מזה מספר שנים שהחברה לפיתוח מזרח ירושלים מנהלת עם החברה לשיקום ולפיתוח הרובע היהודי מגעים, בתיווך נציגי החברות הממשלתיות, ביחס לאתר מרכז דוידסון. על-פי הסכם השכירות המקורי, משנת 1991, נקבע כי החל מן הרגע שבו יתחיל המרכז להפוך לרווחי יהיה על השוכרים, החברה לפיתוח מזרח ירושלים, לשלם לחברה לשיקום ולפיתוח הרובע היהודי דמי שכירות ראויים. על-פי דוח של החברה לשיקום ולפיתוח הרובע היהודי משנת 2012, גם לאחר שפמ"י הודיעה על מעבר לרווחיות היא סירבה להעביר את דמי השכירות. הליכי הגישור בנושא, בסיוע המשנה ליועץ המשפטי לממשלה, הסתיימו בהמלצה על מתווה פתרון לשני הצדדים אשר כולל דרישת חוב בגין דמי השכירות בעבר ובעתיד. אולם בין הצדדים התגלעו מחלוקות בכל הנוגע לסכום הנקוב המחייב. גורמים המעורבים בעסקה אמרו כי תמורת קבלת השליטה על הגן אמורה עמותת אלע"ד לכסות את אותו חוב שכירות שיש לפמ"י אל מול החברה לשיקום ולפיתוח הרובע היהודי. עד לבחירות האחרונות הייתה החברה לפיתוח מזרח ירושלים בשליטה מעורבת של משרד התיירות (70%) ועיריית ירושלים (30%). מאז הבחירות האחרונות הוחלפה השליטה בחברה ובמקום משרד התיירות נכנס המשרד לענייני ירושלים. השליטה בחברה לפיתוח הרובע היהודי שהיא חברה בבעלות ממשלתית מלאה ואשר נמצאת באחריות משרד השיכון. השר לענייני ירושלים בממשלת ישראל הוא יו"ר הבית היהודי, נפתלי בנט. שר השיכון הוא חבר מפלגתו הבכיר, אורי אריאל.

מדובר, כאמור, באחד מן האתרים הארכיאולוגיים החשובים ביותר בעיר. על-פי הנתונים המתפרסמים באתר של החברה לפיתוח מזרח ירושלים, ההכנסות השנתיות מן הגן הארכיאולוגי שלמרגלות הר-הבית הן של כ-4.6 מיליון שקל בשנה. ניתן לראות באתר, המשמש גם את הזרמים הרפורמים והקונסרבטיביים כאזור תפילה אלטרנטיבי לרחבת הכותל המערבי, ממצאים ארכיאולוגיים מרתקים מתקופות שונות בתולדותיה של ירושלים: למרגלות הכותל הדרומי של הר-הבית, באזור הידוע בשם "העופל" יכולים המבקרים לעלות במדרגות הקדומות אל שערי חולדה, שהוליכו אל הר-הבית בימי בית המקדש השני. באזור זה, מדרום להר-הבית, ישנם עשרות מקוואות טהרה, שעמדו לרשותם של באי הר-הבית לפני כניסתם אליו. עוד ניתן לראות במקום אבני ענק שנותרו מונחות במקום זה מאז חורבן בית המקדש ואת שרידי קשת רובינסון שהובילה את עולי הרגל לבית המקדש השני. באתר יש גם שרידים קדומים יותר של מבנה מימי בית ראשון וממצאים מתקופות מאוחרות יותר בהם מכלול מבנים מהתקופה הביזאנטית, שרידי ארמונות אומיים מהתקופה המוסלמית הקדומה, מגדל אדיר ממדים שבנו החליפים הפטימיים ושופץ מאוחר יותר ע"י הצלבנים, האיובים והממלוכים, ועוד.

דוברו של שר השיכון, אורי אריאל, מסר בתגובה: "הגן הארכיאולוגי ומרכז דוידסון נמצאים באחריות החברה לשיקום ופיתוח הרובע. מעבר לכך, איננו נוהגים להגיב על שמועות ורעיונות של גורמים שונים". דוברת עמותת אלע"ד, אוריה דסברג, מסרה כי לא תתייחס לדיווח משום שמדובר במגעים שטרם הבשילו וכי הדברים יכולים "להשתנות לכאן או לכאן", כלשונה. לדבריה, לאחר שיושלמו המגעים תימסר הודעה מסודרת. הבקשה לתגובה מן השר לענייני ירושלים והתפוצות, נפתלי בנט, נותרה ללא מענה.