כתב יד ייחודי נתגלה לאחרונה ובו דרשות שדרש רבי יעקב ענתבי במשך מספר שנים בדמשק בפני קהל רב. כתיבת הקובץ נמשכה על פני השנים תקע"ה-תר"ו. מדובר על חיבור נרחב ומקיף ובו חיבורים שונים: תשובות הלכתיות; חידושי הלכה ו
ש"ס וחידושי תורה על ספרי הפוסקים בהלכה. כמו-כן, החיבור כולל פרטים היסטוריים על חייו שלא היו ידועים עד כה. הספר המיוחד וההיסטורי יוצע למכירה פומבית בבית המכירות "ירושלים של זהב" שבירושלים, במכירה הקרובה במחיר התחלתי של 55,000 דולר.
רבי יעקב ענתבי התחיל לכתוב את הקובץ בדמשק, והשלים אותו לאחר שעלה לירושלים. בהיותו עדיין בדמשק, כתב בו את דרשותיו ותשובותיו שהשיב בדמשק, כולל "נוסח פרוזבול שעשיתי בשנת תק"פ ש' השמיטה פה דמשק". לאחר העלילה והייסורים שעבר בשנת ת"ר, עזב את דמשק ועלה לירושלים. הוא העלה עמו את הקובץ הזה, וכן כמה דפים נפרדים עם עוד כתבים ודרשות שכתב.
לאחר שעלה לירושלים, סידר בקובץ זה בכתב יד קודשו את הדרשות שדרש ושהכין בדמשק, כמו-כן הוסיף לקובץ תשובות הלכתיות שכתב בדמשק ובירושלים, וכן חידושי תורה בענייני הלכה, חידושים על הטור והשולחן ערוך, הערות וחידושים בדברי הפוסקים הראשונים והאחרונים, חידושים בסוגיות הש"ס, באגדה ובמדרשים ובתרגום, סגולות שונות ועוד.
תוכן כתב היד כולל מספר חיבורים ארבעים ואחת דרשות ארוכות שדרש בדמשק, בחלק מהדרשות לשבתות, בכמה מקומות כותב רבי יעקב היכן דרש, ושנכח "קהל רב". דרשות ארוכות, חלקן כ-20 עמ'. חלקן כוללות פתיחה מליצית עם נושא הדרוש.
שתים עשרה תשובות הלכתיות ארוכות - תשובה אם מחבת צריכה ליבון לפסח, תשובה בענייני קדושת כתיבת השם, תשובה הלכתית שבאה לפניו בדמשק בדין פריה ורביה, תשובה בדין יבם, תשובה בהלכות שכירות, תשובה פולמוסית בדין יבמה שבאה לפניו ולפני הראשון לציון רבי משה סוזין, תשובה בעניין דבר שלא בא לעולם בהקדש, תשובה אם מותר ומצווה לישראל למול גויים, תשובה חשובה בעניין תנאי הכתובה שלא יישא אישה על אשתו, תשובה בעניין שידוך בת יתומה, תשובה בעניין שכירות דירה שהשכיר רבי יעקב בירושלים - תשובה פולמוסית עם סיפור חייו והסתגלותו בירושלים, תשובה הלכתית בעניין ליבון מחבת נחושת.
בנוסף ישנם עשרות רבות של קטעי חידושים בהלכה, באגדה, חידושי סוגיות הש"ס, ועניינים שונים רבים.
בכתב היד שהתגלה אנו מוצאים שינויים בין הקולמוסים ובזמני הכתיבה. לעתים הכתב קטן וצפוף ולעתים מרווח. לכל אורך כתב היד יש מחיקות ותיקונים, הערות שוליים והוספות שונות, המעידים בבירור כי כל הנכתב הוא בכתב יד קודשו של המחבר. מהקובץ הגדול אנו לומדים דברים רבים נוספים, חשובים ביותר, שלא נודעו עד עתה, ביחס לאישיותו ולתורתו כמו הדברים האישיים וההיסטוריים שכתב על עצמו וכן על דרכי לימודו של רבי יעקב והנהגתו באגדה ובהלכה.
סגנון הדרשות הוא בסגנון דרשות הספרדים בכלל וחכמי ארם צובה בפרט - להקשות על מדרש או פסוק ואז ליישבו על-פי הקדמות מסוגיות הש"ס או הקדמות הלכתיות מספרי הפוסקים והשו"ת בענייני הלכה, ואז לקשרם למאמר האגדה, או ליישב על-פי הקדמות מדרשים אחרים. בין התשובות אנו רואים את תקיפותו ועמידתו האיתנה לרדת עד עומקי ההלכה ולהעמיד האמת על תלה ללא פשרות.
בכל התשובות הוא נושא ונותן בהלכה בדברי הראשונים והאחרונים עד לבירור הסופי של ההלכה לפי כל הצדדים והסברות שאפשר לומר באותו עניין. הרב היה בקיא עצום בספרי הפוסקים הראשונים והאחרונים ובספרי השו"ת הרבים. בקובץ ישנם הערות רבות על חידושים בספריהם של גדולי ישראל במשך הדורות ובספרי השו"ת. תשובתו בעניין מילת גויים מוסבת כולה על תשובתו של ה"שאגת אריה". כמו-כן, בתחילת הקובץ ובסופו הוא מביא כמה סגולות שהעתיק מספרים שונים.
עינויים קשים הרקע לעלילה היה היעלמותו של נזיר וכומר צרפתי בשם באדרי תומא, יחד עם משרתו המוסלמי איברהים עמארה, אחרי שתלו מודעה בשוק היהודי בדמשק בא' באדר א' שנת ת"ר (5 בפברואר 1840). ידוע שתומא היה מעורב בעסקים מפוקפקים, אך זה לא מנע מהקהילות הנוצריות בעיר לצאת בהאשמות שתומא נרצח דווקא על-ידי היהודים. קונסול צרפת בדמשק, ראטי מנטון, פתח בחקירה נמרצת נגד נכבדי הקהילה היהודית. ה"חקירה" התבססה על ההאשמה שהיהודים זקוקים לדם נוצרי לצורך אפיית המצות לחג הפסח.
סַפּר יהודי צעיר בשם שלמה חאלק נחשד והובא לחקירה, משום שהמודעה שתלה הנזיר על דלת בית הכנסת, הועברה ונמצאה על הקיר מול המספרה שלו. תחת עינויים קשים נאלץ "להודות" באשמה, ונקב בשמות שבעה מנכבדי הקהילה שידם הייתה כביכול במעל. אחד מהם, שעונה בעינויים נוראים וקשים שאי-אפשר להעלותם על הכתב, הצהיר ש"רצונו" להתאסלם, ובהתאם לכך, שינה את גרסתו הקודמת וטען שמסר את בקבוק דמו של תומא לרבה הראשי של דמשק, הגאון רבי יעקב ענתבי. הוא בדה וסיפר שהרב ענתבי היה המוח המתכנן של הרצח, והסכים לתרגם פסוקים מהגמרא שעשויים להסביר את התנהגות היהודים שביצעו את הרצח הפולחני. כך הפך רבי יעקב ענתבי לנאשם העיקרי בפרשה.
ב-28 בפברואר "נמצאו" בתעלה ברובע היהודי עצמות. הן הוכרזו כעצמות הנזיר ונקברו בטקס חגיגי. השלטונות החלו לחפש את הדם שאוחסן בידי היהודים. הם לא בחלו באמצעים, ו-63 ילדים גילאי 10-3 נחטפו ועונו בעינויים אכזריים ביותר.
רבי יעקב, שהיה הנאשם העיקרי בפרשה, נאסר בצינוק צר שלא החזיק יותר מאשר אמה על אמה, וסבל חרפות וגידופים מכל ערל עובר ושב. הוא עונה בעינויים קשים ומרים שאי-אפשר להכיל (כפי שיקרא הקורא במכתבו אל השר משה מונטיפיורי), ותסמרנה שערות אנוש, וכל אשר אין לבו לב אבן לא יכול להבין איך בן תמותה יכול לסבול עינויים קשים ומרים כאלה, ולא פעם בחר מוות מחיים, כדי להינצל מהעינויים.
מכתבו המפורט של רבי יעקב אל השר משה מונטיפיורי שימש לימים מקור מרכזי לתיאור ותיעוד הפרשה. המכתב נדפס כולו בספר "באור החיים", שהוציא לאור נכדו, רבי
אברהם יעקב ענתבי (ירושלים, תרפ"ט), וכן בקונטרס "לקדושים אשר בארץ" שנדפס עם ספר "ליקוטי דוד" בעריכת רבי דוד לאניאדו (ירושלים, תשל"ז).
במכתב זה גולל רבי יעקב את כל הפרשה מתחילתה ועד סופה. בתחילתו כתב רבי יעקב: "באופן כי עברו עליהו בעוה"ר מים הזידונים וצרות רבות שבעה נפשנו די והותר ואין לך יום שאין קללתו מרובה... ואפילו הלילות השחורות אין די באר ואין בי כוח לכותבם כי רבו מאוד ואין בי כוח לבארם תקצר היריעה...".
השמועה הגיעה אל יהדות העולם, שהתחלחלה מאוד לשמעה, וכן כמה מהישרים שבאומות העולם. בין היהודים שפעלו לשחרור העצורים יש להזכיר את משפחת רוטשילד, אדולף כרמייה וכמובן את השר משה מונטיפיורי.
עם שחרורו מבית הכלא בדמשק והצלתו, החליט רבי יעקב לעזוב את דמשק ולעלות לירושלים, לבלות בה את שארית ימיו בקדושה ובטהרה. הוא ארז את מטלטליו ועקר עם משפחתו במסע ארוך לארץ ישראל. בדרכו עלה דרך כל קברי הצדיקים בארץ והתפלל ברכת הגומל, וברכת "מי שבירך" לשר מונטיפיורי ורעייתו יהודית.
