דיון פנימי שהתקיים בהשתתפות בכירי פרקליטות המדינה, ובראשם המשנה ליועמ"ש (חקיקה)
רז נזרי, וראש מחלקת הבג"צים בפרקליטות, אסנת מנדל, הסתיים בתובנה חד-משמעית של צמרת הפרקליטות - הקצאת עשרות מיליוני השקלים לבתי הספר הכנסייתיים פוגעת בשוויון ולא ניתן יהיה להגן עליה בבג"ץ.
מסמך פנימי של סיכום הדיון שהגיע לידי News1 חושף את חוות הדעת החד-משמעית בנושא, שהובילה להמלצה על הקמת צוות שיבחן הקצאה נוספת של כספים, הפעם לבתי הספר החרדיים והמוסלמיים.
"הקושי שמתעורר ומתחדד בעתירות נטוע בהיעדר יכולתנו להצביע על שוני רלוונטי שיצדיק מתן תקצוב של 50 מיליון שקל רק למוסדות חינוך מוכר שאינו רשמי בבעלות הכנסייה, ולא לבתי ספר זהים במעמדם שהינם חרדים או מוסלמים. ככל שהתכלית הינה להעביר תוספת תקציבית לטובת מוסדות חינוך מוכר שאינו רשמי על-מנת שיעבירו תכנים המקדמים לימודי דת ומורשת הרלוונטיים למוסד החינוך ולתלמידיו, הרי שמתעורר קושי להצביע על הבחנה רלוונטית בין מוסדות חינוך כנסייתיים לבין מוסדות חינוך מוכר שאינו רשמי מוסלמיים וחרדיים, לאור מאפייניהם הדומים בכל הנוגע לתכלית ההקצאה", נכתב בסיכום הדיון על-ידי מנהלת מחלקת בג"צים בפרקליטות, אסנת מנדל, ועל-ידי רן רוזנברג, המכהן כסגן בכיר בפרקליטות.
לדבריהם, השאלה המרכזית היא האם העברת הכספים מקיימת את עקרון השוויון או לא. סיכום הדיון העלה "קושי משפטי משמעותי ביותר בכל הקשור לשוויוניות חלוקת הכספים", כלשונם. עוד הוסיפו כי מוסדות מוסלמיים או חרדיים שאינם נמנים על שתי הרשתות הגדולות לא קיבלו מעולם תוספת תקציבית דומה לזו שקיבלו בתי הספר של הכנסיה. ביחס לבתי הספר המוסלמיים, ציינו בכירי הפרקליטות כי לפחות לכאורה ניתן להשתמש בטיעון שלפיו מדובר ב"קבוצה חשודה", כנימוק לאי מתן התוספת התקציבית, אולם ביחס לבתי הספר החרדיים - ייתכן שלא ניתן יהיה למנוע הצגת ביסוס עובדתי לאפליה במתן הכספים.
באותו דיון עלו דברי שר החינוך,
נפתלי בנט, שהודה במשתמע בדברים שאמר בכנסת בספטמבר 2015 כי ברור לו שמדובר באפליה לטובת בתי הספר הכנסייתיים. זאת, כשביקש זמן ללמוד את הנושא כדי שיוכל להסביר בבג"ץ למה הוא "מפלה או מעדיף לטובה את בתי הספר הכנסייתיים".
דברים ברוח דומה כתב אלרואי אסרף, ראש מטה סגן שר החינוך, כשכתב בינואר 2017 כי "קיימת אפליה של שאר מוסדות המוכר שאינו רשמי לעומת המגזר הנוצרי בעקבות התוספות שקיבלו המוסדות הנוצריים". בכירי הפרקליטות ציינו את דברי השניים כהוכחה לכך שהקשיים המשפטיים היו נהירים לכל העוסקים במלאכה "תוך כדי תנועה", כלשונם.
"לאור היעדר הבחנה רלוונטית, לפחות עד כה, שיכולה להצדיק את תקצוב המוסדות הכנסייתיים בלבד... ובשים לעובדה כי ביטול התוספת עלול לגרור תרעומת מצד גורמים בעלי השפעה בעולם הנוצרי, מבית ומחוץ - עמדתנו היא שיש להודיע לבג"ץ כי אחר בחינת העתירות הוחלט על ביצוע עבודת מטה לבחינת העברת כספים למוסדות מוכר שאינו רשמי מוסלמיים וחרדיים שעניינם דומה למוסדות הכנסייתיים", ציינו מנדל ורוזנברג. עידכון ברוח זו הוגש לבית המשפט העליון במרס 2017.