המושבה הגרמנית וולדהיים הוקמה בסמוך לישוב הטמפלרי בית לחם (הגלילית) בשנת 1907. המתיישבים הגרמנים בחלקם טמפלרים קנו את אדמות "אום אל עמד" מידי משפחת טואני שישבה בבירות וקראו למקום וולדהיים" (שמשמעותו בתרגום לעברית נווה יער) וישבו במקום בין השנים 1907-1948. במשך קרוב ל-40 שנה.
בשנים 1915-1916 נבנתה במושבה הגרמנית וולדהיים כנסייה אוונגלית לשימוש לתפילה ולהתכנסות בכספם של בני הקהילה הפרוטסטנטית (אוונגלית) ושל מייסדי המושבה הגרמנית בחיפה, אשר חזרו, לפחות בחלקם אל חיק הכנסייה הפרוטסטנטית.
המקום שימש ככנסייה למעשה עד שנת 1948. מדי יום א' היה הגיע כומר מחיפה וניהל את תפילת יום ראשון. מעל גג הרעפים האדום של הכנסייה התנוסס צלב ושבשבת דמוית התרנגול. לאחר הקמת המדינה מסיבה לא ידועה התמוטט-נעלם הצלב ונותרה עד היום השבשבת דמוית התרנגול.
אחרי שהטמפלרים הביעו הזדהות ותמיכה בשלטונו הנאצי של היטלר, וחששם של הבריטים כי הטמפלרים המתגוררים בארץ ישראל יהפכו לגייס חמישי הפכו הבריטים את המושבה ולדהיים למחנה מעצר גדול, בשנות ה-40 גורשו חלק מתושבי המקום ולקראת סוף שנות ה-40 עזבו אחרוני הטמפלרים את וולדהיים, בבתיהם הנטושים התיישבו ראשוני מושב אלוני אבא. המושב עלה לקרקע, ב-1948 ע"י גרעין "במאבק" של תנועת הנוער הציוני. והפך למושב שיתופי. שם היישוב עם היוסדו נקרא "נווה יער" שהוא תרגום של שם במושבה הגרמנית וולדהיים. ב-1955 הוחלף שם היישוב ל"אלוני אבא" על שמו ולמען הנצחתו של אבא ברדיצ'ב הצנחן, שנפל בעת שפעל מאחורי קווי האויב באירופה להצלת שארית הפליטה. ברדיצ'ב נמנה על ראשוני החברים בגרעין המייסד.
לאחר הקמת המושב אלוני אבא שופץ פנים מבנה הכנסייה והפך לבית התרבות של אלוני אבא. משנת 1948 עד 1971 שימש המבנה כבית תרבות של אלוני אבא. ותיקי המושב מספרים כי במבנה הכנסייה התרכזו חיי התרבות של המושב כאן נערך סדר פסח משותף. כאן התקיימו מסיבות בר מצווה, פעילויות ומפגשי נוער התכנסויות ועוד. ליאורה ענבר, בתם של שושה ובני בורשטין מוותיקי מושב בית לחם הגלילית הסמוך לאלוני-אבא, למדה בבית ספר יסודי משותף לתלמידי בית לחם הגלילית ולמושב אלוני-אבא בשם "אלון הגליל" ומספרת: "כשהיינו ילדים נערכו בכנסיה הצגות סיום שנת הלימודים של בית הספר ואז היא נראתה לי ענקית..."
בשנות ה-70 הוקם במושב אלוני אבא בית תרבות חדש והכנסייה הפכה לשמש בעיקר מועדון נוער בו התכנסו בני הנוער וצעירים בני המקום. בשנות ה-80 החל ליפול טיח מהגג והוחלט לנעול את הכנסייה ולאסור הכניסה אליה. מאז ועד היום עומדת הכנסייה נעולה ושוממה.