האיחוד האירופי משיק את אחד השינויים הגדולים ביותר בתחום בקרת הגבולות בעשורים האחרונים: החל ב-12 באוקטובר 2025 תחל לפעול מערכת EES (Entry/Exit System), מערכת דיגיטלית שתתעד את כניסות ויציאות של אזרחים ממדינות שאינן חברות באיחוד האירופי, כולל ישראל. המערכת תחליף את החותמות הידניות בדרכון ותאסוף נתונים ביומטריים - צילום פנים וארבע טביעות אצבע - לצד פרטי הדרכון, תאריכי כניסה ויציאה, ומידע על סירוב כניסה אם התרחש. הנתונים יישמרו למשך שלוש שנים, או חמש שנים במקרה של שהייה מעבר למותר. ה-EES תיושם בהדרגה לאורך גבולותיה החיצוניים של 29 מדינות אירופיות, כולל כל מדינות שנגן, למעט אירלנד וקפריסין. היישום ההדרגתי יימשך עד 10 באפריל 2026, אז צפויה המערכת לפעול באופן מלא בכל נקודות המעבר. המערכת החדשה תאפשר: מעקב מדויק אחר משך השהייה (עד 90 ימים בכל 180 ימים); זיהוי שוהים מעבר לתוקף; מניעת הונאות זהות; שיפור האבטחה והפחתת זמני ההמתנה בגבולות. בהמשך, צפויה להיכנס לתוקף גם מערכת ETIAS (European Travel Information and Authorisation System) - אישור נסיעה מקוון שיחייב את כל אזרחי המדינות הפטורות מוויזה, כולל ישראל, להגיש בקשה מראש לפני כניסה לאזור שנגן. האישור יהיה תקף לשלוש שנים ויעלה 20 אירו, אך ילדים מתחת לגיל 18 ומבוגרים מעל גיל 70 יהיו פטורים מתשלום.