך שמירה על שטחים בעלי רגישות סביבתית גבוהה. על-פי התוכנית, צפויה השלמת הקמת המסילה החדשה במסגרת תוכנית החומש הנוכחית של רכבת ישראל בסוף שנת 2025.

לצד מסילת צפע-תמר, ממשיכה רכבת ישראל לקדם תוכניות להקמת שתי תחנות מטענים מרכזיות לצורך פריקת האגרגטים מרכבות והפצתם ללקוחות הסופיים: קדמה - בדרום המטרופולין, מזרחית לקריית מלאכי, ותחנה נוספת בצפון המטרופולין שמקומה המדויק ייקבע ע"י מנהל התכנון. המסופים המתוכננים יהוו נדבך ברשת ארצית של מסופי מטענים רכבתיים בהתאם לתוכנית אסטרטגית שאושרה ע"י הוועדה לנושאים תכנוניים עקרוניים במנהל התכנון בחודש מאי 2020 ובהתאם לתוכנית האסטרטגית לפיתוח רכבת ישראל. להקמת מסופי המטענים בפריסה ארצית יש חשיבות עליונה, כיוון שהיא מנגישה את ההובלה ברכבת לבעלי מטענים שעד כה ההובלה ברכבת לא הייתה אפשרית מבחינתם. מסופי המטענים מאפשרים את ביצוע מרבית מרחק ההובלה למסוף המטענים באמצעות רכבת, ואת העברת המטען מהרכבת להובלה קצרה במשאית (last mile) ללקוח הסופי. לצד מסילת צפע-תמר, ממשיכה רכבת ישראל בהפיכתו של אזור הנגב המזרחי למוקד עשייה רכבתי ארצי, כאשר השנה תחל הקמת שלוחת רכבת חדשה למפעל חיפה נגב טכנולוגיות במישור רותם, לצד פעילות הובלת מטענים צומחת.