הגנים הבוטניים בישראל מהווים מרכזים חשובים לצבירת ידע בתחומי הצומח והגנה על מינים. בנוסף, הם מהווים מוקד לפעילות חינוכית, שמפגישה את הקהל הרחב עם הצמחים האופייניים לארץ ישראל ולמקומות שונים בעולם. נכון להיום ישנם כעשרה גנים בוטניים מוכרים בישראל, חלקם אוניברסיטאיים (תל אביב, הר הצופים, מכללת אורנים), אחרים בידי רשויות שונות כמו נאות קדומים המשלב ערכי טבע ומורשת, המתוחזק על-ידי רשות הטבע והגנים, ואף ישנם כאלה שנמצאים בידי עמותות פרטיות.
חוק הגנים הבוטניים, שנחקק לפני עשור, נועד לתמוך בגנים הבוטניים בארץ וליצור סטנדרטים כגון מאגרי מידע פתוחים לקהל, שילוט במספר שפות ושמירה על רמה מדעית. המימון הממשלתי הוביל, בין השאר, לרתימת הגנים לשמירה על "הצמחים האדומים" - מינים בסכנת הכחדה, שילוב של פעילות אקדמית וחינוכית, פעילות פתוחה לציבור הרחב, הפעלת מתנדבים ופעילויות שונות למען הקהילה.
גנים שונים משלבים פרויקטי דגל שונים והם בעלי אופי ייחודי. המוכר ביותר הוא אולי
הגן הבוטני האוניברסיטאי בגבעת רם בירושלים, שמכיל יותר מ-6,000 מינים משישה אזורים שונים בעולם. גנים נוספים שפועלים בישראל הם בעלי ערך רב:
הגן הבוטני בהר הצופים, שהוא ראשון הגנים האוניברסיטאיים בישראל ומכיל כ-40 אחוז ממיני הבר של ישראל;
הגן בקיבוץ ניר עוז בנגב המערבי, שבו מתקיים פרויקט חשוב לפיתוח "גינון בר-קיימא" וליצירת נווה מדבר אקולוגי חסכוני במים; וכן הגן
במקווה ישראל, שהוא הגן הוותיק ביותר בישראל ושממוקם בבית הספר החקלאי הראשון בישראל.
גנים אלה
ורבים אחרים הם אוצר של שמירת טבע ומגוון ביולוגי בישראל, ואף רלוונטיים ביותר עבור משרד החקלאות עצמו - בעיקר לתחום הגינון, איקלום צמחים וקידום שימוש בצמחי בר למטרות גינון אקולוגי וחסכוני במים. עקב הגזרה התקציבית, חלק מהגנים עומדים בפני סכנת סגירה.