מבנה "בית נכות בית שאן" הוא מסגד עתיק יומין הבנוי בסגנון ממלוכי טיפוסי מהמאה ה-15. המסגד נבנה על חורבות כנסייה יוונית מהמאה ה-12 ושופץ בימי הסולטן העות'מאני עבדול אל חמיד השני.
המסגד מרובע ללא כיפה ויש בו מינרט(צריח) מרובע ולא עגול כמקובל ברוב המסגדים, הוא נבנה מעל שרידי מסגד קדום, ממנו שרדה כתובת משנת 806 לספירה שקובעה מעל המחראב. בשנת 1882 לספירה, שופץ המבנה בצו שנתן הסולטן עבדול אל-חמיד השני .ומעל הדלת בקיר הצפוני שלו שרדה כתובת ערבית עתיקה הבנויה מאבני בזלת בצורה מלבנית המתארת את הנדבה שניתנה על-ידי הסולטן עבדול אל-חמיד להשלמת המבנה .במבנה קיימת בימת האימאם או השייח, ממנו האימאם פונה אל קהל המאמינים כמקובל במסגדים. בצמוד לקיר הדרומי של המסגד, ממוקם מגדל בעל צורה מרובעת בגובה 10 מטרים. בתקופת המנדט הבריטי נוסף אגף חדש בצד המזרחי מאבני גיר.
המסגד קרוי גם מסגד הארבעים -יש אומרים על שם ארבעים קדושים אשר התגוררו במקום תחת קורת גג אחת ואחרים מפרשים ש-40 הוא מספר קדוש בתפילה ובאמונה המוסלמית. המבנה מהווה דוגמה ייחודית של ארכיטקטורה ערבית המשלבת בבנייה אבנים שחורות ולבנות לסירוגין.
עד קום המדינה שימש מבנה המסגד כבית תפילה עבור ערביי בית שאן והאזור. עם קום המדינה לאחר שתושבי בית שאן והסביבה ברחו לעבר הירדן ניטש המסגד, וביוזמתו של נח מרדינגר שהיה ראש וועד הראשון של בית שאן בשנים 1950-1951 מטעם הסוכנות היהודית, ארכיאולוג במקצועו נפתח במקום מוזאון לשימור עתיקות בית שאן ולשם הובאו ממצאים ארכיאולוגיים שנמצאו בבית שאן וסביבותיה . מרדינגר עלה לארץ מאוסטריה, התיישב תחילה בקיבוץ עין-חרוד בהמשך החליט להשתקע בבית שאן. בהמשך אי-שם בשנות ה-50 עבר ניהול המוזאון לידיו של הארכיאולוג נחמיה צורי -צימבליסט (1902 - 1991). צורי חקר וחשף באזור הגלבוע עמק יזרעאל, והגליל המזרחי ממצאים ארכיאולוגיים רבים שהועברו למוזאון והעשיר את המוזאון באוספים רבים. חלק מהאוספים כמו מטבעות, שברי כלי חרס, עתיקים וכיוצא באלה, נאספו על-ידי תושבי בית שאן ובעיקר על-ידי ילדים ובני הנוער שהביאו אותם למוזאון וקיבלו תמורתם "פרסים" כמו ... בולים וכיוצא באלה. נחמיה צורי ניהל את המוזאון במשך שנים רבות. בתו רותי גוטשל, מספרת לי כי המוזאון היה מפעל חיו של אביה. הוא הקדיש לו ימים ולילות על-מנת לפתח ולקדם אותו, נסע בטרמפים מקיבוצו תל יוסף לחפש עתיקות באזור עבור המוזאון. מבקרים מכל רחבי הארץ ביקרו במוזאון והתרשמו מהממצאים שהוצגו בו. רותי מספרת לי כי היא ובני משפחתה כואבים את ההזנחה של בית הנכות שהיה מפעל חיים של אבי המשפחה נחמיה צורי ומוכנים לסייע בשיקום המקום.