ביוני 2013, ערב סיום כהונתו כרב הראשי לישראל, נעצר הרב
יונה מצגר בחשד לקבלת שוחד של מאות אלפי שקלים ולהלבנת הון במסגרת תפקידו. באותה עת נשלח מצגר למעצר בית, אך בנובמבר 2013 שבה המשטרה ועצרה אותו והפעם הוא נשלח למעצר של ממש. המשטרה טוענת, כי מצגר קיבל את השוחד בין היתר באמצעות "עמלות" מתרומות שגייס, בעיקר בחו"ל, עבור עמותות שונות. עוד נטען, כי את רוב הכסף הלבין באמצעות רכישת דירות ורישומן על שמות קרובים ומקורבים, וכי בחיפוש בביתו נמצאו מאות אלפי שקלים במזומן מוטמנים בתוך ספרי קודש.
המשטרה גם מייחסת למצגר עבירה של שיבוש הליכים, כאשר נטען שהוא הוקלט מנסה לשכנע את עוזרו לשעבר שיטול על עצמו את האחריות תמורת טובות הנאה. המשטרה הצליחה לגייס לפחות עד מדינה אחד נגד מצגר, ולדברי בית המשפט בהארכת מעצרו - הראיות נגדו מוצקות.
