הפרקליטה הצבאית הראשית, אלופה יפעת תומר ירושלמי, הנחתה (27.5.24) את מנגנון התחקור המטכ״לי לתחקר את התקיפה ברפיח.
אמש (א') כלי טיס תקף יעדי טרור משמעותיים ברפיח, בהם בכירים במטה הגדה של חמאס, שהכווינו פיגועים של פעילי חמאס ביהודה ושומרון וביצעו פיגועים רצחניים כנגד אזרחי מדינת ישראל. התקיפה התבצעה על בסיס מידע מודיעיני מקדים על הימצאותם של המחבלים במקום.
בצה"ל אומרים כי טרם התקיפה ננקטו צעדים רבים על-מנת לצמצם את הסיכוי לפגיעה בבלתי מעורבים, הכוללים בדיקת חוזי מהאוויר, שימוש בחימוש מדויק ומידע מודיעיני נוסף, שעל בסיסם הוערך כי לא צפוי היה להיגרם נזק לאזרחים בלתי מעורבים.
ברקע הטענות השקריות של הפלשתינים, על כך שהתקיפה בוצעה באמצעות שבעה חימושים במשקל טון, כאשר התקיפה בוצעה באמצעות שני חימושים בעלי ראש קרב מוקטן המותאמים לתקיפה מטרות מסוג זה, מבהירים בצבא, שהתקיפה לא בוצעה במרחב ההומניטרי באל מוואסי, אליו צה"ל קרא לאוכלוסייה להתפנות.
האירוע מתוחקר על-ידי מנגנון התחקור המטכ״לי, גוף עצמאי שאחראי על בחינת אירועים חריגים בלחימה. המנגנון מתחקר את הנסיבות למותם של אזרחים במרחב התקיפה. מדובר צה"ל נמסר כי צה״ל מצר על כל פגיעה בבלתי מעורבים במסגרת הלחימה.