מסיבות אלה כולן, ועל-רקע לחץ גובר מצד המתנחלים ונציגיהם בממשלה לצאת למהלך צבאי רחב היקף, יזם צה"ל מבצע ממוקד נגד תשתיות הטרור במחנה פליטים ג'נין. מטרותיו היו: פירוק תשתיות טרור במחנה; פגיעה בפעילים ומעצר גורמים המעורבים בטרור; הכשרת התנאים למערכה מתמשכת נגד הטרור במרחב. כל זאת, בשאיפה לשלוט בגובה הלהבות ולמנוע התפשטות האירועים לאזורים אחרים ביהודה ושומרון וזירות נוספות.
בסיום המבצע רווחת בישראל תחושת הצלחה טקטית-אופרטיבית לאור ההישגים הבאים: 12 פעילי טרור נהרגו; 300 חשודים בטרור נחקרו ומתוכם נעצרו כ-30; שש מעבדות לייצור פצצות ומטענים נהרסו; 14 דירות ששימשו לפעילות טרור וחדרי בקרה זוהו ונהרסו; 300 מטעני חבלה מוכנים לשימוש נוטרלו; נתפסו עשרות מוקשים, רובים, אקדחים, מאות כדורים, עשרות קילוגרמים של כימיקלים להכנת חומרי נפץ; נחשפו ונהרסו שישה פתחי מנהרות ושני מחסני נשק. רוב פעילי הטרור נטשו את המחנה מבעוד מועד, כאשר הובן שצה"ל נכנס למחנה. אחרים נמלטו תוך ניצול נהירה של משפחות אל מחוץ למחנה בשל חשש לפגיעה בנפש.
בעקבות המבצע גברה הביקורת הבינלאומית על ישראל. "משרד האו"ם לתיאום התנאים ההומניטריים בשטח הפלשתיני הכבוש" פרסם, כי מאות יחידות דיור במחנה הפליטים ג'נין נפגעו, וחלקן אינן ראויות עוד למגורים. למעלה מ-500 משפחות פלשתיניות, המונות יותר מ-3,500 איש ואישה, נעקרו מבתיהן ונאלצו לעזוב את בתיהן בשל ההרס. נזק רב נגרם לרשתות החשמל, המים והביוב במחנה הפליטים עצמו ובשכונות המקיפות אותו.
לצד ההצלחה המבצעית עולות מספר שאלות: איך משמרים את ההישג? האם אפשר לבודד את ג'נין משאר יהודה ושומרון? האם יש כוונה והיתכנות לחידוש השליטה של מנגנוני הביטחון של הרשות בג'נין? כיצד מיישבים את הפער במערכת הפוליטית הישראלית בין הגורמים המקצועיים, הרואים חשיבות בחיזוק תפקוד הרשות הפלשתינית, לבין גורמים בממשלה החותרים לקריסתה? איזה מהלך מדיני משלים אפשרי מצד ממשלת ישראל לביסוס ההישג הצבאי?
בעקבות המבצע ובעיקר לאחר שסגן יו"ר הפתח, מחמוד אל-עאלול, וחבר הוועד הפועל של אש"ף, עזאם אל-אחמד, סולקו בבושת פנים ממסע ההלוויות בג'נין, ולנוכח סירוב חמאס והג'יהאד האיסלאמי לקריאת אבו מאזן לקיים פגישה של מזכ"לי הפלגים, הבין נשיא הרשות הפלשתינית שיש לשקול מחדש את המדיניות בצפון השומרון. טענה רווחת נגד הרשות היא שאינה מתפקדת כמצופה מרשות שלטונית ואינה מספקת הגנה לאוכלוסייה הפלשתינית מפני אלימות מתנחלים.
בניסיון להפגין נוכחות בשטח, ארגנה הרשות תהלוכות חמושות של קבוצות תנזים/פתח במספר ערים וכפרים, וערכה סולחה בין ראשי הארגון לפעיליו המשתייכים לגדודי חללי אל-אקצה בג'נין. אולם, אין בכך מענה מספק לטענות נגד הרשות בגין חוסר תפקוד ושליטה. ואכן, מדיון פנימי ברמאללה הודלף החשש שאם המנגנונים לא יפעלו במהירות, עלולה להישנות בג'נין השתלטות של חמאס, בדומה להשתלטותו על רצועת עזה בשנת 2007. כן הוחלט, כי הרשות תשקם את נזקי המבצע כדי להוכיח אחריות ועשייה כלפי האוכלוסייה הפלשתינית וכדי לממש את כספי השיקום שהבטיחו איחוד האמירויות (15 מיליון דולר, אם כי באמצעות אונרא), ואלג'יריה (30 מיליון דולר).
