שופטת בית המשפט העליון, יעל וילנר, דחתה (29.1.26) שתי עתירות נגד האצלת סמכויות שר הביטחון, הנוגעות למינהל האזרחי ולישראלים ביהודה ושומרון, לבצלאל סמוטריץ' במסגרת תפקידו כשר נוסף במשרד הביטחון. וילנר קובעת, כי הממשלה תיקנה את הליקויים שנפלו במהלך. סמוטריץ' מונה לשר הנוסף (במקור לצד יואב גלנט, כיום לצד ישראל כ"ץ) וקיבל את הסמכות על מתאם פעולות הממשלה בשטחים והמינהל האזרחי. לצד זאת הוקמה מינהלת ההתיישבות שהוכפפה לסמוטריץ, וסמכויות הנוגעות לתחום האזרחי במינהל האזרחי הועברו מראש המינהל לסגנו האזרחי (משרה חדשה). גלנט וסמוטריץ' הסכימו, כי האחרון ישא באחריות המיניסטריאלית לכל התחומים שהועברו אליו - אם כי יהיה כפוף בפעילותו לשר הביטחון. נגד מהלכים אלו עתרו תחילה קבוצת אזרחים ולאחר מכן האגודה לזכויות האזרח ועמותת יש דין. בעתירה הראשונה נטען שהם נוגדים את חוק יסוד הצבא ואת חוק יסוד הממשלה, ובשנייה - שמדובר בסיפוח בפועל של יו"ש תוך הפרת החוק הבינלאומי ופגיעה בפלשתינים. ביוני שעבר הציע בג"ץ למחוק שתיים מההסכמות משום שעמדו בניגוד לחוק יסוד הממשלה, ושלישית - משום שהיא הייתה מנוגדת לדיני האצלת סמכות; המדינה הסכימה. וילנר אומרת: "אין לכחד: השינויים המבניים שנערכו במשרד הביטחון ובמינהל האזרחי אכן עוררו קשיים בלתי מבוטלים. יצירת מערך אזרחי אשר יהיה אחראי על ניהול העניינים האזרחיים באזור, והכפפתו במישרין, הן מבחינה מקצועיות הן מבחינה 'פיקודית-מינהלית', לשר בממשלת ישראל, באופן שיוצר הפרדה - או אם תרצו 'חיץ' - בין מערך זה לבין המערכת הצבאית, אינה עולה בקנה אחד עם התפיסה המקובלת לפיה הריבון בשטחי האזור הינו המפקד הצבאי. "יתר על כן, הקונסטרוקציה המשפטית שבה נעשה שימוש ליצירת מערך כאמור - אצילה של סמכויות משר הביטחון לשר הנוסף במשרד הביטחון, ואצילת סמכויות ראש המינהל האזרחי לסגן האזרחי, תוך יצירת מנגנונים שלא מאפשרים בפועל לגורמים המאצילים לבטל את ההאצלה, ולעשות שימוש בסמכויות המואצלות, במקרים בהם יראו בכך צורך - לא עלתה בקנה אחד עם כללי המשפט המינהלי בדין הישראלי". אולם, ממשיכה וילנר, השינויים שבוצעו ריפאו ליקויים אלה: הוסר החיץ בין המערך האזרחי לבין המערך הצבאי, שכן הוסרו ההגבלות על יכולתו של שר הביטחון ליטול בחזרה את הסמכויות שהואצלו לסמוטריץ; ובכך גם נשמטה הקרקע מתחת לטענה שמדובר בשינוי המעמד המשפטי של יו"ש ובסיפוח בפועל. השופט יחיאל כשר הסכים עם וילנר. השופט עופר גרוסקופף אומר כי אינו בטוח שהתיקונים ריפאו את הפגמים המהותיים המקוריים, שכן הם נעשו לאחר שנתיים וייתכן שהסוסים כבר ברחו מהאורווה. ייתכן ש"התפיסה לפיה המערך האזרחי במינהל האזרחי נפרד ואוטונומי מהמערכת הכפופה למפקד הצבאי, וכפוף לשר הנוסף בלבד, כבר מוטמעת היטב בשטח, כך שכל תיקון פורמלי במסמך ההבנות כבר לא יועיל לשנותה. אם זהו אכן המצב שנוצר בשטח, פשיטא כי על המשיבים לנקוט צעדים אופרטיביים נוספים שיבטיחו כי מערך הכפיפויות הנורמטיבי יוחזר על-כנו - ולא רק להלכה, אלא גם למעשה". עם זאת, גרוסקופף מסכים שבחינת המצב הנוכחי חורגת מהעתירות הנוכחיות ולכן אין מקום להמשיך לדון בהן. "חזקה על המשיבים כי יידעו לפעול על-מנת שהתיקונים עליהם הוסכם ימצאו ביטויים לא רק עלי ספר, אלא גם באופן בו מתנהלים הדברים הלכה למעשה במינהל האזרחי. למותר לציין כי דלתו של בית המשפט תיוותר פתוחה ככל שיתברר כי הלכה לחוד, ומציאות לחוד". את העותרים ייצגו עוה"ד חגי קלעי, מיכאל ספרד ורוני פלי, ואת המדינה - עו"ד יונתן נד"ב.