המדינה מוציאה עשרות מיליוני שקלים בשנה לתשלום שכרם של עובדים אשר הושעו בשל הליכים משמעתיים נגדם - ותקופות ההשעיה עשויות להימשך מספר שנים. נכון לאוגוסט 2021 היו 114 עובדים, שעלות שכרם למדינה הצטברה ל-90 מיליון שקל - מוסר (יום ג', 10.5.22) מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן. בשנים 2020-2015 גדל ב-126% מספר תיקי המשמעת שפתחה נציבות שירות המדינה, אך רק 20% הובילו ב-2020 לאמצעים משמעתיים (לעומת 31% ב-2015); מספר חקירות המשמעת ירד ב-18% ומספר התלונות שהגיש אגף המשמעת גדל רק ב-15% - מה שמלמד על מתן עדיפות לאמצעים קלים יותר. הנציבות לא קבעה לוחות זמנים לטיפול בתלונות, והזמן הממוצע מגיע כיום ל-20.6 חודשים. 76% מהתלונות הסתיימו ללא צעד כלשהו. הנציבות עובדת מאז 2005 על תיקון חוק המשמעת של עובדי המדינה וסיום המשימה אינו נראה באופק. היא לא נתנה מענה לטיפול של המשרדים בעבירות שחומרתן בינונית, ואין מענה שכזה גם בטיוטה לתיקון החוק. במשרדים רבים מספר חוקרי המשמעת נמוך מן הנחוץ; המצב בולט במיוחד במשרד החינוך: אחד בלבד לעומת צורך ב-18. בנש"ם עצמה ירד מספר החוקרים והתובעים מ-23 ב-2015 ל-20 ב-2020, למרות העלייה במספר התלונות. לנציבות אין כלים מתאימים לבקרה ופיקוח על שלבי הטיפול בתלונות. משרד המבקר מצא שורה של גופים ממלכתיים שקיימים בהם פערים ניכרים בתחום המשמעת. אין מסגרת מלאה לטיפול בעבירות משמעת בבנק ישראל; יד ושם (בו 800 עובדים) טיפל בתלונה אחת במשך חמש שנים; הנהלת מכון התקנים אומרת שאין לה אמצעים מתאימים לטיפול בבעיות משמעת; להנהלת מגן דוד אדום אין מידע מלא על הטיפול בתלונות; תאגיד השידור כאן בחן בעצמו 11 תלונות במקום להעבירן לנש"ם.