שירות בתי הסוהר שגה לפחות פעמיים בהזנת כתב האישום נגד השר לשעבר גונן שגב למערכת המחשב שלו (מערכת צוהר). כך מגלה החלטה של שופט בית המשפט העליון, יצחק עמית. שגב, לשעבר חבר כנסת ושר האנרגיה, הורשע בשנת 2019 במסגרת הסדר טיעון בריגול חמור למען אירן ובמסירת סודות לאויב ונדון ל-11 שנות מאסר; כתב האישום המתוקן אסור בפרסום. המדינה מסרה באותה עת, כי שגב העביר למפעיליו מידע הקשור למשק האנרגיה, לאתרים ביטחוניים בישראל, למבנה ולבעלי תפקידים בגופים מדיניים וביטחוניים ועוד. כדי לעמוד במשימות שהטילו עליו מפעיליו, קיים שגב קשרים עם אזרחים ישראלים הקשורים לתחום האבטחה, לביטחון המדינה וליחסי החוץ שלה. שגב פעל כדי לקשר חלק מהגורמים הישראלים לגורמי המודיעין האירניים, תוך שהוא מנסה להציג את האחרונים כגורמים עסקיים תמימים. במהלך ריצוי מאסרו הבין שגב, כי כתב האישום המצוי במערכת צוהר אינו זה שבו הורשע, שכן יש בו ארבעה אישומים ולא שניים; נאמר בו שהוא הורשע בריבוי עבירות ריגול חמור ובעשרות עבירות של מסירת מידע לאויב, בעוד כתב האישום המתוקן מדבר רק על מספר עבירות; ונותרו בו סעיפים שהוסרו במסגרת הסדר הטיעון. במארס אשתקד הורה בית המשפט המחוזי בנצרת לשב"ס לאפשר לשגב לעיין בכתב האישום המתוקן בהשגחה ולפרק זמן קצוב. כאשר התברר שאכן כתב האישום שבמערכת אינו זה שבו הורשע, הוא ביקש מבית המשפט להורות לתקן את הטעות. המדינה השיבה שעשתה זאת, אך שגב שב ועתר בטענה שעדיין מדובר בכתב אישום שגוי. המדינה אישרה שאכן "נפלה טעות בפירוט כמות העבירות בשתי העבירות בהן הורשע. בכתב האישום אשר נמצא בידי המשיבים נכתב בשוגג 'ריבוי עבירות' במקום 'מספר עבירות'". רק באפריל השנה אישר השב"ס שכתב האישום הנכון הוכנס למערכת והועבר לשגב, אך הוא טען שעדיין יש טעויות. שגב גם ביקש לבטל את פסקי הדין שניתנו בעתירות האסיר שהגיש לאורך השנים, בטענה שהתבססו על כתבי האישום השגויים שהיו במערכת צוהר. עמית דחה (6.8.24) את בקשותיו של שגב, באומרו ש"על אף חוסר הנוחות שמעוררת הבקשה" בשל הטעויות החוזרות - לא מדובר בנושא עקרוני המצדיק רשות ערעור בעתירת אסיר. כתב האישום הנוכחי שבמערכת הוא הנכון, מציין עמית, ולכן שגב קיבל את מבוקשו העיקרי. בקשתו בנוגע לפסקי הדין בעתירות האסיר הועלתה בעלמא, ללא הפניה להליכים הרלוונטיים ולפגמים הנטענים שנפלו בהם, ובכל מקרה - המדינה הבהירה שבאותם הליכים היא הגישה לבית המשפט את כתב האישום המתוקן בו הודה שגב. עמית מוסיף: "לא למותר לציין את חשיבות הימצאות כתב האישום המתוקן בו הורשע מבצע העבירה במערכות הצדק השונות. בצדק ציין בית משפט קמא בהחלטתו כי ראוי שההתנהלות שהובילה להימצאותו של כתב אישום שגוי במערכת צוהר תיבדק ותיבחן על-ידי הגורמים המוסמכים לכך, במיוחד במקרים בהם כתב האישום חסוי ולאסיר אין יכולת לעיין בו כדרך קבע". את המדינה ייצג עו"ד נועם נורקין.