כדי למכור בישראל תוצרת אורגנית נדרש החקלאי לעמוד בפיקוח של אחד משלושת הארגונים שהוסמכו לכך - אגריאור, סקאל ישראל ו-IQC. בנוסף, 450 מתוך 500 המגדלים בישראל חברים גם בארגון לחקלאות אורגנית, שסמלו הוא "טוב השדה", המוטבע כתו איכות על גבי מוצרים אורגניים, המעיד כי החקלאי מלווה בידי מדריך אורגני מוסמך לאורך כל תהליך הייצור.
ואכן, כל חמשת הגידולים שנמצאו פגומים מפוקחים על-ידי חברת אגריאור, חברת הפיקוח הגדולה בישראל, המוסמכת בידי משרד החקלאות לפקח על תוצרת אורגנית. אגריאור מפקחת גם על שלוש החנויות שבהן נמצאו גידולים נגועים.
ברשתות השיווק לא מסתמכים בלעדית על אישור חברות הפיקוח, ומבצעים גם בדיקות מדגמיות משלהן. בשופרסל, למשל, לא מוצעים כעת למכירה מלפפונים אורגניים בעקבות חריגות שהתגלו, והוחלט להחליף את המגדל באחר.
האם הימצאותם של חומרי הדברה משמעה כי החקלאים רימו וריססו את הגידולים מאחורי גבינו? לא בהכרח. ד"ר גולנר מסביר כי "חומרי הדברה יכולים לחדור לגידול גם באופן עקיף, למשל כאשר חומרי הדברה מרחפים באוויר משדה לא אורגני לשדה אורגני. בעיות נוספות עלולות להתרחש בשרשרת השיווק: כאשר מניחים ירקות אורגניים במרכול לצד ירקות רגילים, עלולה להיות זליגה של חומרי הדברה".
לביא מעיד כי מדובר בבעיה נפוצה: "בחנויות שוררת לעתים קרובות אי בהירות לגבי מה אורגני ומה לא, מהיכן מגיע כל מוצר ומה טיבם של המוצרים הנמכרים בתפזורת. כמעט שאין חנויות המוסרות בצורה מסודרת מאיזה חקלאי הגיע כל גידול. גם העובדים לא תמיד בקיאים בחומר, ולעתים קרובות מוסרים מידע לא מדויק".
את כל הבעיות האלה אמור הפיקוח למנוע באמצעים כמו הקפדה על מרחק ראוי בין השדות או הפרדה מוחלטת במרכולים. לדברי גולנר, הבעיה המרכזית נובעת מאחסון ושינוע של ירקות אורגניים יחד עם תוצרת לא אורגנית: "אמצעי אחסנה, תובלה ושינוע נפרדים הם עניין יקר למדי", הוא אומר.
עו"ד פלג מפנה אצבע מאשימה גם כלפי משרד החקלאות: "התוצאות מלמדות כי משרד החקלאות שאמור לשמור עלינו - נרדם בשמירה. הממצאים מצטרפים לממצאים קודמים לגבי חומרי ריסוס ברמה אסורה וחומרים אסורים לשימוש בפירות וירקות ברשתות השיווק".