גם בימיו האחרונים המשיכו פרקליט המדינה
שי ניצן ופרקליטת מחוז תל אביב (מיסוי וכלכלה) ליאת בן-ארי לנגוס בזכויותיו החוקיות של בן-אליעזר. באת-כוח הפרקליטות, עו"ש
שרון כהנא, אמרה בבית המשפט שוב ושוב דברי בלע וכזב ו/או דברי שטות. בין היתר טענה כי אין צורך בדחיית הדיונים או בעיכוב הליכים, שכן לגישתה - מצבו של בן-אליעזר הוא כמו ב-2012. לא חמור יותר. גם לאחר שהוברר כי מצבו הורע, כי מצבו הפיזי התדרדר, וכי הוא מוגבל מאוד בהליכה ובישיבה, וכי התוכנית הרפואית להשתיל לו כליה בוטלה מחמת ההחמרה במצבו (ההשתלה שתוכננה במקור ל-2012 נדחתה בשל מועמדות בן-אליעזר לבחירות לכהונת נשיא המדינה), המשיכה הפרקליטות להטעות את בית המשפט בהציגה טענות הזויות כאילו בן-אליעזר "מתחלה" וכאילו הוא "מאשפז עצמו" בכוונה כדי להתחמק מהגעה לדיונים בבית המשפט.
באי-כוח הפרקליטות לא גילו יושרה ולא חמלה כלפי אדם קשיש וחולה סופני, למרות עברו הצבאי והציבורי המרשים במשך 61 שנים, גם כאשר היו בידיהם חוות דעת רפואיות לפיהן ימיו ספורים וכי בפועל הוא עלול למות בכל רגע. עו"ד שרון כהנא המשיכה להתנגד לדחיית הדיונים ו/או עיכוב הליכים. היא דרשה, בשם הפרקליטות, לכפות הבאתו לבית המשפט, ואם לא יגיע, להוציא נגדו צו הבאה. הפרקליטות התעמרה בבן-אליעזר, למרות שלא היו בידיה חוות דעת רפואיות הסותרות את עמדת רופאיו של בן-אליעזר, ובפועל אף התחמקה במשך זמן רב למנות רופא מטעמה.
בנסיבות שנוצרו, וכדי להדוף את עמדתה הבלתי מנומקת של הפרקליטות, נדרשו כמה וכמה פניות לבית המשפט מצד באי-כוחו של בן-אליעזר, כדי לבקשו למנות רופא מטעם המדינה. ואכן, השופט
בני שגיא כפה על הפרקליטות להזמין חוות דעת מרופא שתיבחר (כדרישת בן-אליעזר), כדי להעמיד דברים במקומם. רופא בכיר מבית החולים הדסה עין כרם, פרופ' אריה בן-יהודה מיום 04.07.16 (כאמור נשכר על-ידי הפרקליטות), הוא שהתמנה. פרופ' בן-יהודה בדק אישית את בן-אליעזר, ובסופו של דבר קבע: בשל מצבו הרפואי הסופני - בן-אליעזר אינו כשיר למשפט ואינו יכול להשתתף במשפטו. השופט בני שגיא אימץ חוות דעת זו, וקבע: בן-אליעזר "
אינו יכול להיות שותף פעיל במשפטו, ואף לא להעיד במשפט שהוא לא נאשם בו" (ההדגשה במקור, י.י.). באותו דיון וגם לאחריו התברר עוד: נציגת הפרקליטות עיכבה במשך ימים רבים יחסית מסירת חוות הדעת לבית המשפט ולצדדים לדיון. חמור מכך: ממידע שהובא לח"מ עולה, כי הפרקליטה ניסתה להניא את הרופא המומחה לשנות את עמדתו ולקבוע כי בן-אליעזר כשיר בכל זאת למסירת עדות. אופן התנהלותה עולה כדי חשד לשיבוש הליכי חקירה ומשפט.
על-אף הקביעות הנ"ל, ולמרות שהשופט בני שגיא החליט על עצירת המשפט ועיכוב הליכים בפועל, ובכך ייתר למעשה עיכוב הליכים מצד היועץ המשפטי לממשלה, מיאנה הפרקליטות לפעול לפי הפרוצדורה הנוהגת והמתחייבת בחוק ולהשלים מהלך תקין: להודיע לבית המשפט על עיכוב ההליכים נגד בן-אליעזר. במקום זאת, ולאחר תבוסתה בבית המשפט, הגבירה הפרקליטות את הלחץ על בן-אליעזר. לא נודיע לבית המשפט על עיכוב הליכים, מסרה הפרקליטות לבאי-כוחו, אלא אם תסכים לחתום על מסמך שבו תודה בעבירות ותפליל את הנאשמים האחרים: אברהם נינקאשווילי,
רוי מוצפי, אילת אזולאי, יעקב (ג'קי) בן-זקן, וצארלי יהודה.
באי-כוחו הפרקליטות נהגו באטימות ובחוסר מקצועיות, שכן הם אמורים היו להבין ולהפנים: אין שום ערך לאמירותיו של בן-אליעזר, במיוחד לא כלפי הנאשמים האחרים, מחמת זאת שכבר נקבע על-ידי השופט בני שגיא, כי הוא בן-אליעזר "
אינו יכול להיות שותף פעיל במשפטו, ואף לא להעיד במשפט שהוא לא נאשם בו. נעלה מכל ספק, כי את מפלת בבית המשפט ניסתה הפרקליטות לטשטש במכתב מטעמו של בן-אליעזר, שיפורסם פומבית בכלי התקשורת. לזאת התנגד בן-אליעזר נחרצות. בן-אליעזר עמד על דעתו: לא קיבלתי שוחד ולא מתנות, ולכן לא אודה לעולם בעבירות שוחד. קיבלתי הלוואות, אמר, שאותם התכוונתי להשיב מהלוואות בנקאיות (תמורת שיעבוד הבית ביפו). חטאתי רק בכך שלא דיווחתי ל
מבקר המדינה ולכנסת - בתקופת היותי חבר כנסת ושר בממשלה - על כספים של בני הבכור, אופיר, שהוחזקו אצלי בכספת בבנק. בן-אליעזר הביע נכונות להודות בעבירת אי-דיווח ולשאת בעונש, בגינה, אך בשום אופן לא בקבלת כספים במרמה ו/או באישומי שוחד.
