ממשלת ישראל לא קיבלה כל החלטה הנוגעת להסכם ההפעלה של רכבת ישראל, על-אף שתוקפו של ההסכם הקיים צפוי להסתיים היום (31.3.23). בשל כך, האריך דירקטוריון רכבת ישראל את תוקפו של ההסכם הנוכחי עד ל-9 באפריל 2023, או עד למועד כניסת ההסכם החדש לתוקף - המוקדם מביניהם. התוספת להסכם טעונה חתימה של נציגי הממשלה. הסכם הפיתוח וההפעלה נחתם בין רכבת ישראל לממשלת ישראל ב-17 ביוני 2014, ועניינו הסדרת סבסוד הפעילות השוטפת ופעילות הפיתוח של החברה לשנים 2020 עד 2013. בינואר 2016 נחתם הסכם נוסף לתקצוב תוכניות הפיתוח של החברה. בשנים האחרונות התנהל משא-ומתן בנוגע לתקצוב החברה לשנים 2025-2021. רכבת ישראל דיווחה לפני עשרה ימים כי על-אף שהצדדים למשא-ומתן הגיעו להסכמות, טרם נחתם הסכם. "לעיכובים בחתימה על ההסכם השלכות אסטרטגיות של ממש. מגיוס מעטפת כוח אדם המתאימה לקליטת כמות פרויקטים האסטרטגיים המתוכננת הן להגדלת הקיבולת המסילתית והן להגדלת הניצולת המסילתית, דרך יכולת החברה להתפתח ולהכיל בעתיד את הגידול בכמות הנוסעים הצפויה. ככלל, שינויים בסדרי העדיפות הלאומיים ו/או קיצוצים בתקציב המדינה עלולים להשפיע לרעה על הסכם הפיתוח וההפעלה הנוכחי והעתידי וכתוצאה מכך לפגוע בהיקף הסובסידיה להובלת נוסעים והובלת מטענים, והמימון (תוכנית הפיתוח) אותם מקבלת החברה מהמדינה", נכתב בדוח השנתי. עוד טענה רכבת ישראל כי יש לה תלות קריטית בהסכם ההפעלה ובהעברת הכספים מהמדינה לפי הסכם זה. "יתרה על כן, התלות בסובסידיה שוטפת גדלה. שכן, סליקת הרווחים מנסיעות נוסעים ברכבות נעשית כעת ישירות על-ידי משרד התחבורה ולאחר מכן המדינה מעבירה לרכבת הכנסות דרך תשלום הסובסידיה", ציינו ברכבת. עוד ציינו כי אי-העברת תשלומים מהמדינה לחברה לצורך החזר התחייבויות למשקיעי אגרות החוב, עלול לפגוע ביכולת עמידתה של החברה בהתחייבויותיה כלפיהם, במוניטין החברה וביכולת הגיוס העתידית שלה.