במהלך נדיר ואולי אף חסר תקדים, מתבקש בג"ץ (16.2.25) להכריע במחלוקת בין הסניגורית הצבאית הראשית לבין הרמטכ"ל ובכירים נוספים בצה"ל, בנוגע לנוהל שפורסם אשתקד בדבר "הליך בירור מינהלי להטרדות מיניות". את העתירה הגישה הסניגורית הראשית, אל"ם אופירה אלקבץ-רוטשטיין, נגד הרמטכ"ל, רב-אלוף הרצי הלוי; ראש אכ"א, אלוף דדו בר-כליפא; הפרקליטה הצבאית הראשית, אלוף יפעת תומר-ירושלי (שהיא גם המפקדת הישירה שלה); ויועצת הרמטכ"ל לענייני מגדר (יוהל"ם), תא"ל אלה שדו-שכטמן. על-פי העתירה, הנוהל מאפשר לפרקליט צבאי וליוהל"ם ליזום "הליך בירור מינהלי" של תלונות על הטרדות מיניות, שלטענת אלקבץ-רוטשטיין הוא למעשה חקירה לכל דבר. הנוהל אמור להוות מסלול משלים לחקירה במקום בו לא הוגשה תלונה למצ"ח (המשטרה הצבאית החוקרת), אך לדבריה זהו "מסלול עוקף" לדרכים האחרות לטיפול במקרים כאלה, כגון העמדה לדין צבאי או לדין משמעתי. "ההסדרים בנוהל מקלים באופן משמעותי על המברר על חשבון פגיעה בזכויותיהם של הנילונים, ביחס להליכי הבירור והחקירה הקיימים בצה"ל, המוסדרים באופן המבטיח את הוגנות ההליך", נאמר בעתירה. בין היתר, הנוהל שולל מן הנילון את הזכות לקבל את מלוא הראיות, אינו מאפשר חקירה נגדית אפקטיבית ולעיתים אף חוסם בפניו מידע מהותי (כגון זהות המתלונן ומלוא פרטי התלונה). עוד טוענת אלקבץ-רוטשטיין, כי הנוהל יוצר "מסלול מהיר" להשהיה, הדחה, ביטול מינוי ופיטורין של אנשי קבע, והוא עלול לעודד תלונות שווא. הבירור אינו נעשה בידי מפקדיו של הנילון, אלא בידי מי שכפופים ליוהל"ם - תוך ניגוד עניינים, שכן היא מופקדת על זכויות נפגעי העבירה. המבררים יכולים להמליץ על שורה של צעדים, עד כדי פיטורים - וזאת ללא הליך משפטי, נאמר עוד. שדו-שכטמן אף מסרה לאחרונה, כי הליכים כאלה אכן הביאו לסיום שירותם של כמה אנשי קבע. לטענת אלקבץ-רוטשטיין, אין כל סמכות שאפשרה ליצור את הנוהל, שהוא "מנגנון לא חוקי, דורסני ומפלה, המטיל צל כבד על המשרתים בצבא, אשר הופשטו באחת מזכויותיהם ומכללי הצדק הטבעי, והכל בשל בחירתם להימנות עם שורות הצבא". עוד היא אומרת כי מדובר בסתירה לחוק יסוד כבוד האדם וחרותו, וכי הוא "מפר ומאיין, ברגל גסה, את עקרונות הצדק הטבעי ואת זכויותיהם הבסיסיות של המשרתים בצבא להליך בירור הוגן".