בשנת 1943 נודע לאנשי המוסד לעליה ב' כי ממשלת בריטניה כנראה לא תתנגד לאפשר ליהודים אשר יגיעו לטורקיה, להמשיך ולעלות ארצה. הערכה זו המריצה את אנשי המוסד לעליה ב' לארגן אניות מעפילים להבאת יהודים פליטים מארצות אירופה ובעיקר מזרח אירופה לטורקיה ודרכה להביאם לארץ ישראל. המוסד לעלייה ב' בשיתוף ההנהגה הציונית ברומניה אירגן שלוש אניות דיג שרכש להעברת יהודים מרומניה לטורקיה. ברומניה שלט אז יון אנטונסקו, והיא הייתה בעלת בריתה של גרמניה, מארגני המסע מרומניה לטורקיה העריכו שהבריטים יאפשרו לנוסעים לעלות משם לארץ ישראל. ב-2 באוגוסט העניקו השלטונות הרומנים רישיונות מתאימים להפלגה.
הפלגת שלוש האניות מקונסטנצה וההתקפה על מפקורה ב-3 באוגוסט 1944, בחצות הלילה הפליגו מנמל קונסטנצה (רומניה) ויצאו מהמים הטריטוריאליים של רומניה שלוש אניות: "מורינה" "בולבול" ו"מפקורה". האניות הפליגו יחד. לפני צאתן מהנמל הרומני נערכו לאניות שהיו במקורן ספינות דיג, תיקונים וסידורים לקליטת הנוסעים הרבים. על-פי עדויות אנשי הספינות ונוסעים בעת שהות האניות בנמל קונסטנצה סבבו סביב שלוש האניות כלי שיט גרמנים וצילמו את האניות וכל הנראה עקבו אחריהן גם לאחר צאתן מנמל קונסטנצה. על שלוש האניות היו על-פי הערכה כ-1,500 פליטים מרומניה, מפולין, מטרנסדניסטריה ומהונגריה, ובניהם ילדים רבים.
ב-5 באוגוסט,1943 כארבעים דקות לאחר חצות, 25 מייל צפונית מזרחית מהנמל הטורקי איגנדה במערב הים השחור הותקפה ה"מפקורה" בפגזי תותחים ומכונות ירייה שנורו מצוללת כנראה גרמנית או אולי ממשחתת או כלי שיט מלחמתי אחר. פגזי תותחי הצוללת פגעו קשה ב"מפקורה". למעלה מ-300 נוסעיה נספו רק חמישה שרדו.
סיפורו של הניצול דב בנק על-פי עדות אחד מחמשת הניצולים דב בנק בראיון לעיתון הבוקר, המחזות על המפקורה בעת ההתקפה היו מזעזעים וקורעי לב. מספר בנק: "בחצות הלילה הופיעה אניית מלחמה גרמנית ברקטות מסנוורות האירה את ה"מפקורה" מטחי יריות פגזים נורו ממכונות ירייה לעבר האונייה הרבה אנשים נפגעו ונהרגו. קמה בהלה. אחדים חיפשו מחסה בבטן האונייה ששם ישנו אנשים ולא ידעו מה מתרחש למעלה. נשמעו התפוצצויות ממכלי הדלק בבטן האונייה. אחדים ניסו עוד לעלות מבטן האונייה על הסיפון אחוזי להבות ונשרפו חיים. נשים עם תינוקות ניסו לחצות את הלהבות כדי לקפוץ אל הים אבל בגדיהם ושערותיהן התלקחו באש והן נפלו כלפידים. כחמישים איש הצליחו לקפוץ אל הים ושחו מסביב לאונייה הבוערת.
מספר דב בנק המחזות היו קורעי לב "ראטעוועט (הצילו) שמע ישראל" נשמעו קולות בתוך החשיכה. מספר אנשים שיודעים לשחות נשארו עוד על פני המים. בנק מספר כי קפץ למים יחד עם אחרים כשהוא פצוע בגבו והחל לשחות למזלו נאחז דב בנק בקרש גדול שצף על המים יחד איתו נאחזו בקרש אדם בשם יוסף אכסלרד אישה בשם הילדה ואוורמברנד (מטרנסדניסטריה) וגב' בשם פילפל. במשך כ-5 שעות נאחזו הארבעה בקרש מותשים ופצועים גם ממסמרי הקרש. לפנות בוקר התקרבה לעבר המפקורה אניית "בולבול" ממנה נשלח צוות עם סירת הצלה. בנק מספר כי בעת הגעת סירת ההצלה או סמוך להגעתה גב' פילפל שהייתה האופטימית מבין הארבעה שאחזו בקרש ולא איבדה כל תקווה, נעלמה לפתע מתחת לגלים והם נותרו שלושה.
סירת ההצלה משתה את שלושת הניצולים מהים והעלתה אותם לאניית בולבול שם טופלו. התברר כי בנוסף לשלושה, יש עוד שני ניצולים מהמפקורה בני זוג בשם פולופ (או פיליפ) מבוקרשט אשר לבשו חגורות הצלה. רב החובל ואנשי הצוות של המפקורה היו טורקיים על האניה הונפו דגלי טורכקיה והצלב האדום. אניית מפקורה, הייתה בעלת שני תרנים ומשקלה היה 150 טון היא נבנתה בשנת 1929. בעת ההתקפה על אונית מפקורה נמלטו ראשונים רב החובל הטורקי וכמה מאנשי צוותו בסירת ההצלה היחידה שהייתה על סיפון המפקורה.
בין הנספים 50 יתומים, ניצולי מחנה טרנסניסטריה מספרם המדויק של הנוסעים על המפקורה אינו ידוע שכן המעפילים עלו ונדחסו על האניה בצפיפות איומה ללא רישום מסודר. יש הסבורים כי מספר הנוסעים על האניה היה כ-350 ואף יותר. חמשת המעפילים שניצלו מהאוניה נאספו על-ידי אניית "בולבול" שהמשיכה והגיעה לטורקיה משם המשיכו המעפילים עצמאית לאיסטנבול ומשם ברכבת לא"י. יהודים רבים סיפרו כיצד ניצלו חייהם הודות לכך שברגע האחרון לא עלו על המפקורה, אם בשל שהגיעו מאוחר והופנו לאניות אחרות או בשל אירועים אחרים כמו מחלה וכדומה. בין הנספים בטביעה היו לפחות 50 יתומים, שניצלו קודם לכן ממחנה טרנסניסטריה, בני משפחה של אדמו"רים ורבנים כמו-כן טבעו גם הוריו של הצנחן יצחק בן אפרים, שצנח באותה שנה ברומניה.
מספרים כי שני מעפילים מפורסמים ניצלו מן האסון, לאחר שברגע האחרון הם לא עלו על "מפקורה". האחד הוא פרופ' מיכאל נהוראי (אז ליטמן), והשני הוא הרב
חיים דרוקמן, חבר כנסת לשעבר מראשי הציונות הדתית האוניה הנוספת מורינה שיצאה מרומניה יחד עם ספינת בולבול ומפקורה הגיעה בשלום ישירות לאיסטנבול ומעפיליה יצאו ברכבת לא"י.
אחד הסיפורים הקשורים במפקורה ואינך יודע עד כמה הוא נכון הוא, ששישה קצינים פולניים בכירים שהגרמנים רדפו אחריהם התחננו בפני הנוסעים היהודים מספר שעות לפני הפלגת ה"מפקורה" מנמל קונסטנצה כי יצילו אותם ממות בטוח ויסתירו אותם במרתפי האניה ויעזרו להימלט מהגרמנים הרודפים אחריהם. על מזח הנמל עמדו אותה שעה מרגלים גרמנים שהכירו את הפולנים המוברחים. יש הטוענים כי הגרמנים היו נחושים לפגוע בקצינים הפולנים ומטרת הפגיעה העיקרית במפקורה הייתה לפגוע בקצינים הפולנים. צריך להתייחס לכל הפרסומים הללו בספקנות.
חקירת הטיבוע הערכה הרווחת והסבירות הגבוה ביותר שאת ההתקפה על המפקורה ביצעו הגרמנים. מספר שנים לאחר ההתקפה על המפקורה פירסם חוקר גרמני ש"חקר" את הפרשה כי את ההתקפה על המפקורה ביצעו הרוסים, ייתכן בשוגג ייתכן במזיד.
באוקטובר 1960 פורסמה בחלק ניכר מהעיתונות הישראלית ידיעה כי הקונגרס היהודי העולמי במסגרת חקירתו של טיבוע המפקורה והגשת תביעה כנגד האחראים לאסון פונה אל חמשת הניצולים או אל כל מי שמכיר אותם לפנות למשרדי הקונגרס ברחוב יהודה הלוי 123 (טלפון 29139) ולמסור עדותם.
הנצחת ה"מפקורה" לאחר טיבועה הוקם ועד ציבורי להנצחת זכרם של נספי המפקורה. באשדוד הוקמה אנדרטה לזכר האונייה והנספים בה. בבית כנסת ליהודי רומניה בית יעקב יוסף - הרב צבי גוטמן, ברחוב פקיעין 12 בתל אביב הוצבה טבלת זיכרון לנספי המפקורה ועליו חלק ניכר משמות נספי ה"מפקורה". ב-2003 הוקמה אנדרטת זיכרון לנספי האונייה בבית העלמין היהודי בדרום בוקרשט האונייה מונצחת בגנים ציבורים ובמקומות נוספים, למרות זאת אולם בעוד שאניית המעפילים סטרומה שאף היא טובעה בתקופת מלחמת העולם השנייה זכתה לחשיפה וסיקור עיתונאי ומחקרי הרי סיפורה וזכרה של אניית מופקרה, דומה כי נשכח משהו, ולא רבים מכירים סיפורה.
