האם חכמי התוספות עסקו במאגיה ובתורת הסוד? זו השאלה עימה מתמודד פרופ' אפרים קנרפוגל בספרו "סוד, מאגיה ופרישות במשנתם של בעלי התוספות". בספר זה עומד קנרפוגל על שימושם של בעלי התוספות אשר חיו בארצות אשכנז, אירופה הצפונית, במאות ה-12 וה-13, בשמות קדושים ובמנהגים בעלי אופי מאגי. המחקר עד כה טען, כי בעלי התוספות לא עסקו הן מחוסר עניין והן מחוסר ידיעה בתורת הסוד על משמעויותיה השונות בה בעת שהתרחקו מן הפילוסופיה. תורת הסוד פירושה מאגיה ומיסטיקה.
אל מול הטענה שהעלו המחקרים, מבקש קנרפוגל להוכיח כי המאגיה הייתה בתודעתם של בעלי התוספות והם עסקו בה גם אם לא באופן תדיר או מעשי. את טענותיו הוא מוכיח בעזרת כתבי יד ומן ספריהם של חכמי אשכנז, חכמים שלהם נזקק קנרפוגל להוכיח את קשריהם עם חכמי התוספות. חכמי אשכנז עסקו בפרישות וייתכן כי הייתה להם השפעה על חכמי התוספות אשר מהם שאבו את עיסוקם ותובנותיהם בתורת הסוד, וכן בעיסוק בפרישות כפי שמראה המחבר. פרישות שהיא התנהגות הכרורה בחסידות היוותה את אחד מן המאפיינים את דמותו של "החסיד הישן" אשר מסתגף וממעט עצמו מן ההתערבות בענייני העולם על-מנת להגיע לתובנות רוחניות שונות.
האופי המיסטי המחבר טוען כי בזיקה שנוצרה בין חכמי אשכנז אשר עסקו במאגיה כספר חסידים לחכמי התוספות, הרי שהושפעו מקמצם של אלו האחרונים ועסקו בהשבעת מלאכים, ניתוח השם המפורש, תפילות תאורגיות, וכן בחוויות מיסטיות אשר הובילו אף לחישובי הקץ המשיחיים ובתחומים רוחניים נוספים. כך עולה כי מנהגים רבים אשר נהגו בהם חכמי אשכנז ובעלי התוספות הם בעלי אופי מיסטי, מהם מנהגים רבים שאנו נוהגים אף היום. חכמי התוספות חיברו פירושים עיוניים בשיטת הפלפול לתלמוד, וכרש"י וכחכמי אשכנז נוספים שעסקו באופן יתר אף במקרא, הרי שהיו מקצתם שעסקו בתחומים מן הסוד. הספר מביא את החיבור ספרות ההיכלות וכן ספרים נוספים אשר מהם למדו חכמי אשכנז וכן ספרים נוספים במאות ה-10 וה-11.
ספר נוסף, "תולדות תורת הסוד היהודית", העוסק אף הוא בחכמי אשכנז הקדומים ובעיסוקם במיסטיקה, מייחד את כרך ה' שלו אל חוג משפחת קולונימוס. בספר זה מנתח המחבר את שיטתם של בעלי תורת הסוד ודן ארוכות בחכמי אותה קבוצה ובמאפיינים הייחודיים לכל אחד מן אישיה. שיטותיהם אשר עוסקות בנסתר ובמיסטיקה מובאות בספרים שחיברו על תחומי הסוד. הספר עוסק במשפחת קולונימוס ונע במאות ה-10 וה-11. חכמים אלו, אשר חיו במגנצא וורמיזא, היו נתונים לרדיפות אך יבולם התורני היה רב. הספר מנתח כאמור את מאפייניהם, שיטותיהם ותורתם.
