חאן זרעוניה הוקם בשלהי המאה ה-19 על-ידי העות'מניים כבית אחוזה פרטי של אפנדי בוסני בשם סאדק פאשה. החאן נקרא זירעוניה על שם הדגן באזור או זרקוניה על שמו של ואדי זרקא - נחל התנינים, הזורם מצפון. בראשית המאה ה-20 רכשה יק"א את האתר. ב-1920 התיישבו בחאן שתי קבוצות עבודה, הקבוצה הקליפורנית –צעירים מארץ ישראל שיצאו לקליפורניה על-מנת ללמוד חקלאות והקבוצה ההולנדית–צעירים ממזרח אירופה שהיגרו להולנד ובמהלך מלחמת העולם הראשונה התאגדו והכשירו עצמם להתיישבות בארץ ישראל. הקבוצות שהו במקום כמה שנים ואחר כך התיישבו במושבה החדשה בבנימינה.
בתקופת המנדט הייתה חוות זרעוניה תחנת ניסיונות לגידול פרחים ובהם יסמין לתעשיית בשמים גפנים ועצי פרי שונים. כאשר המים להשקיה נשאבים מבאר אנטוליה ומבריכת מים הצמודה למבנה. ותיקי בנימינה מספרים כי בריכת המים שימשה גם כבריכת שחייה עבור צעירי המקום. בחוה הוקמה גם משתלת עצי אקליפטוס לייעור חולות קיסריה.
בשנות ה-20 של המאה שעברה התמנה ד"ר גוסטאב רייך (אליקים נגיד)אגרונום שעבד בפיק"א כמנהל חוות הניסיונות בזרעוניה. הוא התגורר במקום עם משפחתו עד לסגירת החווה.
במקום נערך סקר ארכיאולוגי ונמצאו סביב המבנה חרסים שונים מן התקופה הביזנטית יש להניח כי כמו אתרי התיישבות רבים מן התקופה העות'מאנית גם אתר חאן זרעוניה יושב על שריד אתר אתר קדום.
עד שנות ה-60 היה המקום עזוב. בשנות ה-60 עברו להתגורר במקום זוג חרדי בעסקת חליפין עם המדינה והוא נרשם כמיועד לשימור. בתקופה זו עבר המקום כמה שינויים כמו הוספת רצפות שיש וגג רעפים. בהמשך נקלע הזוג לחובות. המבנה שועבד לבנק אגודת ישראל והוצא למכרז.
מבנה אתר חאן זרעוניה היה אומנם מוזנח ונטוש במשך שנים רבות אולם באופן יחסי נשמר היטב מבחינה פיזית ואדריכלית, להוציא אולי את האגף הצפוני שניזוק ככל הנראה מהפצצות. עם השנים. נעשו ניסיונות לצייר מצב קטסטרופלי של המקום שיתכן שמקורם בגורמים אינטרסנטיים כאלה ואחרים.
בספטמבר 2005, הוציא כונס הנכסים של הבנק את הנכס למכרז ו-60 הצעות הוגשו לוועדת המכרזים. לבסוף זכו במכרז זאב ושולה
מוזס מבעלי
ידיעות אחרונות לשעבר.
השאלה שעולה היא, כיצד עובר נכס כזה, בעל ערך היסטורי שהוא של כולנו, לידיים פרטיות עוד בחסות המדינה ואישור ועדות התכנון והשימור? אין לי טענות לבעלים שקנו את הנכס. אני מניח שהעסקה שעשו היא חוקית ולגיטימית. הטרוניה מופנית למדינת ישראל על שאפשרה העברת הנכס ההיסטורי לבעלים פרטיים במקום להעבירו לרשות הציבור והנאתו. מצב הפיזי של אתר חאן זרעוניה היה במצב טוב יחסית וניתן היה לשקמו בסכומים לא גבוהים במיוחד באמצעות תרומות ונדבנים וגופי שימור.
אם אכן נחתם הסכם כלשהוא בין הגופים המשמרים לבין רוכשי הנכס ובו התחייבות בעלי הנכס לשמר הנכס ולשמור על צביונו המקורי. חובה שהסכם זה יונגש לציבור על כל פרטיו וסעיפיו ולו למען שקיפות ומניעת לזות שפתיים. אם לא נחתם הסכם כזה ראוי שנדע.
