חוקרים בטכניון ובמרכז הבינתחומי הרצליה הדגימו שיפור משמעותי ביעילות התהליך הנדרש לאחסונו של מידע דיגיטלי בדנ"א. במאמר שפורסם בכתב העת Nature Biotechnology, הדגימה הקבוצה אחסון מידע בצפיפות השקולה לאחסון של יותר מ-10 פטה-בייט (מיליון גיגה–בייט) בגרם בודד של דנ"א תוך ייעול משמעותי של תהליך הכתיבה. לשם המחשה, צפיפות זו מאפשרת, באופן תאורטי, לאחסן בנפח של כפית את כל המידע השמור ב-Youtube. את המחקר הוביל תלמיד המחקר ליאון ענבי מהפקולטה למדעי המחשב בטכניון בהנחייתו של הפרופסור זהר יכיני מהפקולטה למדעי המחשב בטכניון ומבית ספר אפי ארזי למדעי המחשב במרכז הבינתחומי הרצליה. המחקר נערך בשיתוף עם מעבדתו של הפרופסור רועי עמית מהפקולטה להנדסת ביוטכנולוגיה ומזון בטכניון. כמות המידע הדיגיטלי גדלה במהירות עצומה מאז המצאת ההארד-דיסק על-ידי IBM בשנות ה-50. אחסונו של מידע זה הפך לאתגר גדול לא רק בהקשר הטכנולוגי אלא גם בהיבט הכלכלי והסביבתי, שכן כיום אחראיות חוות השרתים – מחסני המידע המשרתים את כולנו – לכ-2% מפליטת הפחמן העולמית (שיעור דומה לפליטה המצטברת של כל המטוסים בעולם) ולכ-3% מצריכת החשמל העולמית (יותר מצריכת החשמל של בריטניה כולה). על-רקע כל אלה מתפתחת בעשור האחרון גישה טכנולוגית חדשה ומהפכנית: אחסון מידע בדנ"א. טכנולוגיה זו מאפשרת מזעור משמעותי, שמירת המידע לטווח ארוך הרבה יותר (פי אלף) ועלות אנרגטית וכלכלית אפסית. הרעיון הבסיסי בקידוד מידע על דנ"א הוא זה: מולקולת הדנ"א היא שרשרת המורכבת מחוליות הנקראות נוקלאוטידים. הנוקלאוטידים מתחלקים לארבעה סוגים המסומנים באותיות A, C, G ו-T. כדי לאחסן מידע בדנ"א יש לתרגם כל רצף בינארי (המורכב מהסימנים 0 ו-1) לרצף המורכב מאותיות אלה. בשלב הבא מיוצרות, בתהליך הקרוי סינתזה, מולקולות דנ"א ממשיות המייצגות את אותם הרצפים. כדי לקרוא את המידע נדרש ריצוף של מולקולות הדנ"א. ריצוף זה מייצר פלט המייצג את רצף הנוקלאוטידים המרכיב כל מולקולה בקלט, ואת הפלט האמור מתרגמים לרצף בינארי המייצג את ההודעה המקורית שקודדנו. הטכנולוגיות המודרניות מאפשרות סינתזה של אלפי סדרות נוקלאוטידים שונות במקביל. אחסון על דנ"א הוא אתגר טכנולוגי מורכב מאוד. בתחום קריאת המידע (ריצוף) התרחשה התקדמות עצומה בעקבות מהפכת הגנום, אולם בכתיבת המידע ישנם עדיין קשיים טכנולוגיים משמעותיים. מכאן חשיבותה של פריצת הדרך שהושגה על-ידי חוקרי הטכניון והמרכז הבינתחומי הרצליה ומאפשרת:

• הגדלה של מספר האותיות המשמשות לקידוד המידע (מעבר ל-4 האותיות המקוריות);

• הפחתה משמעותית בסבבי הסינתזה הנדרשים לאגירת המידע בדנ"א;

• שיפור מנגנון תיקון השגיאות בקוד.

הדנ"א הטבעי מורכב כאמור מארבע אבני בניין, הן ארבע האותיות A, C, G ו-T . צוות החוקרים הגדיל את מספר האותיות לשימוש בפועל, כשכל אות חדשה מהווה צירוף ייחודי של האותיות המקוריות. הרעיון דומה לייצור של צבעים חדשים על-ידי ערבוב ייחודי של צבעי בסיס. הגדלת מספר האותיות מאפשר לקודד יותר מידע בכל עמדה ברצף של מולקולות הדנ"א. לדברי הפרופסור יכיני, "בתהליכי הסינתזה והריצוף הנהוגים כיום מתקיימת יתירות מידע מובנית (redundancy), כיוון שכל מולקולה מיוצרת במספר גדול של עותקים ונקראת במספר גדול של עותקים במהלך הריצוף. הטכנולוגיה שפיתחנו מנצלת את התירות הזאת להגדלת מספר האותיות האפקטיבי הרבה מעל ל-4 האותיות המקוריות, וכך מאפשרת לנו לקודד כל יחידת מידע בפחות מחזורי סינתזה". החוקרים הצליחו להפחית ב-20% את מספר סבבי הסינתזה הנדרשים ליחידת מידע. יתר על כן, החוקרים הראו כי אפשר יהיה להפחית בעתיד את מספר סבבי הסינתזה ב-75% ללא מאמצי פיתוח משמעותיים. פירוש הדבר הוא שתהליך האחסון יהיה מהיר יותר ויקר פחות. "בעבודה הזאת יישמנו בצורה מעשית קידוד מידע ביעילות סינתזה הגדולה בעשרות אחוזים בהשוואה לקידוד המקובל", מסביר הפרופסור עמית. "המחקר כלל יישום בפועל של שיטת הקידוד החדשה לשם אחסון מידע בנפח גדול על מולקולות דנ"א ושחזורו לשם בדיקת התהליך." ואכן, על אחד המדפים במעבדתו של עמית בטכניון מונחת מבחנה קטנה המכילה בתוכה כ-10 ננוגרם (מיליארדית הגרם) של דנ"א, המקודדים אלפי עותקים של התנ"ך בגירסה דו-לשונית. קבוצת המחקר פיתחה מנגנון מתקדם המאפשר להתגבר על שגיאות שהן חלק בלתי נפרד מתהליך ביולוגי-פיזיקלי כמו זה המתרחש כאן. חלק מרצף הדנ"א של המולקולות המאחסנות את המידע, שתוכננו על יד ליאון ענבי ויכיני, משמש לצורך מנגנון תיקון השגיאות האמור. לדברי ליאון ענבי, "בזכות שימוש בקודים לתיקון שגיאות, המותאמים לקידוד הייחודי שיצרנו, יכולנו לבצע קידוד יעיל במיוחד ולשחזר את המידע בהצלחה. כאשר עובדים במערכת המורכבת ממיליוני חלקים (מולקולות), מתרחשים גם אירועים נדירים ביותר (אירועים של אחד למיליון), העלולים לשבש את הקריאה. הקידוד המוקפד איפשר לנו להתגבר על בעיות אלה". החוקרים מציינים כי "לטכנולוגיה שהוצגה במאמר יש פוטנציאל לייעל תהליכים נוספים בביולוגיה סינתטית ובביוטכנולוגיה. אנו מאמינים שבשנים הקרובות נראה עלייה משמעותית בשימוש בדנ"א סינתטי במחקר ובתעשיה". הדנ"א המלאכותי ששימש את החוקרים ותוכנן על-ידי הקבוצה יוצר על-ידי חברת Twist Bioscience האמריקנית, המעסיקה גם קבוצת פיתוח בתל אביב, ורוצף במרכז הגנומי של הטכניון. המחקר נתמך חלקית על-ידי תוכנית המסגרת Horizon 2020 של האיחוד האירופי. ליאון ענבי נתמך על-ידי מלגת אדמס של האקדמיה הישראלית למדעים. במחקר השתתפו גם ד"ר אורנה עטאר ותלמידת המחקר ענבל וקנין.