בית המשפט העליון מתבקש בידי התנועה לאיכות השלטון להורות על חקירת משטרה, הקמת ועדת חקירה ממלכתית והקמת ועדת בדיקה ממשלתית בפרשת הצוללות. זוהי רשימה חלקית בלבד של דרישות התנועה; הרשימה המלאה מונה 31 צווים על תנאי. אך בטרם יצלול בג"ץ למעמקי התיק, דומה שיש שתי שאלות מהותיות שעליו להציג לאליעד שרגא וחבריו. בלשונו של בית המשפט עצמו ניתן לומר, כי אלו הן שאלות שיש לשאול כבר בפרוזדור, כדי להחליט האם העותרים בכלל יכולים להיכנס לטרקלין.
שאלה ראשונה - משפטית-פרוצדורלית: מה אמורים השופטים לעשות עם ערימת התצהירים הזאת? כידוע, בית המשפט העליון אינו שומע עדים ואינו בוחן ראיות. לעיתים רחוקות, בעיקר בתיקי פשע חמור, מעיינים השופטים בלשכותיהם בראיות מרכזיות, כגון הודאות ושחזורים. אבל זה מאוד נדיר, וכאמור נעשה בצנעה. כעת מתבקש בג"ץ להתערב במה שמוגדר בפי העותרים כפרשה ביטחונית חמורה ביותר, ולעשות זאת על סמך תצהירים אילמים בלבד.
אם בג"ץ ידבק בנוהל הקבוע שלו, הרי שהמצהירים לא ייחקרו ודבריהם הכתובים יהפכו לתורה מסיני. הם לא יישאלו האם מדובר בעדות מכלי ראשון, בעדות מכלי שני או בעדות שמיעה. הם לא יישאלו מה עשו בזמן אמת עם המידע הזה. הם לא יישאלו האם ומה אמרו למשטרה. הם לא יישאלו האם יש להם אינטרסים כלשהם. הם לא יעומתו עם גרסאות אחרות שאולי מסרו ועם עדויות שונות ואף סותרות. בקיצור: הכלי הבסיסי ביותר של כל הליך - חקירה נגדית - לא יתקיים כאן. וכמובן שאותם דברים אמורים גם לגבי תצהירי נגד, אם וכאשר תגיש אותם המדינה.
אין שום איסור חוקי המונע מבית המשפט העליון לשמוע עדים ולחקור אותם, אך ספק אם השופטים ירצו לקבוע תקדים שכזה - שכן אחרי הפעם הראשונה, עלולות לבוא עוד ועוד פעמים, וההליך יהפוך למסורבל. מצד שני, אין זה מתקבל על הדעת שהחלטה כה חשובה - לכאן או לכאן - תתקבל רק על סמך עיון בתצהירים של שני הצדדים. לכן, בג"ץ יצטרך להכריע כיצד הוא מנהל את התיק הזה, ויש בדיוק שתי אפשרויות: או לחקור את כל המצהירים, או לא לקרוא אף שורה מאף תצהיר.
שאלה שנייה - ביטחונית-מהותית: איך בכלל מגיע חומר כל כך סודי ורגיש לידיהם של אזרחים? הרי אנשי התנועה לאיכות השלטון שוחחו עם המצהירים, ניסחו את תצהיריהם, הקלידו אותם והחתימו עליהם. לפי צו איסור הפרסום הגורף עליהם שהוציא השופט נעם סולברג, "התצהירים המקוריים כוללים משפטים מסווגים, שפרסומם יפגע בביטחון המדינה". האם כל מי שטיפלו במידע הזה קיבלו אישורים וסיווג כנדרש? מה נעשה כדי להבטיח את בטחונו של המידע כאשר היה בידי אנשי התנועה? כיצד תצהירים אלו בכל זאת דלפו לתקשורת?
זוהי שאלה חשובה משתי סיבות. ראשית, אם מידע רגיש ביותר הסתובב במקומות בהם אסור לו להיות - זוהי פרצה חמורה מאוד, שחובה לבדוק ולתקן, ושעלולות להיות לה השלכות פליליות. שנית, אם חלילה המידע הושג וטופל שלא על-פי הנהלים הדרושים - חובה לשאול האם בית המשפט בכלל יכול להתייחס אליו, או שמא מדובר בסוג של "רכוש גנוב". אפילו אם מדובר בפרשת שחיתות חמורה ביותר הפוגעת בביטחון המדינה, לאיש אין רשות לעבור על החוק כאשר הוא עוסק בה, ובוודאי שאיש אינו רשאי לעשות דין לעצמו.
כאמור, אלו הן השאלות. בג"ץ חייב להציג אותן ולקבל תשובות מספקות לפני שהוא בכלל מתחיל לדון בעתירה הזאת. חובה לדעת מהו המסלול בו ניתן יהיה להכריע בעתירה, ועוד לפני כן - חובה לוודא שהיא הוגשה בנקיון כפיים ובלא שהיא מוכתמת בפגיעה משלה בביטחון המדינה.