נשיא בית המשפט העליון, יצחק עמית, הקפיא זמנית (6.3.26) חלק מן המהלך להדחתו של מנכ"ל הרבנות הראשית, יהודה כהן, אותו מוביל השר יריב לוין (בתפקידו כשר לשירותי דת) והרב הראשי לישראל, הרב קלמן בר. עמית הורה שלא ליישם עד החלטה אחרת את החלטתו של ממלא-מקום נציב שירות המדינה, דניאל הרשקוביץ, בדבר העברת סמכויותיו של כהן לידי מנכ"ל המשרד לשירותי דת, יהודה אבידן. בעתירתו טוען כהן, כי עם כניסתו לתפקיד בינואר 2023, הוא "מצא רבנות עם שדרת ניהול חסרה, איוש משרות על-ידי עובדים שלא עמדו בתנאי הסף הנדרשים לתפקידם, איוש תפקידים במינויים זמניים, ותרבות ארגונית קלוקלת. העותר החל פועל לתיקון ליקויים אלו אך הוא מוצא עצמו נאבק כל העת מול גורמים שונים". בספטמבר 2023 נפתחה חקירה משמעתית נגד כהן בעקבות תלונת עו"ד הראל גולדברג, שהיה אז היועץ המשפטי של הרבנות. בסוף 2025 הוחלט להעמידו לדין משמעתי ובתחילת השבוע דחה בג"ץ את עתירתו נגד החלטה זו. במקביל, אומר כהן, הוא נפגש עם לוין שהציג בפניו את דרישת הרב בר להדיחו והציע לו לעבור לתפקיד בכיר אחר בשירות הציבורי. לדברי כהן, בחודש שעבר ביקש לוין מהרשקוביץ להדיח אותו, בנימוק של אי-אמון חריף ומתמשך בינו לבין הרב בר "ועל-רקע חוסר היכולת של הרבנות הראשית לתפקד כראוי". לוין הוסיף שהוא ביקש לשמוע את תגובתו של כהן לטענות אלו; כהן מכחיש. הרשקוביץ הודיע לכהן בשבוע שעבר שהחליט לפעול להדחתו. באי-כוחו של כהן טענו בתגובה, כי מדובר בנסיונות של הדרג הפוליטי להתערב בהפעלת סמכויותיו וכי הטענות נגדו נוגעות בעיקרן להפעלת סמכותו העצמאית משיקולים מקצועיים. בהמשך הורה כאמור הרשקוביץ להעביר את סמכויותיו של כהן לידי אבידן. לטענת כהן, מדובר במהלך חסר תקדים המהווה חריגה מסמכות ושרירותיות, הנובע מכך שאבידן מנסה בכל דרך אפשרית לסלקו מתפקידו. "מדובר במהלך של התערבות גסה ובוטה של דרג נבחר, הן שר ומנכ"ל מטעמו והן רב ראשי, בעבודתו המקצועית של דרג מקצועי", הוא מוסיף. כהן גם מבקש מבג"ץ לבטל את הליך הדחתו. בנספח לעתירה מובאת טיוטת כתב האישום המשמעתי נגד כהן, ולפיה הוא פעל "בהתעלם מהחוק ומהתקנות המחייבות אותו, ובהתעלם מחוות דעת הייעוץ המשפטי של משרדו, של גורמי נציבות שירות המדינה ונציגי היועצת המשפטית לממשלה". על-פי הטיוטה, כהן פגע בפעילות יחידת הפיקוח על הכשרות ובמנהל היחידה דאז, רפאל יוחאי; הורה שלא כדין לקזז את שכרן של עובדות בלשכה המשפטית; ופרסם הוראות הנוגדות את הרפורמה בכשרות שאישרה הכנסת [ולה התנגדו בתוקף הרבנים הראשיים]. כהן מיוצג בידי עוה"ד יובל יועז ואיילה הוניגמן.