תמ"א 42, תוכנית מתאר ארצית משולבת לתחבורה יבשתית, היא מהתוכניות החשובות באשר לאופן שבו תיראה מדינת ישראל בכל הקשור לכבישים ולמסילות ברזל.
משרד התחבורה סיים את הכנתה בשנת 2019, והמועצה הארצית לתכנון ובנייה אישרה אותה במרס 2020 – אולם עד היום, מעיר
מבקר המדינה, לא הוגשה תמ"א 42 על-ידי המועצה הארצית לתכנון ולבנייה לאישור הממשלה, עקב מחלוקת בין משרד התחבורה למשרד האוצר לגבי כתב השיפוי ולגבי מתן פיצויים לבעלי המקרקעין או לבעלי הזכות שנפגעו מתמ"א 42, וממילא היא לא אושרה בהחלטת ממשלה ולא נכנסה לתוקף.
על-פי הפסיקה היום, ניתן לתבוע פיצויים גם מתוקף תוכנית מתאר ארצית. בשל כך, ובשל החשש של משרד האוצר שהמגבלות הקבועות בתמ"אות יביאו לפיצויים רחבי היקף, לא מאושרת בממשלה גם תמ"א 41 לאנרגיה. משרד התחבורה פעל כדי לקדם שינוי חקיקה כך שסעיף 197 לחוק התכנון והבנייה לא יחול על תוכניות מתאריות, אך התיקון לא אושר בכנסת. לנוכח העובדה שלא ניתן להעריך את גובה הפיצויים שייגבו אם תאושר תמ"א 42, משרד האוצר מתנגד לאישורה.
ביקורת המעקב שערך מבקר המדינה העלתה כי משרד התחבורה פעל לתיקון מחצית מהליקויים שעלו בדוח הביקורת הקודם, שפורסם במרס 2019 - 7 מתוך 16 תוקנו במידה רבה, ואחד נוסף תוקן באופן מלא.
הליקוי הנוגע לתת-ייצוג או להעדר-ייצוג משרד התחבורה במוסדות התכנון הארציים ובוועדות המקומיות לתכנון ולבנייה תוקן במידה מעטה. היעדר ייצוג עלול להוביל להיעדרו של "מבט-על" בכל נושאי התחבורה הציבורית בדיונים השונים במוסדות התכנון והבנייה, ולהיעדר התייחסות לתחבורה הציבורית בדיונים בוועדות ובמוסדות התכנון הארציים, ובכללם גם להיעדר התייחסות לתכנון ולקידום של התחבורה הציבורית.