מנכ"ל הרבנות הראשית, יהודה כהן, נאלץ לסגת מהוראתו לפעול נגד חלק מרכזי ברפורמת הכשרות שהנהיג מתן כהנא בעת כהונתו כשר לשירותי דת בשנת 2021. זאת, בעקבות עתירה לבג"ץ של יצרן בשר ולאחר התערבות המשנה ליועצת המשפטי לממשלה, כרמית יוליס. במרכז הרפורמה של כהנא עמד ניתוק הקשר בין המשגיחים לבין המושגחים ויצירת תחרות בשוק הכשרות. כהנא קבע, כי כל רב המוסמך על-פי דין להעניק תעודת הכשר, יוכל לעשות זאת גם מחוץ למקום מושבו, בתנאי שיבטיח באמצעות צוות מתאים את השמירה המלאה על דיני הכשרות. חלק זה של הרפורמה בא לידי ביטוי בסעיף 2א(2)(ד) לחוק איסור הונאה בכשרות. הרבנות הראשית התנגדה בתוקף לרפורמה זו, שעברה בחקיקה ראשית, אשר נטלה ממנה את המונופול על הכשרות. הרבנים הראשיים, הרב דוד לאו והרב יצחק יוסף, התבטאו נגדה בחריפות רבה ומועצת הרבנות הראשית אף הזהירה, כי רב שיפעל על-פי הרפורמה - הוא "פורץ גדר" (ביטוי שמשמעותו מוות או הטלת נידוי). עם זאת, בפועל היא לא פעלה נגד הרבנים שהעניקו הכשרים על-פי החקיקה החדשה. יצרנית הבשר הודלי, לה יש מפעל באום אל-פחם אשר קיבל הכשר על-פי הרפורמה, ומשווק הבשר שי רון עתרו לבג"ץ בנובמבר אשתקד בטענה, כי כהן (שנכנס לתפקידו בינואר 2023) שינה את מדיניות הרבנות והחל לפעול לטרפוד מרכיב זה של הרפורמה. העותרים טענו, באמצעות עו"ד אביעד הכהן, כי כהן הסיג את גבולה של רשות התביעה, האכיפה והפיקוח של הרבנות וזאת בחריגה מסמכות ותוך פגיעה בעצמאותן של רשויות האכיפה ברבנות - וזאת בהתעלם מהתרעתו של היועץ המשפטי של הרבנות, הראל גולדברג. לדברי העותרים, בנובמבר האחרון שלח כהן מכתב ל"רבני ישראל" ובו אסר עליהם לתת הכשרים למפעלים ולעסקים שמחוץ למקומות מגוריהם, תוך שהוא מסתמך על החלטת מועצת חכמי התורה של ש"ס לפיה רבנים שיפעלו על-פי הרפורמה יזומנו לבירור בידי הרבנות הראשית [News1 מציין, כי על-פי פרסומים שלא הוכחשו - הרב יוסף מיועד לעמוד בראשה עם סיום כהונתו בהמשך השנה]. כהן הוסיף: "פקחי מחלקת אכיפת חוק הונאה בכשרות יבצעו ביקורות בשטח וככל שימצא כי רב מקומי נתן תעודת הכשר מחוץ לתחומו, תוגש נגדו תלונה משמעתית והוא יוזמן לבירור בפני ועדת המשמעת של מועצת הרבנות הראשית. בנוסף, תעודת הכשרות תחשב לכזו שאינה עומדת בנהלי הרבנות הראשית והדבר יובא לידיעת הציבור"; המכתב אף תורגם לערבית. הודלי ורון ביקשו מבג"ץ לאסור על כהן להתערב בתחום הכשרות, לבטל את החלטות הרבנות בנוגע לרפורמה ולבטל את מכתבו של כהן ואת ההנחיות שנתן לביצועו. בתגובתה לעתירה מסרה המדינה (8.1.24), כי בסוף דצמבר שלח כהן מכתב ליוליס, ובו קיבל את עמדתה המשפטית, הצהיר שמכתבו נועד רק להבהיר את עמדת הרבנות הראשית, "ובהתאם לכך יש לראות את הנחייתי בנוגע לאכיפה בעניין הענקת תעודת כשרות מחוץ לתחום, כמתייחסת רק למקרים בהם לא מתקיימים הקריטריונים הקבועים לכך בחוק וכבטלה בכל הקשר אחר. הובהר לי כי כיום אין לרבנויות המקומיות סמכות פיקוח ובקרה בעסקים בהם הן אינן מעניקות תעודות כשרות ולפיכך לא ייערכו ביקורות מטעמן בעסקים אלה". כהן גם התחייב מראש לקיים ללא סייג את הכרעתה של יוליס אם לא תושג הסכמה בדיון שהוא מבקש לקיים אצל השר לשירותי דת, מיכאל מלכיאלי. יוליס השיבה, כי על כהן להעביר את מכתבו מדצמבר לכל הגורמים שקיבלו את מכתבו מנובמבר, וציינה שמשמעותו של המכתב היא ש"הרבנות לכשרות ארצית לא תערוך ביקורת בעסקים בהם היא אינה מעניקות תעודות כשרות". היא גם ביקשה לקיים את הישיבה אצל מלכיאלי בהקדם ולהעביר לה בתוך 45 יום את עמדת הרבנות. הפרקליטות העירה, כי מכתבו השני של כהן יתורגם לערבית. תשובת המדינה הוגשה באמצעות עוה"ד דניאל מארקס וקובי עבדי.