בנוגע לליקויים המופיעים בדוח, אמר יו"ר הוועדה: "הוועדה תתן שנה לבחון את כל ההליכים שהחלו בנציבות שירות המדינה בעקבות הדוח. שנה לסיים את הכל זה זמן מספיק טוב. נקיים דיון בעוד שנה לבדוק האם תוקן הכל. שינויי חקיקה לא יקרו ולכן מה שחשוב שזה ייעשה במסגרת הפעילות של הנציבות. אך כן יש לתת סמכויות לתאגידים הסטטוטוריים - אם אנחנו ניתן לממונים סמכויות לסל עבירות גדול יותר, יהיה אפשרות שהם יוכלו לטפלו בעצמם. כמו-כן, יש לבזר את הסמכויות למשרדים עצמם ובכך יוכלו בנציבות להיפטר ממחצית מהתיקים ולהתרכז בעברות משמעותיות ומהותיות. אם הענישה תהיה בהתאם ולא סתם נזיפה - נראה ייעול ושיפור בבעיות המשמעת". דגנית שי, מנהלת אגף ביקורת במשרד המבקר, אמרה בהצגת דוח המבקר כי לאורך שנים ניכר כי לא נעשו דברים משמעותיים לקידום הליך המערך וגם אם כן מדובר במשהו מינורי. מספר תיקי המשמעת שנפתחו בשנים 2020-2015 גדל ב-126%, ועם זאת, שיעור המקרים שבהם מצאו אגף המשמעת או המשרדים כי יש ממש בחשד שהועלה ולכן ננקטו אמצעי משמעת או הוגשה תובענה לבית הדין למשמעת, מכלל הפניות שהתקבלו, פחת בשנים 2020-2015 מ-31% ל-20%.

בדוח נכתב כי הנציבות לא קבעה תקן בדבר משך ההליך המשמעתי לרבות שלבי הטיפול בו. משך הטיפול הממוצע בתלונת משמעת התארך מ-18.5 חודשים בביקורת הקודמת ל-20.6 חודשים בביקורת הנוכחית. עוד נכתב כי לא גובש הסדר הולם הנותן מענה לחולשת הטיפול של המשרדים בעבירות משמעת, בייחוד עבירות שחומרתן בינונית. הסדר כזה אף לא מוטמע בטיוטה של תיקון חוק המשמעת שבכלל לא קודם. כמו"כ אין אפשרות להגיש ערר על ההחלטות בתחום המשמעת (שאינן בתחום ההטרדות המיניות). שי ציינה כי העומס בטיפול בעבירות משמעת כיום כבר ככה עמוסה אבל יש להסדיר החלת חוק המשמעת גם על תאגידים ציבוריים. לדבריה, הנהלת בנק ישראל טרם הסדירה מסגרת נורמטיבית שלמה לטיפול בעבירות משמעת בבנק על-אף שחלפו 15 שה שהחוק מחייב אותם. כמו"כ יד ושם טיפל בחשד אחד לעבירת משמעת במשך יותר מחמש שנים ועשה שימוש בתקנון משמעת כללי שאינו מתאים לתחומי העשייה של הארגון.

עו"ד גיא דוד, מנהל אגף משמעת בנציבות שירות המדינה, אמר בדיון: "איננו חושבים שאנחנו בסדר ויש עלינו לתקן הרבה דברים. במשך חמש שנים אחרונות אלו הייתה עלייה תוספתית של 126 תיקים נוספים ומנגד כמות התקנים ירד. העלייה בתלונות היא בתחום הטיפול הטרדות מיניות. אנחנו פועלים לתעל את ההליכים ולהגדיל את המשאבים. לדבריו, "בשביל שנציב שירות המדינה יוכל להשהות עובד, זה קורה רק לאחר שבודקים את הראיות היטב, העובד מוזמן לשימוע פרונטלי ורק לאחמ"כ כצעד אחרון. אנחנו רואיןם בזה צעד מאוד פוגעני כלפי העובד. מקום העבודה הוא חלק מהזהות של כל אחד ובטח כעובדי מדינה. היה מקרה של עובד פרקליטות שעמד לדין על משהו איזוטרי והנציבות אמרה לא ייתכן שהוא בחדר אחד יתבע נאשמים ובחדר אחר הוא יהיה בעצמו נתבע. בדבריו הסביר דוד כי תיקון חוק המשמעת יתן סמכויות יתר למשרדים ובכך יסייע לצמצום העומסים כפי שעלו בדוח. עוד אמר כי הנציבות מתנגדת להחלת חוק המשמעת גם לעובדים בתאגידים סטטוריים.

עו"ד שירה סיידלר ממשרד המשפטים אמרה בדיון כי כיום הנוהל הקובע לאחר שינוי התקנות בכנסת הוא שמשמעות ההשהייה בשכר היא רק לשלושה חודשים בלבד שהתשלום יורד לחצי ואחר כך מתקבל שכר מלא בעוד בעבר בכל ששת החודשים הראשונים להשהייה זה היה חצי. נציגי הנציבות אמרו בדיון כי הם התנגדו לשינוי התקנה והורדה מחצי שנה לשלושה חודשים בלבד. ראש אגף בכיר משאבי אנוש בכנסת, מירה פירשטיין, שיבחה בדיון את שיתוף הפעולה והעזרה שמעמידה נציבות שירות המדינה בכל התהליכים והטיפול בעבירות משמעת, "עומדים בהתייעצות שוטפת עם הנציבות ויש שיח מקצועי ויעיל. הכשרנו עתה חוקרת משמעת שזה יהיה תפקיד נוסף לתפקידיה האחרים בכנסת. לעובדים סדרתיים בעבירות משמעת, ההתראה והנזיפה הם שום דבר וזה לא אמצעי הרתאה וצריך להרחיב את האפשרוית בנושא".