רבנו בחיי מתחיל את פירושיו לפרשיות השבוע בפסוק ממשלי, ובפרשת נשא הוא בחר את הפסוק:
"שמחה לצדיק עשות משפט, ומחתה לפועלי אוון" [משלי כ"א ט"ו]. ובחיי מסביר:
"שלמה המלך ע"ה הודיענו בכתוב הזה כי המשפט שבו קיום העולם הוא מחתה ופחד אצל הרשעים, ושמחה אצל הצדיקים". כמובן שהמשפט בו מדובר, היוצר שמחה אצל הצדיקים ופחד אצל הרשעים, הוא משפט צדק, וכאשר הצדק רחוק מן הדין - יתחלפו היוצרות, ישמחו הרשעים ויינזקו הצדיקים, ולכן רבנו בחיי מדבר על משפט שבו קיום העולם, כפי שראוי שיהיה.
המעבר בין רשע לצדיק יכול להתבצע בדרך של וידוי ותשובה, והווידוי של החוטא הוא מצוות עשה - לפי ספר המצוות של הרמב"ם ולפי ספר החינוך בפרשת נשא.
מקור רעיון התשובה מצוי בפרשת נשא, במדבר פרק ה' פסוקים ה' עד ז':
"וידבר ה' אל משה לאמור: דבר אל בני ישראל, איש או אישה כי יעשו מכל חטאות האדם למעול מעל בה', ואשמה הנפש ההיא. והתוודו את חטאתם אשר עשו, והשיב את אשמו בראשו וחמישיתו יוסף עליו, ונתן לאשר אשם לו". הרמב"ם מתייחס לכך גם בהלכות תשובה בספר המדע מסדרת היד החזקה, מפרק ראשון ואילך, וקובע כי וידוי זה הוא מצוות עשה מן התורה. והוא מבהיר:
"כל המצוות שבתורה, בין עשה בין לא תעשה, אם עבר אדם על אחת מהן - בין בזדון, בין בשגגה - כשיעשה תשובה וישוב מחטאו, חייב להתוודות לפני האל, ברוך הוא, שנאמר: איש או אישה כי יעשו מכל חטאות האדם... והתוודו את חטאתם אשר עשו". "בזמן הזה, כשאין בית המקדש קיים, ואין לנו מזבח כפרה - אין שם אלא תשובה. התשובה מכפרת על כל העברות". יש לציין כי התשובה אינה מתאפשרת כאשר החוטא עובר גבול מסוים לרעות, ובתורה יש שתי דוגמאות לכך בהן החוטא לא זכאי לתשובה כחלק מעונשו:
פרעה בפרשת "בא" (שמות, פרק י"ד, פסוק ד') נאמר כי ה' חיזק את לב פרעה, כדי שיאסוף את רכבו וירדוף אחרי בני ישראל להילחם בהם במדבר, וכאשר התעקש פרעה ועשה כן - נענש. לכאורה, נעשה לפרעה עוול, כי לא ניתנה בידו הבחירה החופשית; הרי הוכתב מראש, בעל כורחו של פרעה, כי הוא יתעקש וייענש - ואם אכן כך הם פני הדברים - היכן הצדק?
ועוד נאמר שם בפרק י' פסוק א', תחילת פרשת "בא", כי ה' הכביד את לב פרעה ואת לב עבדיו, לפיכך לא ברור לכאורה מדוע נענשו.
הרמב"ם מיישב סתירה זו במבוא למסכת אבות שבפירושו למשנה:
"אבל אמרו וחיזקתי את לב פרעה, ואחר כך הענישו והשמידו, הנה זה מקום שיש לדבר בו ויושג בו סוד גדול, על מה שלא חשבו המפרשים. ולכן התבונן בדברי בעניין זה ושים לבך בו, והשווהו לדברי כל מי שדיבר בו, ובחר לעצמך את הטוב. והוא, שפרעה ועבדיו, אילו לא היה להם עוון אלא זה שלא שילחו את ישראל, היה הדבר קשה בלי ספק, שהרי כבר מנעם מלשלח כמו שאמר כי אני הכבדתי את לבו ואת לב עבדיו, ואחר כך מבקש ממנו לשלחם והוא מוכרח שלא לשלח, ואחר כך מענישו על כך שלא שלח, ומשמידו ומשמיד עבדיו, זה וודאי יהיה עוול וסותר לכל מה שהקדמנו, אלא שאין הדבר כן, כי פרעה ועבדיו המרו ברצונם בלי הכרח וללא אונס, והרעו לגרים אשר היו בארצם ועשו להם עוול מוחלט, כמו שאמר בפירוש ויאמר אל עמו הנה עם בני ישראל הבה נתחכמה לו, ומעשה זה עשו מרצונם וברוע מחשבתם, ולא היה עליהם בזה הכרח, והיה עונש ה' להם על כך שמנעם מן התשובה כדי שיביא עליהם מן העונש מה שחייב צדקו שזהו עונשם, ומניעתם מן התשובה היא שלא ישלחום". לאמור,
הקשחת לב פרעה על-ידי ה' - מהווה שלב בענישה, המגיעה לפרעה ולעבדיו בגלל התעללותם בבני ישראל ללא שום כורח, אלא כתוצאה מהחלטה מרושעת לדכא את עם ישראל שהיה מצוי בעבדות.
סיחון מלך האמורי בפרשת דברים מתואר מצב בו סיחון מלך חשבון לא נותן לישראל לעבור בגבולו, ובהמשך נאמר (דברים, ב', ל'):
"ולא אבה סיחון מלך חשבון העבירנו בו, כי הקשה ה' אלוהיך את רוחו ואימץ את לבבו למען תתו בידך כיום הזה". לכאורה, ה' לא נתן כלל לסיחון כל חופש בחירה כיצד לנהוג עם ישראל, ואחת דינו שלא להיעתר לבקשת המעבר ולקבל בשל כך את עונשו. מצג דברים זה יוצר אי-צדק משווע, שכן כביכול ה' השתמש בסיחון על לא עוול בכפו ככלי למען ישראל שהכוהו שלא באשמתו. אלא שהרמב"ם מפרש פרשיה זו אחרת [בספר המדע מסדרת היד החזקה, הלכות תשובה, פרק שישי ג]:
"...כדי להודיע לבאי העולם, שבזמן שמונע הקדוש ברוך הוא התשובה לחוטא, אינו יכול לשוב - אלא ימות ברשעו שעשה בתחילה ברצונו. וכן סיחון - לפי עוונות שהיו לו, נתחייב למנעו מן התשובה, שנאמר: כי הקשה ה' אלוהיך את רוחו, ואימץ את לבבו (דברים ב', ל')". וכל כך למה? כפי שנאמר, כי ישנן עבירות כה חמורות אשר אין עליהן תשובה, והעובר אותן מנוע מהתשובה:
"ואפשר שיחטא אדם חטא גדול או חטאים רבים עד שיתן הדין לפני דיין האמת, שיהא הפירעון מזה החוטא על חטאים אלו שעשה מרצונו ומדעתו - שמונעין ממנו את התשובה, ואין מניחין לו רשות לשוב מרשעו, כדי שימות ויאבד בחטאו שעשה". הווידוי הנאמר בפרשת נשא - מצווה הוא, על כל חטא, אך כאשר הקו האדום נחצה - לא תתקבל התשובה.