ניוטון האמין במקורו האלוהי הבלתי-מעורער של התנ"ך. הוא הקדיש את זמנו לא רק לבירור חוקי הטבע, אלא גם לחיפוש המהות שמאחוריהם. המוטיבציה המדעית להבנה של העולם ושל השליטה בו היא שהניעה אותו גם לחשיפת הסודות האזוטריים והדתיים של המציאות. ואחד החשובים מבין הסודות הללו נגע לחישוב הזמן והמיקום של קץ העולם. בין פרקי התנ"ך והברית החדשה, המעורפלים לכאורה, חיפש ניוטון נבואות מדויקות לעתיד העולם ולגאולת נשמתה של האנושות החיה בתוכו. חשוב להבין שבתקופה שבה ניסח ניוטון את התיאוריות המדעיות הגדולות שלו, המדע המודרני טרם נטש לחלוטין את המקורות האזוטריים והדתיים שמהם צמח. כבר בחיבוריו התיאולוגיים המוקדמים השקיע ניוטון אנרגיה פרשנית רבה בפענוח חזון יוחנן, בין היתר במטרה לאתר את המיקום המדויק שבו יתחילו המאורעות שיובילו אל סוף העולם. המדען האנגלי לא הסתפק במחקר תיאורטי ובפרשנות כתובה, אלא צירף לאחד מחיבוריו שעסקו ביום הדין מפה המצביעה במדויק על האזור הצפוי לעמוד במוקד ההתרחשות. אנחנו עוד נחזור למפה הזאת, שנוצרה לפני 300 שנה בערך, והעיון בה ובכיתובים הצפופים בשוליה חושף מידע רב-תחומי עשיר ומקורי. בחזון יוחנן מסופר על שבעה שופרות, שכל אחד מהם מבשר על התרחשות אפוקליפטית אחרת. כיוון שניוטון לא האמין שסוף העולם יגיע בימי חייו, הוא לא הגדיר את מיקום השופר השביעי והאחרון. אז מה הוא כן זיהה וסימן על המפה? את האירועים המובילים לקץ העולם, כלומר: תקיעות השופרות החמישי והשישי קודם לתקיעת השופר האחרון המכריז על תחילת הסוף (חזון יוחנן ט'). את השופר החמישי הבין ניוטון בתור עליית האיסלאם הערבי, ואת השופר השישי ייחס לעליית האימפריה העות'מאנית, שאותה שלח האל כדי להעניש את הנצרות הכופרת ולהחריב סופית את שרידי הקיסרות הרומית המושחתת – היא האימפריה הביזנטית. והיכן מתחוללים אירועי סוף העולם לפי ניוטון? כאן אצלנו, בשכונה החמימה המוכרת בתור המזרח התיכון. ניוטון זיהה במדויק ארבעה מחוזות באסיה (העיר קוניה), סוריה (העיר דמשק), מוסול ומיאפרקין (העיר מרטירופוליס) ושייך אותם לארבעת מלאכי האפוקליפסה היוצאים לחופשי על נהר הפרת במהלך מאורעות השופר השישי (חזון יוחנן ט', י"ד). לפי חזון יוחנן, יציאתם של ארבעת מלאכי האפוקליפסה לזרוע הרס וחורבן בעולם מקדמת את עליית החיה המסתורית – המוזכרת בספר כאחת ממחוללות יום הדין – ומסמלת את הקרב האחרון.

מול סימון מקום יציאתם של מלאכי האפוקליפסה, אזור אחד בולט בהיעדרו מהמפה של ניוטון. זהו הר מגידו, אשר שיבוש שמו ביוונית הוליד את המושג ארמגדון, שהשתרש ככינוי לאירוע יום הדין על-פי הנצרות. וכן, בהשראת אווירת סוף העולם הפך ארמגדון גם לסרט קולנוע בלתי נשכח. מגידו נזכרת בתנ"ך מספר פעמים, לא פעם בהקשר של קרב חשוב (זוכרים את יעל וסיסרא והחלב? זה קרה שם ליד), אך רק בנצרות היא משולבת בחזון סוף העולם. בהר מגידו, נכתב בחזון יוחנן, ייערך הקרב הסופי בין כוחות הרוע המונהגים בידי החיה המסתורית ובין כוחות הטוב המונהגים בידי האל. בקרב הזה יוכרעו הרעים, ולאחריו תשכון מלכות השמים על הארץ. ניוטון מספק ביטוי היסטורי נוסף לקשר שבין כוחות הרוע להשגחה האלוהית. בכיתוב בשולי המפה ששרטט, דן ניוטון בשני מנהיגים צבאיים של כוחות הרוע: המנהיג והמצביא צלאח א-דין (1138–1193), שסילק את שרידי הצלבנים מארץ הקודש, והמנהיג המונגולי ג'ינגיס חאן (1162–1227), שהופיע מן המזרח כדי לזרוע הרס וחורבן בציביליזציה המוסלמית. עלייתם של שני הכובשים נתפסה בעיני ניוטון כהתערבות של השגחה עליונה. כתבי היד של ניוטון השמורים בספרייה הלאומית מאפשרים הצצה מסקרנת אל צדדים שעדיין אינם ידועים לציבור הרחב. הגילויים הבולטים נוגעים לעיסוק האלכימי של אחד מגדולי המוחות המדעיים בהיסטוריה ולניסיון השיטתי שלו להשיב את הנבואה האלוהית שאבדה מאז ימי התנ"ך – ניסיון שהתמקד בהבנת הנבואות שהורישו לנו נביאי ישראל. אלברט איינשטיין תיאר זאת טוב מכולם במכתב שכתב ב-1940 לידידו האספן והמזרחן אברהם שלום יהודה. איינשטיין הבהיר ליהודה, כי יהיה נפלא אם הכתבים התיאולוגיים והאלכימיים של ניוטון ירוכזו ויועמדו לרשות המחקר, בהדגישו, כי דווקא הכתבים הללו הם שפותחים צוהר חסר תקדים לעבודת האיש. כך כתב איינשטיין: "בעוד שבתחום עבודתו הפיזיקלית של ניוטון, דרך ההתפתחות של מחשבתו תישאר עלומה, שכן הוא השמיד כנראה את הטיוטות לעבודתו, הרי שבתחום עבודתו על התנ"ך יש בידינו גרסות ראשוניות ושינויים חוזרים. לכן כתבים אלה, שברובם טרם פורסמו, מעניקים לנו מבט מרתק על הסדנה הרוחנית של הוגה זה, היחיד במינו". מהכתבים התיאולוגיים השמורים בספרייה עולה בבירור שבדומה למספר פרשנים פרוטסטנטיים מהמאה ה-16, גם ניוטון האמין שקץ העולם מוצפן בתנ"ך. אלפי הדפים הכתובים בקפדנות שהקדיש ניוטון לפענוח חזון אחרית הימים, הם עדות למסירותו של אחד מגדולי המוחות בהיסטוריה האנושית לפיצוח האתגר הזה. כפי שנרמז בציטוט הפותח את הכתבה, לשיבת היהודים לציון היה חלק מרכזי בחזון הניוטוני.