במרס 1965 אישרה עירית חיפה בראשות ראש העיר המיתולוגי אבא חושי את הקמתה של תחנת בת גלים ואושר תקציב להקמתה. ביוני 1968 החלה בנית התחנה על-ידי "סולל ובונה" שהייתה אז מחברות הבנייה הגדולות בארץ . התחנה נבנתה במשך כ-5 שנים ועלתה בסיכום כללי על-פי הערכה וכפי שנימסר, כ-44 מיליון ל"י. התחנה הוקמה על-ידי "מפעלי תחנות" של אגד וחברת "אמות". במרכזה של התחנה הוקם מגדל משרדים בן 12 קומות שנחשב באותה תקופה למגדל גבוה מאד. חלק ניכר מהמשרדים במגדל, שימשו למשרדי אגד במחוז חיפה והצפון וחלק למשרדי חברת חשמל.
בתחנה כפי שדווח בעיתונות דאז, היו 51 רציפים מהם 31 לקווים הבין עירוניים, 16 רציפי הורדה, 8 רציפים לקליטת והורדת נוסעים מהשירות העירוני. הרציפים היו פזורים על גבי שני מפלסים, כשהעליון משמש לשירות העירוני והתחתון לשירות הבין- עירוני. לצד הרציפים כללה התחנה כ-40 חנויות, קיוסקים, מסעדות, שני סניפי בנקים, סניף דואר,20 תאי טלפונים ציבוריים ומקלטים לשעת חרום. בתחנה פעלו, חניונים רחבי ידיים מספר תחנות תדלוק, מתקנים לרחיצת אוטובוסים וחניון בצד הצפוני של התחנה עבור כ-200 אוטובוסים. בכניסה הראשית לתחנה נסלל כביש המוביל אל מרתף חניה ל-200 מכוניות (בתשלום). באולם הנוסעים המרכזי נתלה תבליט אלומיניום פרי יצירתו של האמן גרשון קניספל, באורך שמונה מטרים וברוחב שני מטרים.
צוות התכנון של התחנה כלל שורה של אדריכלים יידועי שם, ובהם שמואל וארי רוזוב אריה שרון, בנימין אידלסון אריה פריברגר ועוד .
התחנה נחנכה בטקס חגיגי שנערך ב-30 במאי 1974, במעמד ראש עיריית חיפה דאז, יוסף אלמוגי, מנכ"ל
משרד התחבורה, דן חירם, חברי מועצת עירית חיפה, ראשי "אגד", ונקראה על שם מרדכי עופר (1924-1971),חבר הנהלת קואופרטיב אגד, שהיה חבר כנסת בין השנים 1965-עד לפטירתו בשנת 1971.
חדשנות נוספת שהופעלה בתחנת האוטובוס המרכזית בת גלים הייתה - הצמדתה לתחנת הרכבת בת גלים והקמת מנהרה תת-קרקעית שחיברה בניהן ושימשה למעבר נוסעים בין שתי התחנות וליציאה לקריית אליעזר. דומה כי אין ישראלי שחיי בארץ בשנות ה70-90 שלא עבר לפחות פעם בחייו דרך מנהרה זו. קצין ששירת בבסיס בחיפה סיפר לי. כי במנהרה היה נוהגים באורח קבע להסתובב שוטרים צבאיים ולהפתיע את החילים ולרשום תלונות על הופעה מרושלת וכדומה. כמו תחנות אוטובוסים מרכזיות ראשיות אחרות באותן שנים גם בתחנת בת גלים נפגשו לראשונה זוגות רבים. וזאת לדעת התחנות המרכזיות באותן שנים היו מקום מפגש אידיאלי ל"דייטים" בין גברים לנשים.