במהלך הלילה פרסם משרד החוץ תיעוד מההשתלטות, שבו נראית בין היתר הפעילה הסביבתית גרטה טונברג. "גרטה וחבריה בטוחים ובריאים", נכתב בהודעה הרשמית. עוד נמסר כי כלל הנוסעים יגורשו מאוחר יותר לאירופה. המשט יצא לדרכו בסוף אוגוסט מתחנות שונות באירופה וצפון אפריקה, ובהן גנואה, ברצלונה, קטניה ותוניסיה. על גבי יותר מ-40 כלי שיט הפליגו כ-500 פעילים, שטענו כי הם נושאים טונות של תרופות ומזון שיועדו להיכנס ישירות לעזה, בניגוד לעמדת ישראל. לאורך הדרך הפעילים שידרו בשידור חי וצילמו את השתלטות חיל-הים כדי להפיץ את המחאה ברשתות החברתיות. בטרם בוצעה ההשתלטות קרא חיל-הים אל הספינות וקרא להן להימנע מכניסה לאזור החסום לשיט. "אתם מתקרבים לאזור חסום. אם אתם רוצים לספק סיוע לעזה, אנא עשו זאת בערוצים המקובלים. בבקשה שנו את מסלולכם לנמל אשדוד, שם הסיוע יעבור בידוק ביטחוני, ואז יועבר לרצועת עזה", כרזה להם קצינה מחיל-הים. מן המשטרה נמסר כי משעות הבוקר פעלו מאות שוטרים ולוחמי משמר הגבול בנמל אשדוד שבו נקלטו עד לשעות הערב, עם צאת יום הכיפורים, יותר מ-250 משתתפים שהיו על הספינות, עברו בידוק והועברו להמשך טיפול בידי רשות האוכלוסין, שב"ס וכוחות הביטחון. עוד נמסר כי המבצע צפוי להסתיים רק עם הטיפול בסירה האחרונה.