סגנית מנהל מחלקת הבג"צים בפרקליטות, נטע אורן, אמרה כי הצהרתו של ראש הממשלה, בנימין נתניהו, לאחר פסק הדין בנושא רונן בר הייתה "הפרה בוטה של הנחיית היועצת המשפטית, פגיעה בתוקפו של פסק דין של בית המשפט העליון, והתבטאויות שהן חלק מסדרה משמעותית של התבטאויות של ראש הממשלה, שבכולן יש הטלת דופי או יצירה של דה-לגיטימציה בחקירות בטענה שכל מטרתן היא למנוע את המשך כהונתו. הוא שב וקושר את עצמו לחקירות ומדגיש את האינטרס שלו בהן גם לאחר פסק הדין". זה היה הבסיס לקביעה לפיה נתניהו מצוי בניגוד עניינים ושהתנהגותו זיהמה את תהליך המינוי באותו ניגוד עניינים, הסבירה אורן. "לא מדובר על חשש לניגוד עניינים, אלא על ניגוד עניינים שהתממש". השופט אלכס שטיין תהה, מה לא בסדר אם נתניהו סבור שהיועצת טועה. הנשיא יצחק עמית התערב והזכיר, כי בג"ץ קבע שוב בהרכב של תשעה שופטים שהיועצת היא הפרשן המוסמך של החוק. שטיין הסביר, שיש צדק בטענה שהחוק מחייב שמינוי ראש השב"כ ייעשה בהמלצת ראש הממשלה, ולכן אין מנוס שהוא יפעיל את סמכותו למרות שהוא בניגוד עניינים. "עכשיו נשאלת השאלה האם זה הכרחי ומה הצעדים שצריך לנקוט כדי למזער את הנזק שבניגוד העניינים. אומר ראש הממשלה: נטרלתי את הבעיה על-ידי כך ש[דוד] זיני לא יעסוק בחקירות". אורן השיבה, שיש להעביר את הסמכות לשר אחר. שטיין הגיב, שהעברת סמכות אפשרית רק בהוראת חוק מפורשת, ושהחוק מדבר על שר ולא על ראש הממשלה. הנשיא יצחק עמית התערב: "ראש הממשלה תמיד נחשב לשר. על זה אף פעם לא הייתה מחלוקת". אורן השיבה, שכבר היו מקרים בהם ראש הממשלה העביר סמכויות סטטוטוריות לשרים אחרים. השופטת גילה כנפי-שטייניץ אמרה כי השאלה היא האם הדבר אפשרי גם בסמכויות הנתונות רק לראש הממשלה, וכי אינה רואה שהיועצת גלי מיארה שקלה חלופות אחרות. לדבריה, בחוות הדעת אין התייחסות כלשהי לתכליותיו של חוק השב"כ, בו יש זיקה גבוהה מאוד לראש הממשלה. אורן השיבה, כי שיח של נתניהו עם מיארה היה מונע את המצב הנוכחי, וכי נתניהו המתין עד הרגע האחרון במינוי ממלא-מקום ראש השב"כ ולכן אישרה מיארה את מינויו של ממלא-מקום. לדבריה, בשל מעשיו של נתניהו, לא ניתן היה להציע חלופה רכה יותר. שטיין תהה כיצד חוות דעתה של מיארה עולה בקנה אחד עם הוראת חוק השב"כ, לפיה ראש הממשלה הוא שימליץ על ראש השב"כ. עמית שוב התערב: "זה נכון לגבי כל בעל תפקיד וכל סמכות. עקרון ניגוד העניינים חל בכל מקום". השניים המשיכו ונחלקו בשאלה האם זהו מקרה בו קיים צורך להפעלת הסמכות למרות ניגודי העניינים. עמית המשיך ושאל, האם חוות הדעת של מיארה מעשית, גם מצד פתרון ניגוד העניינים וגם מצד קבלת אישור הכנסת. "אנחנו מדברים על ניגוד עניינים שהוא ממוקד בזמן, ממוקד בסיטואציה מסוימת ובנושא מסוים, והשאלה היא אם הזמן לא יכול לפתור את זה". אורן השיבה בחיוב: "החקירות נמצאות בנקודה דרמטית, ואחרי שמעורבותו של ראש השירות תפחת, ניגוד העניינים יפחת". כנפי-שטייניץ אמרה כי ספק האם זהו ניגוד עניינים המצדיק התערבות על-פי הנחיות היועץ המשפטי לממשלה. אורן השיבה, שנתניהו יוכל לעבוד היטב עם ראש השב"כ גם אם לא הוא שימנה אותו. לדבריה, די בסרטונים התכופים של נתניהו כדי לדעת מהם הלחצים המופעלים על חוקריו. "מי שחפץ קידום ירצה לעסוק בחקירות האלה? צריך גיבוי של ראש השב"כ", טענה.