מתברר שבבית רותם נהוג להעניש מטופלים באמצעות בקנסות כספיים המועברים ככל הנראה לקופת הבית. הטלת הקנסות יוצרת אווירת פחד כמודגם בדיאלוג שהתנהל בין עובדת ההוסטל למטופלת שנתפסה מנערת את אפר הסיגריה שלה לתוך פח אשפה: עובדת הבית: "מה אעשה לך היום ווי, ווי, וי, את לא יודעת מה אני אעשה לך היום" המטופלת מתנצלת וצועקת: לא, לא לא עובדת הבית: "אל תגידי לי לא לא לא. היום את מקבלת 100 שקל קנס ואני כותבת מכתב למנהל בית החולים" המטופלת: "לא לא לא סליחה סליחה סליחה" עובדת הבית: "תיזהרי ממני. מהיום את לא מעשנת בפח רק במאפרה או בכוס מים תיזהרי ממני אני אשלח אלייך את מנהל בית החולים ואנחנו נקשור אותך בסוף". במקרה אחר, מטופל ששמו שמור במערכת קיבל קנס של 30 שקל על יריקה. יצוין שמטופלי בית רותם באים ברובם ממשפחות חלשות ואין להם מקרות הכנסה מלבד תקבולי הביטוח הלאומי, שמועברים לבית חולים. תשלום הקנסות נלקח מכספי הדיירים.

בבית רותם פעלה במשך תקופה ארוכה קפטריה שהופעלה על-ידי המטופלים בשכר זעום, וזאת כאמצעי טיפולי להכנתם לחיים בקהילה. בין המטופלים לבית רותם נחתמו חוזי עבודה בהם המטופלים התחייבו לעבודה בשכר נמוך מאוד. כך למשל באחד מהחוזים חתם מטופל על התחייבות לעבוד בקפטריה ארבע שעות ביום, שישה ימים בשבוע כולל ערבי חג, תמורת שכר של 500 שקל לחודש. המטופל התחייב בחוזה לטפל גם בבעיות שעלולות להתעורר עם מטופלים אחרים ובמקרים כאלה "לפנות ולהתייעץ עם הצוות בבית רותם או לחלופין לאנשי ביטחון דרך הטלפון". אם יתמיד בעבודה הובטח למטופל "קידום בשכר" אם הצוות ימצא לנכון לעשות זאת. הקפטריה נסגרה רק לאחר תלונה שהועברה להנהלת בית החולים על הדרך בה התנהלה.

שיקום מטופלי בית רותם מתבצע על-ידי צוות מקצוע מתחום הפסיכולוגיה והעבודה הסוציאלית ולצדם צוות מדריכים שלא עברו הכשרה בתחום הרפואי או הסעודי. למרות זאת נדרש מהמדריכים לבצע מטלות מקצועיות כמו למשל פעולות החייאה או מתן הערכה למסוכנות של מטופלים. כך למשל, כאשר אחת מדיירות בית רותם שיש לה נטייה לבצע ניסיונות התאבדות ברחה מההוסטל יצא נוהל למדריכים נוהל בו הם מתבקשים לבצע אבחון ראשוני למסוכנותה ולדווח למשטרה האם יש סכנה שתתאבד והאם ניתן לשחררה. בבית החולים לבריאות הנפש באר שבע שמפעיל את בית רותם, הורשעו בשנת 2016 ארבעה אחים על התעללות במטופלים. חושפת הפרשה שהתלוננה על ההתעללות במשטרה הועברה מתפקידה. היחס למתלוננים לא שונה. בבית רותם עובדים שמדווחים על ליקויים בהתנהלות ההוסטל מוזמנים לשימועים ומופעלים עליהם לחצים ואיומי פיטורים.

מנהל המרכז לבריאות הנפש בבאר שבע משנת 2000, פרופ' זאב קפלן, הוא פסיכיאטר מומחה שקיבל בשנת 2017 את פרס יקיר שירות המדינה. הוא מילא בעבר שורה של תפקידים בכירים: ראש שרותי בריאות הנפש במשרד הבריאות, ראש החטיבה לבריאות הנפש בצה"ל, יו"ר החטיבה הפסיכיאטרית באוניברסיטת בן-גוריון בנגב, יו"ר איגוד הפסיכיאטריה בישראל, יו"ר פורום מנהלי בתי חולים הפסיכיאטרים. פרופ' קפלן הופיע בתקשורת כמוביל תוכנית לצמצום קשירת מטופלים, שהתחברה לדוח של משרד הבריאות לצמצם בכ70% את השימוש בקשירת מטופלים במחלקות ובבתי החולים הפסיכיאטריים. עם זאת, מתברר שפרופ' קפלן אינו מגנה את השימוש הרווח בקשירת מטופלים. בשיחה עם עובדים הוא הוקלט אומר את הדברים הבאים: "יש דבר שנקרא ניהול סיכונים, מה שנקרא טווח ביטחון שאנחנו לוקחים כדי שלא נפספס ... מתוך החולים שאנחנו קושרים ומבודדים לא כולם התפרצו. נגיד אנחנו קושרים ומבודדים 20 מטופלים בשבוע מתוכם אולי 5 התפרצו אבל אנחנו קושרים 20 לטווח ביטחון".

על-פי התגובה המשותפת למשרד הבריאות ולבית החולים, ההוסטל מופעל על-ידי בית החולים באר שבע ומדובר בהוסטל לנכי נפש המקבלים קצבת נכות של ביטוח לאומי וזכאים לסל שיקום ואינו קשור למשרד הרווחה. מדובר באחד משני הוסטלים שנמצאים על יד או בקמפוס של בית חולים. עוד נמסר כי משרד הבריאות עורך בקרות בהוסטל ובין היתר נבדק הניהול הכספי ואם נמצאים ליקויים הם מתוקנים מידית. החתימה על החשבונות הינה של מנהל ההוסטל ואין צורך בחתימת רואה חשבון. תעסוקת המשתקמים בבית החולים נעשתה במסגרת תוכנית שיקום בהתאם למצבם התפקודי על-מנת להכינם לתעסוקה בחוץ. "האירוע מ-2016 לא התרחש בבית רותם, לא ידוע לנו מאז על מקרה אלימות של עובדים או טענות שהושתקו", נמסר בתגובה. עוד נמסר כי הנוהל והחקיקה להגנה על חסרי ישע הובא לידיעת עובדי בית החולים מכלל המקצועות והם נדרשים להצהיר כל שנה על כך שמכירים את הנוהל ומחויבים לדווח על כל פגיעה במטופל שהגיע לידיעתם ועל כך שאי דיווח הינו עבירה פלילית. ביחס לפעולות הצוות בתפקידי צוות רפואי נמסר כי הוסטל מוגדר כבית למגורים ואין צורך בצוות רפואי לחלוקת תרופות. עוד נמסר כי בבקרות שעורך משרד הבריאות נבדק גם עניין חלוקת התרופות. "יתר בית רותם כאמור הינו הוסטל ולא מתבצעים בו הגבלות פיזיות למטופלים על כן, כספי הדיירים מנוהלים בחשבון נפרד".