פרשת הצוללות קיבלה בטעות את השם "תיק 3000". כך אומר (1.2.26) סגן-ניצב בדימוס יורם נעמן, שהיה מחוקריו של בנימין נתניהו, בעדותו במשפט נתניהו. נעמן גילה, כי הוא שנתן את המספר - לאחר תיקים 1000 (המתנות) ו-2000 (נוני מוזס) ולפני תיק 4000 (וואלה) - וכאמור עשה זאת בטעות. נעמן אמר: "איש לא יודע, אבל אני קבעתי את המספר 3000. זה היה בהמשך לחשדות לפיהן דוד שמרון היה שלוחו של נתניהו בכל מה שקשור לעסקה הזאת. זו טעות. פניתי באופן ספונטני ליחידה הרושמת וביקשתי לתת את המספר הזה. אני לא זוכר מה עבר לי בראש. היה לנו מפגש עם המפכ"ל [רוני אלשיך], והוא שאל בצורה כועסת למה 3000, ואמרתי: זו הייתה טעות". הסניגור, עו"ד עמית חדד, טען שהמשטרה חקרה בתיק 3000 חשדות נגד נתניהו מבלי לקבל את אישורו של היועץ המשפטי דאז, אביחי מנדלבליט. נעמן השיב: "יש דינמיקה של שאלות. כאשר משה יעלון אומר משהו, טבעי שממשיכים לשאול אותו". חדד ציטט מתוך עדותו של דוד שרן, לפיה החוקרים בתיק 3000 ביקשו ממנו לספר את כל הידוע לו על נתניהו. נעמן: "אני לא מכיר את זה". בהתייחסו לתיק 4000, אמר נעמן: "אני מניח שהיענות חריגה צריך להשוות למקומות אחרים ולראות מה חריג. לא בדקנו מקומות אחרים". לטענתו, נתניהו היה מנוע מלחתום על הסכם המיזוג של בזק ו-yes גם אם הדרגים המקצועיים המליצו, משום שהיה עליו לומר שיש חברות בינו לבין שאול אלוביץ. "נתניהו חתם על תצהיר בו אמר שאלוביץ הוא חברו ורעו מזה 20 שנה. ברגע שהוא אמר את זה, אני לוקח את זה כעובדה", אמר.

"הבעיה היא החתימה על ההיתר"

חדד: "מדוע לא היו חיפושים בוואלה?" נעמן: "היה שיתוף פעולה מלא מצד אילן ישועה וקיבלנו ממנו את כל החומרים". חדד: "בדקתם לראות איך ישועה מתכתב עם פוליטיקאים אחרים ועם אלוביץ לגבי פוליטיקאים אחרים?" נעמן: "אני לא חקרתי את ישועה". חדד: "מהיכן הביטחון והאמון שישועה העביר את כל החומרים? הרי לשיטתך הוא עבריין שצריך לחקור באזהרה". נעמן: "קיבלנו את החומרים מרשות ניירות ערך. אני לא יודע אם זה היה הכל". חדד טען, כי סיקור החקירה בוואלה היה אוהד למשטרה - כאשר במקביל לא בוצעו חיפושים במשרדי האתר. נעמן הגיב: "אין בעיה עם סיקור אוהד; הבעיה היא כאשר אתה צריך לחתום על היתר במקביל". השופט משה בר-עם: "האם מידת החברות רלוונטית לצורך הזיקה?" נעמן: "בהחלט". בר-עם: "בדקתם את מידת החברות?" נעמן: "מבחינתי סיפק התצהיר. אי-אפשר להגיד על נתניהו שהוא חותם על מסמך בלי להבין". נעמן הכחיש את הטענה לפיה אישר את תרגילי החקירה בעניינו של ניר חפץ. לדבריו, בנסיבות בהן מדובר - חקירה של ראש ממשלה - היא הייתה חקירה טובה. נעמן עמד על כך שהחוקרים לא הציעו לאיש להיות עד מדינה, אלא שיקפו לחשודים את מצבם כדי שיגיעו בעצמם למסקנה זו. הוא אישר, כי אלוביץ וחפץ סומנו מראש כעדי מפתח - מי שיוכלו לספר את האמת. חדד: "הם סומנו מראש כעדי מדינה. אין דרך אחרת שחשוד יהפוך לעד". נעמן: "זה יקרה אם יבין שהוא מסובך ויפנה אלינו ויציע את עצמו כעד מדינה". חדד התייחס לעייפותו הקשה של חפץ בחקירתו ושאל מתי צריך להפסיק את החקירה במצב כזה. נעמן השיב, כי לעיתים נחקרים עושים תרגילים ויש לבדוק כל מקרה לגופו. לדבריו, הוא היה שוקל לעצור את החקירה במצב בו היה נתון חפץ, אך לא הוא שהחליט להמשיך את החקירה. לדבריו, הוא היה מודע לתלונותיו של חפץ, אך סבר שמפקדיו טיפלו בהן.