בנימין נתניהו החליט לבדו על רכישת חיסוני הקורונה מחברת פייזר בדצמבר 2020, בלא לעדכן כלל את קבינט הקורונה ובלא שהממשלה הסמיכה אותו לקבל לבדו החלטה כה משמעותית. כך מגלה (28.5.24) מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, בדוח מיוחד על ניהול המשבר ברמה הלאומית. ממשלתו של נתניהו (ממאי 2020 עד יוני 2021) וממשלתו של נפתלי בנט (מיוני 2021 עד יוני 2022) הקימו קבינט קורונה. בפועל, בשתיהן פעלו במקביל מנגנונים נוספים שבאמצעותם התקבלו החלטות הנוגעות לניהול המשבר. עם פרוץ הקורונה הטיל נתניהו על ראש המל"ל דאז, מאיר בן-שבת, לתכלל את ניהול המשבר והגדיר אותו כמוביל המאמץ הלאומי להתמודדות עם משבר הקורונה. בנט העביר את תפקיד התכלול והתיאום הבין-משרדי לפורום חיתוך מצב לאומי (פורום חתמ"ץ) בהובלת הממונה דאז על ההתגוננות במשרד הביטחון. אנגלמן מגלה, כי בסמוך לחתימה על ההסכם עם חברת פייזר לרכישת החיסונים מתוצרתה, בראשית דצמבר 2020, התקיימו כמה שיחות טלפון בין נתניהו לבין מנכ"ל פייזר, אלברט בורלא. בשיחתם המסכמת נקבע, כי עד סוף מארס 2021 תספק פייזר חיסונים לכמחצית מאוכלוסיית ישראל הבוגרת, ונתניהו אמר שהוא מוכן להעניק לה בלעדיות בתקופה זו; באותה עת לא היה לאף חברה אחרת מענה נרחב ומהיר דומה. עד אוקטובר 2022 רכשה ישראל חיסונים ואופציות לרכש חיסונים בסכום של 3.4 מיליארד שקל. בסך-הכל נרכשו 29 מיליון חיסונים, במחיר ממוצע של 117 שקל לחיסון. במבחן התוצאה, החלטתו של נתניהו להיענות בחיוב להצעת פייזר למתן בלעדיות לחברה עד מארס 2021, תרמה למניעת תחלואה קשה ואף מנעה מוות של ישראלים רבים, אומר אנגלמן. עם זאת, למעט שני עידכונים כלליים לגבי המגעים שהתקיימו עם חברות התרופות ולגבי הצורך להמתין לאישור ה-FDA את החיסון, ההחלטה והעובדה שהנושא כבר סוכם טלפונית עם בורלא, לא דווחו ע"י נתניהו או כל גורם אחר לקבינט הקורונה, שהיה הגורם המוסמך להחליט על כך. מדובר בהחלטה שהייתה כרוכה באותה העת בסיכונים לבריאות הציבור, גם אם אלו סיכונים מחושבים. אנגלמן קובע: "אין זו החלטה רגילה או פעוטה שנכון לקבלה על-ידי גורם אחד, בכיר ככל שיהיה, ללא הסמכה ע"י הממשלה. נוכח כובד משקלה, ובהתאם להחלטת הממשלה, מתחייב היה להעביר את הנושא לדיון והחלטה של קבינט הקורונה". הממשלה לא החליטה להסמיך את נתניהו לקבל החלטות אלו במקומה, הוא מדגיש. בתחילת דצמבר 2020 שוחח נתניהו עם בן-שבת, שר הבריאות דאז, יולי אדלשטיין, ובכירים במשרד הבריאות. בשיחה נדונו ההדלפות מקבינט הקורונה והוזכרה חובת הסודיות המסחרית כלפי חברות התרופות. בעקבות זאת, נתניהו מסר לקבינט הקורונה באותו חודש דיווחים כלליים בלבד על המגעים עם פייזר. אנגלמן קובע: "החשש מפני הדלפה לא רצויה אינו יכול להצדיק את הדרך שבה התקבלה ההחלטה, ולהפך, יש להתמודד עם תרבות קלוקלת של הדלפות מפורומים בכירים, כמו גם לקבוע לשם קבלת ההחלטות, פורום מצומצם ומוסמך שיאפשר קבלת החלטה מהירה, באופן יעיל ומיטבי ותוך הקפדה על סודיות".