המרדף אחרי חלק מתשתית הטרור של חמאס בג'נין נמשך, אבל עצם חשיפת חוליית הטרור של חמאס וחיסול חלק מחבריה על-ידי גורמי הביטחון של ישראל הם הישג חשוב ישראלי ומכה נוספת לזרוע הצבאית של חמאס "עז א-דין אל-קסאם", לאחר חשיפת מנהרת הטרור של חמאס מתחת למעבר כרם שלום על גבול רצועת עזה-מצרים.
בטווח הזמן המיידי, החשיפה סיכלה פיגועי טרור נוספים מתוכננים של החוליה וסייעניה, ובלמה את כוונת חמאס לנסות ולעורר אינתיפאדה בגדה באמצעות מתן "רוח גבית" באמצעות פיגועי טרור. חשיפת תשתית הטרור של חמאס בג'נין מגלה את הקשר של משפחת ג'ראר, שהינה משפחה ותיקה של חמאס בעיר, לתשתית הטרור של הזרוע הצבאית "עז א-דין אל-קסאם". אבי המשפחה, נצר ג'ראר עמד בראש חוליה של חמאס וחוסל ב-2002 בידי צה"ל. בין היתר הוא תכנן פיגוע בבניין רב-קומות בישראל. בני משפחתו המשיכו לפעול בשורות הזרוע הצבאית של חמאס.
פרטי התשתית החבלנית עדיין לא נחשפו במלואם, אך על-פי גורמים פלשתינים, החוליה הופעלה ישירות על-ידי פורסן ח'ליפה, מחבל של חמאס ששוחרר בעסקת שליט ב-2011 וגורש לרצועת עזה. הוא האחראי על הפעילות הצבאית של חמאס בצפון הגדה ומקבל את ההנחיות לפעילות הטרור ממאהר עובייד העומד בראש הזרוע הצבאית של החמאס בגדה ופועל מלבנון. עובייד החליף בחודש אוקטובר שעבר את צאלח אלעארורי (59), שקודם לתפקיד סגן יו"ר הלשכה המדינית של חמאס והתמקם בשכונת א-דאחייה בביירות בחסותו של מזכ"ל חיזבאללה
חסן נסראללה. הוא נחשב ליד ימינו של אלעארורי; יליד ירדן שהיה בין מגורשי חמאס למרג'א-זהור שבלבנון ב-1992 וב-2010 מונה לחבר בהנהגת חמאס.
הזרוע הצבאית של חמאס, בתמיכה אירנית של הגנרל קאסם סולימאני, ראש יחידת "אלקודס" ב"משמרות המהפכה" האירניים, מנסה לפתוח חזית חדשה עם ישראל בשטחי הגדה באמצעות "חוליות רדומות" שפועלות בשטחי הרש"פ, תחת אפם של מנגנוני הביטחון הפלשתינים. המכשול העיקרי מבחינתה של חמאס הוא התיאום הביטחוני בין הרש"פ לישראל על-פי הסכמי אוסלו. בכיר חמאס,
מחמוד א-זהאר, אמר זאת במפורש ב-18 בינואר בראיון לערוץ הטלוויזיה של חמאס. הוא אמר כי "ההתנגדות יכולה להנחית מכות כואבות על הכיבוש הישראלי בגדה אם השטח יהיה נקי ללא תיאום ביטחוני בין הרש"פ לישראל".
המועצה המרכזית של אש"ף החליטה לפני כמה ימים על הפסקת התיאום הביטחוני עם ישראל והעבירה את ההחלטה לוועד הפועל של אש"ף כדי שיישם אותה. אולם עד כה לא יושמה ההחלטה. כוחות צה"ל פעלו בחופשיות מלאה בעיר ג'נין שהיא בשליטת הרש"פ נגד החוליה של חמאס שהתבצרה בכמה בתים של משפחת ג'ראר.
ההחלטה של המועצה המרכזית של אש"ף בדבר הפסקת התיאום הביטחוני עם ישראל איננה חדשה. היא התקבלה כבר ב-2015 אך מחמוד עבאס לא יישם אותה. יו"ר הרש"פ מבין שאם יישם אותה הוא יחתום במו ידיו על תעודת הפטירה של הרשות שאותה הוא מחשיב כ"הישג לאומי" חשוב. הפסקת התיאום הביטחוני עם ישראל עלולה להפוך את שטחי הרש"פ לזירה של פיגועים בנשק חם נגד חיילי צה"ל והאזרחים הישראלים, דבר שיאלץ את צה"ל לצאת למבצע צבאי נרחב למיגור הטרור בכל שטחי הגדה, כפי שהיה במבצע "חומת מגן" בחודש מרס 2002. פירוש מבצע כזה הוא כיבוש כל הערים הפלשתיניות ומיטוט הרש"פ.
אם יעז עבאס להפסיק את התיאום הביטחוני עם ישראל, ישנה שורה של צעדי תגובה ישראלית אפשריים - ישראל יכולה להכריז על הרש"פ כ"ישות טרור" על כל המשתמע מכך, למנוע תנועה של בכירי הרש"פ, לקחת מהם את תעודת האח"ם (VIP), למנוע כניסת עשרות אלפי פועלים מהשטחים לעבודה בישראל, לסגור את מוסדות הרש"פ, להפסיק את העברת הכספים אליה ועוד צעדים שיגרמו לה נזק רב.
גם בתנועת פתח גוברת הביקורת על עבאס, ופעילים בתנזים דורשים להפסיק את התיאום הביטחוני עם ישראל ולחזור לשיטת "המאבק המזוין". עבאס עומד בפרץ והוא מונע שימוש בנשק חם נגד ישראל. הוא סבור שצעד כזה ימיט אסון על הפלשתינים כפי שהיה באינתיפאדה השנייה. מחמוד עבאס מתרחק כמו מאש מכל צעד שמריח כמו פעולת טרור. הוא יודע היטב שהעולם לא יקבל שימוש בנשק חם על-ידי הפלשתינים נגד ישראל, ולכן הוא דוגל במה שהוא מכנה "אינתיפאדה עממית בדרכי שלום".
לפגיעה בתשתית הטרור של חמאס בג'נין יש גם השפעה מורלית על הפלשתינים, וחשוב מאוד שישראל הצליחה לעשות זאת לפני ביקורו בארץ בשבוע הבא של סגן הנשיא האמריקני
מייק פנס. הפלשתינים מתכננים שורה של פעולות מחאה לקראת הביקור, וסביר שתנועת חמאס מתכננת גם פיגועים. לכידת התשתית החבלנית של חמאס בג'נין על-ידי השב"כ משבשת את התוכניות המבצעיות של חמאס.
לא מן הנמנע שחקירת השב"כ של המחבלים והסייענים שנלכדו בג'נין תביא לחשיפות נוספות של תשתית החמאס בצפון הגדה. המבצע המוצלח של צה"ל בג'נין הוא הוכחה של היכולת הישראלית לרדוף את הטרור בכל מקום. התיאום הביטחוני עם הרש"פ הוא חשוב ומסייע לישראל להשיג את מטרותיה בתחום המלחמה בטרור.