מסמך אחר מגלה, כי פרופ' סלו בארון, מומחה לתולדות עם ישראל, זומן לעדות על-פי החלטתם של בן-גוריון וגולדה מאיר, שהייתה אז שרת החוץ. בארון התבקש לספר על יהדות אירופה לפני השואה, וזימונו סוכם בישיבה בה השתתפו בן-גוריון, גולדה, האוזנר והמנכ"לים של משרדי ראש הממשלה והחוץ. נתנאל לורך, שהיה אז מנהל מחלקת אפריקה במשרד החוץ, ניסה אף הוא להשפיע על ניהול המשפט. במזכר ששיגר באוגוסט 1960 למנהל לשכת שרת החוץ, הציע לורך לבקש מהתביעה להדגיש שתי נקודות שיכולות לסייע למדינה "להפוך משפט אייכמן למבצע הסברה חשוב לאפריקה": הדגשת הגזענות הנאצית, שכוונה גם כנגד השחורים; והדגשת המרכיבים עימם "האפריקני יכול להזדהות מבחינה אמוציונלית", כגון הגטאות, הטלאי הצהוב, עבודות הכפייה והרעב (אך לא תאי הגזים).

מסמכים אחרים חושפים את המעורבות הפוליטית בזימון עדים ואפילו בקו שהציגה התביעה. היועץ המשפטי של משרד החוץ, שבתאי רוזן, דיווח במאי 1961 לנציגויות ישראל בעולם, כי "סוכם בדרג הגבוה ביותר כי במסגרת פרשת הונגריה תתגלה זו הפעם הראשונה תגובת הסוכנות היהודית כולה [לשואה], הלחץ החזק של ויצמן ז"ל והסירוב המוחלט של הבריטים לנקוט בפעולות צבאיות מתאימות כגון: הפצצת אושוויץ, הצנחת צנחנים [יהודים] בקנה מידה גדול ובפעולות מדיניות מתאימות כגון: מתיחתן הממושכת של השיחות על 'סחורות תמורת יהודים'". בכך נגע רוזן בנקודה רגישה במיוחד מבחינה פוליטית: טיפולה של הסוכנות היהודית בהצלת יהודי אירופה. הנושא עלה עשור קודם לכן במשפט קסטנר, כאשר עו"ד שמואל תמיר טען שקסטנר הציוני פעל להציל את מקורביו על חשבון רוב יהודי הונגריה. טענה זו נדחתה בבית המשפט העליון, אך רק אחרי שקסטנר נרצח. ההחלטה להעלות לדיון את תגובת הסוכנות הייתה לפיכך טעונה אישור של בן-גוריון, שהיה יו"ר הסוכנות בזמן השואה, ולכך מרמז רוזן בתחילת מברקו. פרשת "דם תמורת סחורה" (כפי שהיא מכונה כיום) הייתה הצעה של אייכמן להימנע מהשמדת יהודי הונגריה, תמורת 10,000 משאיות וסחורות נוספות שיספק המערב. ממשלת בריטניה השהתה זמן רב את תשובתה להצעה (שהמחקר המודרני קובע שהייתה כוזבת מעיקרה) ולבסוף הדליפה אותה, מה שגרם לפיצוץ מיידי של המו"מ.

מעורבות פוליטית בולטת נוספת הייתה בנאום הפתיחה של האוזנר. המסמכים מגלים, כי הוא שלח את טיוטת נאומו לבן-גוריון ולשרת החוץ, גולדה מאיר, כדי להתייעץ עימם בשאלות מדיניות, ולרוזן לצורך התייעצות בנושאים משפטיים. לבקשת שר המשטרה, בכור שלום שטרית, שלח גם לו האוזנר עותק מן הנאום. דוד בן-גוריון השיב במסמך קצר, בו הוא מתייחס לחמשת הפרקים הראשונים של הנאום. בקשתו המרכזית הייתה להדגיש בכל מקום בו מוזכרת גרמניה, כי מדובר בגרמניה הנאצית - על-מנת ליצור בידול ממערב גרמניה, שאת היחסים עימה טיפח בן-גוריון במשך עשור.

האוזנר ביקש את עמדת הממשלה לגבי שני עדים ספציפיים, אשר לא היו ראיות שהשתתפו ברצח, אך היו חברים בארגונים פושעים לפי החוק לעשיית דין בנאצים ובעוזריהם:

• וילהלם הטל, שהיה סגן מפקד מחלקה 6 בס"ס. הוא העיד במשפטי נירנברג, כי אייכמן דיווח לו על השמדת 6 מיליון דולר, והסניגור רוברט סרבציוס ביקש לחקור אותו על כך.

• ולטר הופנקוטן, איש גסטפו שעסק בריגול נגדי. הוא העיד בנירנברג, כי לאייכמן הייתה עמדה רבת כוח וכי יכול היה לעקוף בכירים ממנו. גם אותו ביקש סרבציוס לחקור.

האוזנר אמר, שלגבי שני אלו ההחלטה צריכה להיות מדינית. מצד אחד, חשוב לאפשר משפט הוגן; מצד שני, "הציבור לא בלב קל ישלים עם הבאת נאצים לארץ". הוא עצמו המליץ לאפשר לשניים להעיד בישראל. כללית אמר האוזנר, שיש לאפשר לאייכמן להביא כל עד, גם אם ברור שהוא ישקר. הדעות בין שרי הממשלה נחלקו. השרים משה בנטוב, בנימין מינץ, משה דיין, בכור שלום שטרית ויוסף בורג התנגדו למתן חסינות לשניים, ואילו לוי אשכול, חיים משה שפירא ופנחס רוזן תמכו. בן-גוריון היה האחרון שהביע את דעתו: "במשפט זה, אומנם לא במשפט שווה, עומדים הנאצים שעוללו לעם היהודי מה שעוללו, הם עומדים למשפט מול דעת הקהל בעולם, אבל אגב זה עומדת גם ישראל למשפט בעיני דעת הקהל בעולם... נדמה לי שנעשה משגה אם לא נביא אותם... אנו עומדים בפני המשפט אם אנו הגונים או לא, אם יש אצלנו משפט צדק או לא, אם יש רק רגש נקמה או משפט, ולכן צריכים השופטים לנהוג על-פי החוק ולא רק על-פי הרגש". בסופו של הדיון הכריעה הממשלה ברוב של שישה מול חמישה על מתן אישור להבאתם של הטל והופנקוטן לעדות תוך מתן חסינות. בפועל, העדיפו השניים להעיד בחיקור דין בגרמניה.