אשר למיגון מבני מגורים, לפי המשרד לשוויון חברתי, מצב המיגון ביישובים הבדואיים המוכרים לא פחות טוב מזה שביישובים יהודיים. עם זאת, משרד הביטחון לא העביר נתונים על כך למרכז המחקר והמידע של הכנסת, ולכן לא היה באפשרותו לאמת את הטענה הזאת. בדוח מבקר המדינה משנת 2018 דווח על פערי מיגון ביישובים הבדואיים המוכרים. כמו-כן, לנוכח טבעה של הבנייה בפזורה, בתי המגורים בה אינם ממוגנים. פסיקה של בג"ץ משנת 2017 לא חייבה את המדינה להתקין מיגון ביישובי הבדואים. אולם המשרד לשוויון חברתי פועל עם פיקוד העורף להוספת מיגוניות לתושבים הבדואים. קול קורא שפורסם ב-4 בדצמבר 2023 נועד לתקצב מיגוניות ביישובים הבדואיים המוכרים. אשר לפזורה, המשרד החל בהצבת מיגוניות מסוג "הסקו" (שקי חול גדולים שתוחמים שטח שבו התושבים יכולים להסתתר בשעת התרעה על ירי טילים). בתשובת משרד הביטחון נמסר כי מתחילת המלחמה הוצבו ביישובים הבדואיים (ובכללם בפזורה) כ-44 מיגוניות ו-32 מיגוניות הסקו. בתשובת משרד הביטחון לא הובהר מי הגורם שהציב את המיגוניות האלה ביישובים, ולכן לא ברור אם יש חפיפה בין נתוני משרד הביטחון לנתוני המשרד לשוויון חברתי. כמו-כן המשרד פועל להצבת מיגוניות בתחנות הסעה של תלמידים, בעיקר כדי לשפר את תחושת השייכות של התושבים, אף שלא ברור אם בשטחים אלו יש אזעקות באמצעות צופרים, ולא ידוע אם לתלמידים יש טלפון נייד שבו מותקן יישומון פיקוד העורף. ב-21% מבתי הספר של החברה הבדואית בנגב אין מיגון כלל. לצורך ההשוואה, הנתון המקביל ברמה הארצית הוא 15%. לכמחצית מבתי הספר במועצות האזוריות אל-קסום ונווה מדבר אין כל מיגון.