יהודים חיו בכפר כנה מתקופת הבית הראשון עד חורבן ממלכת ישראל. היישוב היהודי התחדש בימי הבית השני והתקיים עד שלהי התקופה הנוצרית-ביזאנטית. קיים פער של מידע לגבי התקופה בין שלהי התקופה הנוצרית-ביזאנטית עד התקופה הממלוכית כאשר מתברר שיש בכפר כנה קהילה יהודית גדולה ששרדה עד המאה ה-17.
כפר כנה הוא כיום ישוב ערבי. הוא שוכן בגליל התחתון צפונית- מזרחית לנצרת. ב-1945 חיו בו 260 משפחות, ב-1961 עלה מספרן ל-600. כיום חיים בו כ-19,200 תושבים, רובם (קרוב ל-90% ) מוסלמים ומיעוטם נוצרים. בכפר יש 3 כנסיות: הכנסייה הקתולית מוקדשת לנס המתואר בספר יוחנן ב', 1-11, לפיו הפך ישו מים ליין בזמן סעודת חתונה. כמו-כן יש בכפר כנסייה יוונית- אורתודוכסית וכנסיית סנט ברתולומיאו.
בשנים 1999 - 2009 נערכו בכפר חפירות באתר הנקרא כרם א- ראס. נמצאו שרידים ארכיאולוגיים מתקופת הברזל ב', הפרסית המאוחרת, ההלניסטית, הרומית והביזאנטית.
המימצאים מעידים, על-פי דיווחי רשות העתיקות, שבמקום הייתה התיישבות רצופה מהתקופה הרומית לפחות עד לראשית התקופה הערבית. אבל, מקורות היסטוריים מגלים שהאתר היה מיושב עוד בתקופה הכנענית.
בחודש יולי 2001 נערכה חפירת הצלה מטעם רשות העתיקות באתר כרם אל-ראס בשולי כפר כנא. נמצאו שרידים אדריכלים מן התקופות הפרסית, ההלניסטית, הרומית והביזאנטית.
התקופה הכנענית התיכונה והמאוחרת ( 2,200 לפנה"ס - 1,200 לפנה"ס) - כפר כנה נזכר לראשונה בתעודות מצריות: בכתבי המארות, מהמאה ה- 20 לפנה"ס, ובמכתבי אל-עמרנה מהמאה ה- 14 לפנה"ס. מאז הייתה רציפות התיישבותית בכפר.
תקופת הבית הראשון (1,000 לפנה"ס - 587 לפנה"ס)- בתקופת הברזל המאוחרת נהנה הגליל כולו מפריחה יישובית. נוסדו 5-6 ערים וערי שדה מבוצרות שאחת מהן הייתה כרם א-ראס המזוהה עם כפר כנה. האתר השתרע ע"פ 10 - 15 דונם. על-פי חישוב של כ-35 נפש לדונם חיו בכפר בין 350 ל-425 נפש. בחפירות התגלתה עיירה מבוצרת על גבעה ובה נחשפו שרידי חומה, בתי מגורים ואף אזור תעשייתי. על-פי המימצאים היה שם יישוב מהמאה ה- 10 לפנה"ס. כפר כנה היה יישוב ישראלי. הוא נזכר בין הערים שכבש תגלת פלאסר השלישי מלך אשור במסע הכיבוש שלו ב-732 לפנה"ס, מידי ממלכת ישראל הצפונית. היישוב סופח לפחוות מגידו. היישוב היהודי נהרס .
על-פי נתוני סקר ארכיאולוגי שנערך בגליל התחתון מתברר שאזור הגליל התחתון התרוקן באופן משמעותי מיושביו בסוף המאה ה-8 לפנה"ס. המימצא הארכיאולוגי מאשר את הכתוב בתנ"ך ובכתובות אשוריות על הגליית תושבים מהגליל לאשור." בימי פקח מלך ישראל בא תגלת פלאסר מלך אשור וירח את עיון ואת אבל בית מעכה ואת ינוח ואת קדש ואת חצור ואת הגלעד ואת הגלילה כל ארץ נפתלי ויגלם אשורה" (מלכים ב' ט"ו,29).
הארכיאולוג מרדכי אביעם, שערך סקרים בגליל,סבור ששארית הפליטה מיישובי הגליל התחתון התרכזה במערבו של הגליל התחתון. הוא זיהה את יטבה, עיר מוצאה של אמו של אמון מלך יהודה עם אתר כרם א- ראס ליד כפר כנא ואת רומה, עיר מוצאה של אמו של יהויקים מלך יהודה בתל ווית בבקעת בית נטופה.
על-פי סקרים ארכיאולוגיים וחפירות שנערכו בגליל ע"י "רשות העתיקות", מתברר מתברר שלאחר פער של כ-200 שנה, בין הכיבוש האשורי וההגלייה של חלק מתושבי הגליל, בשלהי המאה ה-8, ובין המאה ה-6 לפנה"ס, התחילה בגליל התחתון תנופה יישובית רחבת היקף. 55% מתוך 70 האתרים שהיו מיושבים במאה ה-8 לפנה"ס בגליל התחתון נושבו מחדש. מתוך 50 אתרים שהיו מיושבים בתקופה הפרסית כ-20% היו יישובים חדשים.
תקופת הבית השני (538 לפנה"ס - 70 לס') - החפירות הארכיאולוגיות שנערכו בשנים 1999 - 2005 הראו שהיה בכפר כנה ישוב יהודי בתקופה הפרסית ( 538 לפה"ס - 332 לפנה"ס). היישוב היהודי חודש והתקיים לאורך כל תקופת הבית השני. על קיומו של יישוב יהודי מעידים סממנים של כפר יהודי כמו מקוואות. יוסף בן מתיתיהו ביצר את כפר כנה במסגרת ההכנות למרד הגדול ב-66 לס'. נתגלו גם מקומות מחבוא מתחת לבתים, כנראה, במסגרת ההכנות למרד הגדול . לאחר כשלון המרד עברו לכפר כנה כוהנים מירושלים, ממשמרת אלישיב.
התקופה הרומית והביזאנטית (70 לס' - 324 לס'- 640 לס') - כפר כנה המשיך להיות ישוב יהודי גדול לאורך התקופה הרומית והביזאנטית. לאחרונה, נתגלו במקום שרידי מערות חצובות בסלע ובהן מחילות והחוקרים משערים שיהודים מצאו בהן מיסתור בזמן מרד בר כוכבא (132 - 135 לס' ).
שכבת התקופה הרומית הקדומה נשמרה היטב, ונחשפו ממנה שרידי מבנה שניתן לזהות את בעליו כיהודים. זיהוי זה מבוסס על מקווה טוהרה מטויח ושמור היטב וכמו-כן כלי אבן יהודים. בנוסף נמצאו כלי חרס וכן מטבעות, המתוארכים למאה הראשונה והשנייה לספה"נ. ממצא ייחודי מן החפירות הוא שבר של כתובת לטינית על שיש.
ביולי 2001 נערכה חפירת הצלה ובשכבה של התקופה הרומית נחשפו ממנה שרידי מבנה שניתן לזהות את בעליו כיהודים. זיהוי זה מבוסס על מקווה טוהרה מטויח ושמור היטב וכמו-כן כלי אבן יהודים. בנוסף נמצאו כלי חרס וכן מטבעות, המתוארכים למאה הראשונה והשנייה לספה"נ. ממצא ייחודי מן החפירות הוא שבר של כתובת לטינית על שיש.
בכפר חיו אמוראים. על-פי המסורת קבורים באחת המערות בכפר כנה האמוראים רבא ורב הונה. ליד הכפר מצוי גם קברו של רבן שמעון בן גמליאל השני, בנו של רבן גמליאל דיבנה, שהיה ראש הסנהדרין לאחר מרד בר- כוכבא.
אבל, בתקופה הביזאנטית התיישבו בכפר גם נוצרים. הארכיאולוגים גילו חורבות כנסייה מהמאה ה- 6 לס' . סביב הכנסייה קמה שכונה חדשה, כנראה, נוצרית.
הכנסייה נבנתה על חורבות בית הכנסת בתקופת השלטון הביזאנטי- נוצרי. התקופה הביזאנטית הייתה תקופה קשה ליהודים. השלטון הביזאנטי חוקק חוקים אנטי- יהודיים ויהודים נרדפו גם ע"י האוכלוסייה הנוצרית שהרגה בהם, והרסה בתי כנסת.
אבל, מתחת לחורבות הכנסייה נתגלתה רצפת פסיפס עם כתובת בארמית מהמאה ה- 4 לס' בה נאמר:"זכור לטוב יוסה בן תנחום בן בוטה ובניו, שעשו את הטבלה הזאת. תהיה להם הברכה. אמן". השתמרו גם בסיסים, עמודים, משקוף ליד הקיר הצפוני ושרידי עזרת נשים ביציע בחלק המערבי של בית הכנסת. נמצאו גם מזוזות. הארכיאולוגים קבעו שאלה הם שרידי בית כנסת יהודי מהמאה ה-4 לס'.
אין מידע על גורל היהודים בכפר בשלהי התקופה הביזאנטית. אבל, כאשר הפרסים כבשו את הארץ מידי הביזאנטים ב-614 לס' הם נעזרו ע"י גדוד יהודי בן 20,000 מתנדבים מיישובי הגליל. לאחר גירושם של הפרסים ב-628 לס' נקמו הנוצרים ביהודים, ערכו בהם מעשי טבח והרסו בתי כנסת. אולי זה היה גורל יהודי כפר כנה.
התקופה הערבית - מוסלמית (640 -1099) - ב-726 לס' ביקר בכפר צליין אנגלי בשם סנט וויליבראד ודיווח על-כנסייה בכפר. קיומה של הכנסייה מעיד על כך שהיישוב הנוצרי לא חוסל ע"י הכיבוש הערבי.
התקופה הצלבנית (1099 - 1260 )- תייר אנגלי שביקר בכר בתקופה הצלבנית מצא בה מנזר בלבד.
חסר מידע לגבי קיומה של קהילה יהודית בכפר הנה משלהי התקופה הנוצרית- ביזאנטית ועד התקופה הממלוכית.
התקופה הממלוכית (1260-.1.17)- בתקופה הממלוכית היה ישוב יהודי גדול בכפר כנה. תלמיד של הרמב"ם הגיע לארץ במאה ה-14 ובין היישובים היהודים בהם ביקר היה כפר כנה. יהודי מקנדיא היא כרתים ביקר בארץ ב-1473 ומצא בכפר כנה 80 משפחות יהודיות. רבי יוסף דמונטנייא שעלה לארץ מאיטליה ביקר בכפר כנה ב-1481 ומצא בו 70 משפחות. הוא סיפר שיהודי הכפר הציעו לו להשתקע בכפר, ועל-מנת לשכנעו הבטיחו לו שחרור ממסים, חוץ ממס גולגולת. תלמידו של רבי עובדיה מברטנורה ביקר בכפר כנה ב-1495. רבי עובדיה עצמו לא ביקר בכפר אבל סיפר ששמע מאנשים שביקרו בו שהיהודים חיים בשלווה ובשקט, ואינם מוטרדים ע"י הישמעאלים.
התקופה העות'מאנית .1.17- 1918) - כפר כנה הייתה תחנה בדרך ממצרים לדמשק.משה באסולה, יהודי איטלקי, ביקר בארץ ב-1522 ומצא בכפר כנה 40 משפחות יהודיות. על-פי רשימות המיסים של השלטון העותמאני היו בכפר 50 משפחות יהודיות. באסולה הגיע לביקור בכפר בחברת קבוצה גדולה של יהודים מצפת שבאו ליום השוק- יום רביעי- בכפר. הוא תאר קהילה אמידה. נוסעים שעברו בכפר מעידים שעד המאה ה-16 הייתה בה קהילה יהודית גדולה. במאה ה-16 היו, עדין, 13 ישובים יהודיים בגליל, 3 ערים ו-10 כפרים. בכפר כנה היו בתי צביעה לאריגים
הטורקים ערכו מספר מפקדי אוכלוסין מתוכם מתברר שבשנות ה- 1540 היו בכפר 52 משפחות יהודיות ו-95 משפחות לא-יהודיות. במפקד של 1555 - 1556 היו בכפר 65 משפחות יהודיות ו-10 רווקים יהודים ו- 375 משפחות לא יהודיות ו-49 רווקים. במפקד של 1572 - 1573 היו בכפר 77 משפחות יהודיות ו- 313 משפחות לא- יהודיות ו-2 רווקים. מעדותו של נזיר פרנציסקאני מספרד שביקר בעיר בין 1553-1555 מתברר שמשפחות של מגורשי ספרד השתקעו בכפר.
כנראה, שבמאה ה-17 התרוקן כפר כנה מיושביו היהודים. בתקופה זו נעזבו ישובים יהודיים בגליל בשל חדירת שבטים בדווים - מוסלמים. מצב הביטחון נעשה חמור. היו מעשי רצח ושוד שבוצעו ע"י בדווים. גם מדיניות המיסוי העותמאנית כלפי לא- מוסלמים פגעה בחקלאים היהודים ואילצה אותם לעזוב. השלטון העות'מאני השליך לכלא אכרים שלא עמדו בתשלומי המיסים וסיכוייהם לשרוד בכלא היו קלושים. על-רקע זה העדיפו יהודים לעזוב.
ב-1879 נבנתה בכפר כנסייה קתולית-פרנציסקנית על חורבות כנסייה מהמאה ה-6 לס'. ב-1886 נבנתה כנסייה יוונית אורתודוכסית.
מתי הפך הכפר כנה הנוצרי למוסלמי חסרות ראיות. מוסלמי מכפר כנה סיפר לי שמשפחתו הנוצרית התאסלמה לפני כ-500 שנה.
תקופת המנדט הבריטי (1918 - 1948) - לאחר החלטת האו"ם על החלוקה ב-1947 יצאו מכפר כנה כנופיות ערביות לתקוף ישובים יהודיים. ב-19 בינואר נרצח חבר קיבוץ עין דור. הם תקפו את התחבורה היהודית ואף פוצצו גשרים. הכפר הפך למרכז לכנופיות שביצעו התקפות רבות בגליל התחתון ובעמק זבולון תחת פיקודו של אבו איברהים שקבע את מפקדתו בכפר. ב-10 במרץ 1948 ערכה פלוגת פלמ"ח בפיקודו של אסף שמחוני פשיטה על מפקדת הכנופיות בכפר כנה. הכנופיה עברה לכפר כנה משפרעם. מטרת הפעולה הייתה לפוצץ את הבית בו התמקמה הכנופיה. הפשיטה נכשלה. בפעולה היו פצועים והרוגים לשני הצדדים.
ישראל ב"מבצע דקל", ביולי 1948 נכנע הכפר לצה"ל.
ביולי 2003 נרצח חייל יהודי בשם אולג שוחט. ב-28 ביולי התגלתה גופתו במטע זיתים ליד הכפר בנה. בחקירה נתגלו גם מימצאים נוספים שהעידו על כך שהרוצח היה מהכפר. בסופו של דבר הרוצח נתפס ונדון למאסר עולם ועוד 15 שנים.
ב-2008 ערכה התנועה האיסלאמית את אירועי יום הנכבה בכפר כנה.
