העיר רחובות נוסדה כידוע בשנת 1890. את המים לצורך שתיה והשקאת הגידולים וגינות הירק, שאבו תושביה הראשונים של המושבה מבאר שהייתה בפינת הרחובות הרצל וביל"ו. הייתה זו באר עתיקה שסיפקה כמות מים קטנה, וראשיתה עוד ביישוב הקדום של חרבת דוראן.
באר זו הייתה למעשה מקור המים היחיד המשמעותי במושבה במשך 30 שנותיה הראשונות .עם גידול הצריכה עקב גידול במספר התושבים והרחבת שטחי הפרדסים. חלה הידלדלות במימי הבאר עד יובש כמעט מוחלט על כן החליט ועד המושבה לחפור באר חדשה.
תולדות "הבאר החדשה" בשנת 1919, לאחר מלחמת העולם הראשונה, נחפרה "הבאר החדשה" בשטח בו שוכן כיום רחוב מנוחה ונחלה (פינת רחוב אליעזר יעקובוזון) ועד המושבה כינס את חברי המושבה לאסיפה מיוחדת אליה הוזמנו כל תושבי רחובות ובה הוחלט על גביית מס מיוחד שיגבה מכל בני המושבה. כדי לממן עלות הקמת הבאר היקרה.
הבאר החדשה, ברחוב מנוחה ונחלה החליפה את הבאר הראשונה שיבשה. היא הגיעה לעומק של יותר מעשרים מטרים. מעליה נבנה בית באר מאבני כורכר ש"הודבקו" באמצעות חומר מליטה -טיט על בסיס סיד וכוסה בגג רעפים.
מי "הבאר החדשה" נשאבו באמצעות משאבות שהופעלו באמצעות מנוע דיזל רועש והועברו בצינורות לבריכת אגירת מים שנבנתה ליד בית הכנסת הגדול של המושבה רחובות ומשם בצינורות אל בתי תושבים. הבאר נקראה בפי התושבים לאורך השנים "הבאר החדשה" והשם דבק בה גם בחלוף השנים ועד היום מכונה הבאר בשם "הבאר החדשה" על-אף שנחפרה לפני כ-100 שנים.
בשנת 1928 נעשו בבית "הבאר החדשה" עבודות שיפוץ מקיפות. הובאה משאבה חדשה, הותקן מנוע חדש וכן שופץ בית הבאר עצמו. ב-1930 הוחל בהעברת המים מ"הבאר החדשה" למגדל מים שהוקם ברחוב בנימין והחליף את בריכה האגירה הישנה ששכנה כאמור ליד בית הכנסת הגדול ושאליה הוזרמו המים מהבאר עד עתה. מגדל המים לא קים יותר הוא נהרס לפני כמה עשרות שנים עם הרחבת רחוב בנימין.
הזנחה מתמשכת של המקום עם התחברות רשת המים העירונית למערכת המים הארצית, איבדה "הבאר החדשה" אט אט נחיצותה והפכה למיותרת ובסוף שנות ה-70 של המאה הקודמת, פסקה לגמרי שאיבת המים ממנה .משנות השבעים שימש מבנה בית הבאר את מחלקות העירייה השונות. בעיקר כמקום אחסון פי הבאר כוסה בבטון או בחומר דומה . בהעדר מודעות לחשיבותו ההיסטורית וחשיבות שימורו הוזנח המקום במשך תקופה ארוכה. עם השנים גם אותות הזמן עשו את שלהם. מים חדרו דרך גג בית הבאר וגרמו לריקבון במבנה הגג ולפגיעה קשה בתקרת העץ המקורית. המבנה עצמו לא תוחזק כראוי. מאז שנות ה-80 החלה לפעול במקום עמותת "נתיב החסד" עמותה חרדית העוסקת בהשאלת ציוד רפואי לנזקקים ועוד.
שימור ושיחזור בית הבאר לאורך שנים הועלה מצד גורמים שונים ובהם ותיקי המושבה רחובות רעיון לשמר ולשחזר את בית הבאר ההיסטורי שהוזנח במשך שנים ולהפכו למרכז מבקרים.. לפני מספר שנים התקבלה החלטה לשמר את המקום ולהפכו למרכז מבקרים. מבנה בית הבאר הוא צנוע ופשוט ואינו בעל ערך אדריכלי מיוחד. חשיבותו העיקרית היא בערכו ההיסטורי ובסמל שמאחריו ובסיפור שהוא בא לספר, בית הבאר מייצג היטב את החיים במושבה החקלאית רחובות בסוף המאה ה-19 ותחילת המאה ה- 20 ובן השאר מטרתו להציג את אורח חיי המתיישבים במושבה והקשיים עימם התמודדו. כיצד החלוצים שאבו וסיפקו מים.
ביוזמת המועצה לשימור אתרי מורשת בישראל ועירית רחובות נערך סקר הנדסי לבדיקת מצבו הפיזי של המבנה ומצב הבאר ובהמשך הוכן תיק תיעוד שמטרתו לבצע תחקיר היסטורי על תולדות המבנה.
על מלאכת תכנון ופעולות שיקום ושיחזור בית הבאר הופקדו האדריכלית ליבנה שואף רונן והמהנדס ירון גל. מהמועצה לשימור אתרי מורשת נמסר כי עבודות שיקום ושיחזור בית הבאר החלו למעשה עוד בשנת 2008 כאשר פורק גג הרעפים הישן של המבנה ושלד הגג ותקרת העץ המקורית .ובמקומו נבנה שלד גג חדש כדוגמת השלד המקורי והגג כוסה שוב ברעפי מרסיי, בהמשך פורקו דלתות וחלונות מתקופות קודמות הבאר טופלה ונוקתה והובאה למקום מערכת שאיבה המופעלת באמצעות מנוע חשמלי ומטרתה להדגים למבקרים באתר את פעולת השאיבה המקורית של הבאר שנעשתה באמצעות מנוע דיזל. על מלאכת התקנת מערכת השאיבה החדשה הופקד רן חדוותי, איש הטכנולוגיה של המועצה לשימור אתרי מורשת וחבר קיבוץ עין שמר.
בכניסה לבית הבאר הוצב שלט מורשת המספר את תולדות המקום, אולם הוא הוסר, משום מה ובטקס חנוכת המקום שנערך בסוף השבוע שעבר (20.10.16) בהשתתפות ראש עירית רחובות
רחמים מלול וראשי המועצה לשימור אתרי מורשת לא היה מוצב שלט מורשת במקום .רן חדוותי מהמועצה לשימור אתרי מורשת סיפר לי כי באחד הימים כשביקר במקום מצא את השלט זרוק בחצר. יש איזשהו בעיה עם כיתוב ונוסח השלט הוא אומר ולא מפרט. מנהלת מחוז המרכז של המועצה לשימור אתרי מורשת,
טל בן-נון מסרה כי שלט המורשת יוצב בעוד כשבועיים. עוד מסרה כי פרויקט שימור ושיחזור בית הבאר ברחובות נעשתה בסיוע תוכנית "ציוני דרך" של משרד ירושלים ומורשת.
יצוין כי בית הבאר ברחוב מנוחה ונחלה ממוקם בשכונה שבה ריכוז גדול של אוכלוסייה חרדית ולא הכל התלהבו מ"המוזאון"-החדש שנפתח בשכונתם.
