קרית ספר, היא ח'רבת בר- עיסא נחשפה בלב היישוב מעלה מודיעין לא רחוק מדרך בית חורון - ירושלים. קריית ספר נוסדה במאה ה- 3 לפנה"ס, כאשר יהודה הייתה תחת הכיבוש התלמי- הלניסטי. היא הוקמה תחילה כיישוב ארעי ומאוחר יותר הייתה ליישוב קבע שניטש לאחר המרד הגדול (66- 70 לס' ) וחורבן הבית השני, ואוכלס מחדש לאחר מכן וניטש שוב לאחר מרד בר- כוכבא.
ראשיתו של היישוב הייתה בתקופה ההלניסטית (333-142 לפנה"ס), כאשר חקלאים יהודים התמקמו במערה בראש גבעה, חצבו בורות מים ובנו מתקנים חקלאיים. מאוחר יותר נבנו בנייני קבע, מחסנים, בית בד ובית כנסת.
בנייני מגורים נחשפו מספר בנייני מגורים שהיו מופרדים זה מזה על-ידי סמטאות. הבניינים נבנו מאבני גוויל מסותתות, ונמצאו בהם מזוזות על משקופי הבתים. כל בית היה מורכב מחצר מרוצפת שבמרכזה נחצב בור מים ומסביבה נחשפו חדרים ומקווה טהרה.
מתקנים חקלאיים כמו-כן, נחשפו מחסנים, שחלקם שימשו למגורים לבעלי חיים ובית בד לייצור שמן זית, שהוקמו במאה ה- 3 לפנה"ס. כמו-כן נתגלתה גת לייצור יין מהתקופה הרומית המאוחרת (135 - 324 לס' ).
בית הכנסת בניין בית הכנסת היה ממוקם במרכז היישוב והיה שונה מבחינה אדריכלית משאר המבנים וחזיתו נבנתה מאבני גזית. שאר 3 הקירות נבנו מאבני גוויל. הבניין היה רבוע והכניסה הראשית הייתה מכיוון צפון. הכניסה נבנתה מאבני גזית ובמשקוף היו מזוזות משני צדדיו. במרכז המשקוף היה עיטור בתבליט רוזטה בתוך משולש. רצפת בית הכנסת הייתה מרוצפת באבני ריצוף. באולם התפילה היו משטחים מוגבהים ששימשו לישיבת המתפללים. גגו של האולם היה בנוי על 4 עמודים עם קשתות והגג היה עשוי מקורות עץ. קירות אולם בית הכנסת היו מכוסים בטיח צבוע ופרסקאות. ליד בית הכנסת היה חדר איחסון. בתי הכנסת בימי הבית השני לא היוו תחליף לבית המקדש אלא שימשו לקריאה בתורה, ללימוד תורה ולהתכנסויות לתפילה ולמטרות ציבוריות.
בית קברות על גבעה נתגלו קברים אופיינים לימי הבית השני
כתובת בעברית באחד הבניינים נתגלה שבר של כלי חרס ועליו חריטה בעברית. משערים שנכתבה המילה ארכילאוס.
ממצאים ארכיאולוגיים נתגלתה כמות גדולה של כלי מתכת, כלי חרס, כלי אבן וכלי זכוכית. כלי האבן הם מהמאה ה-1 וה- 2 לס'. רוב כלי החרס אף הם הם מהמאה ה- 1 וה- 2 לס', כלומר, מסוף בית שני עד מרד בר- כוכבא. אבל, חלק מכלי החרס היו מהמאות ה- 3 וה- 4 לס', כלומר, מהתקופה הרומית המאוחרת, לאחר מרד בר- כוכבא.
מטבעות באתר נתגלה שפע של מטבעות - 365 . חלק מהמטבעות היו מוסתרים במטמונים וכנראה הוסתרו ע"י התושבים לפני בריחתם. המטבעות הן מהתקופה ההלניסטית, החשמונאית, תקופת הורדוס ובניו, ומטבעות של נציבים רומיים מתקופת פרובינקיה יודיאה. כמו-כן היו מטבעות מתקופת המרד הגדול, של אספסינוס וטיטוס . מהתקופה שקדמה למרד בר- כוכבא נתגלו מטבעות של קיסרים רומיים, ביניהם טריינוס ואדריאנוס. גם מימי מרד בר- כוכבא נתגלו מטבעות.
תולדות האתר האתר נמצא באזור ארץ בניימין. לאחר שיבת ציון התרחבה נחלת שבט בנימין וכללה את דרום הר אפרים. השטח ההררי היה בנוי טרסות בהן גידלו התושבים עצי זית, גפנים ועצי פרי. בשל השטחים המצומצמים הראויים לעיבוד, קבעו הארכיאולוגים, שתושבי האזור היו אכרים זעירים. ככל שחלפו הדורות, הנחלות נחלקו בין הבנים ונעשו קטנות יותר ויותר. אי-היכולת להתפרנס מהחלקות המצומקות הביאו את המתיישבים להכשיר שטחים חדשים לחקלאות במקומות מרוחקים מהיישוב. כמו-כן, הוכנסו שיטות עיבוד חדשות ונבנו גתות ובתי בד משוכללים. קריית ספר הוקמה תחילה, כיישוב ארעי, כדי להשגיח ולעבד חלקות שהיו מרוחקות מיישוב האם. בתקופת ממלכת החשמונאים החלו לבנות בתי קבע, אבל, המעבר ליישוב קבע היה במאה ה- 1 לס'. הארכיאולוגים מעריכים שהמעבר ליישוב קבע היה בימי אגריפס ה-1 . הם גם סבורים שהאתר הוקם ביוזמת גורם ממלכתי יהודי.
האתר נינטש לאחר חורבן בית שני. לא ידוע מתי בדיוק התחדשה ההתיישבות באתר, אבל המטבעות מוכיחות רצף מימי אספסיאנוס עד ימי אדריאנוס. ייתכן שהאתר לא היה מיושב ברציפות, אבל הוא היה, לבטח, מיושב לפני מרד בר- כוכבא. המטמונים הוטמנו, כנראה, ע"י תושבים לפני בריחתם מפני הרומאים בזמן מרד בר- כוכבא. הם קוו, כנראה, לחזןר, אבל הם מעולם לא חזרו לקחת את כספם. אולי הם ברחו למערות במדבר יהודה וחוסלו ע"י הצבא הרומי.
החיים באתר התחדשו במאה ה- 4 וה- 5, כלומר, בתקופה הביזאנטית (324 - 640 לס' ). החוקרים סבורים שחידוש היישוב קשור לארועי המשבר הכלכלי והאנרכיה במאה ה- 3 לס'. בעקבות המשבר התחדש היישוב. אבל, אין מידע על ההרכב האתני- דתי של המתיישבים.
בתקופה הערבית (640-1099 לס') השתמשו רועי צאן ונוודים במערות ובבורות המים של האתר.
