לצורך קביעת השומה, עובדי הרשות נדרשים לבחון מידע רב הנוגע להכנסות ולנישומים, כולל דיווחי הנישום, מס שנוכה לו, מידע על עובדיו ותשלומי משכורת, מידע מודיעיני ועוד. אף שהמידע קיים במאגרי המידע של הרשות, מפקחי המס ניגשים לחלק מהמידע באמצעות שאילתות פרטניות וללא תהליך אוטומטי של איסוף מידע ממוחשב והשוואתו. יתרה מכך: לא מתנהל תהליך של כריית מידע של עיבוד אלפי הנתונים הפיננסיים והחשבונאיים המצויים במקורות המידע השונים לגבי אותו נישום.
השוואת הצהרות הון של אותו נישום נעשית בצורה ידנית, למרות שמיכון שלה יאפשר להשוות את ההון באופן אוטומטי, וכך ייחסך זמן עבודה של עובד הרשות. כמו-כן, יהיה ניתן לבצע את השוואות ההון של כל הנישומים החייבים להגיש הצהרות הון, ולהציף לבדיקה פרטנית רק נישומים אשר בבדיקה האוטומטית נמצא בהצהרותיהם הפרש הון בלתי מוסבר. אלא שהרשות לא קידמה את פרויקט הצהרות הון מקוונות לאחר אפיונו על-ידי ועדה ייעודית כבר בשנת 2013.
בשנים 2019-2017 היה פער של 18.6 מיליארד שקל בין הסכומים שנוכו במקור על-פי דיווחי המשלמים לבין דיווחי המקבלים. אומנם הסכום ירד לאורך השנים, אך עדיין מדובר במיליארדי שקלים בשנה. לרשות יש מערכת ממוחשבת חדשה, המאפשרת בקרה מובנית לזיהוי הפערים, אך השימוש בה טרם מתאפשר לכל מפקחי המס ורכזי החוליות. תהליך העבודה המקובל ברשות הוא בדיקה ידנית על-ידי מפקחי המס רק של מקצת התיקים שהוכנסו לתוכנית העבודה והמטופלים לצורך שומה.
לרשות המיסים יש מאגר הכולל 322 טפסים בכל מערכי המס: מס הכנסה, מע"מ, מיסוי מקרקעין, מיסי ייבוא ומכס, מיסים עקיפים אחרים ומענקי עבודה וקורונה. רק 111 מהם הם טפסים מקוונים. לנוכח השיעור של 63% של טופסי המכס ומיסי העיבוא שמוחשבו (מתוך כלל הטפסים בתחום) בולט השיעור הקטן (24%) של טופסי מס הכנסה שמוחשבו. שיעור טופסי המכס ומיסי הייבוא שמוחשבו מתוך כלל טופסי הרשות שמוחשבו הוא 45%, לעומת 35% בלבד מטופסי מס הכנסה - וזאת למרות שגביית מס הכנסה היא ליבת עבודתה של הרשות.
אף שבתוכנית האסטרטגית של שע"ם דובר על מענה ל
לקוחות בכתובת אחת, נכון למועד הביקורת הטיפול בתמיכה במייצגים מפוזר בין שלושה גורמים (דלפק הסיוע, מוקד שירות הלקוחות ומחלקת מרשם מייצגים) המעניקים למייצגים שירותים שונים. עקב כך, יש מייצגים הפונים בטעות למוקד שירות הלקוחות של רשות המיסים, שאינו הגורם המתאים למתן השירות. דלפק הסיוע תומך באלפי לקוחות בחודש ומשיב על פניות מסוגים רבים אשר נדרש לגביהן ידע רב. אולם, בשנים 2019, 2020 ו-2021 נסגרו 72%, 73% ו-75% מהפניות במוקד בהתאמה, ללא העברה לגורמים חיצוניים.
