אף שאל-קאעידה הכריז על עצמו כארגון הפועל כנגד יהודים ואף שהארגון הירבה לציין את הנושא הפלשתיני כעילה לפעולותיו ופעל כנגד מוקדים יהודיים בעולם (בטורקיה, מרוקו ותוניסיה), לא ידוע על קשר בין אל-קאעידה ובין ארגוני טרור פלשתיניים בישראל, אם כי נתגלו מספר התארגנויות קטנות של אל-קאעידה בארץ.
עם זאת, ידוע שלארגוני הטרור קשרים שונים ומוסווים, כך שאין לשלול את האפשרות שאל-קאעידה הזרים תמיכה לחמאס ולארגונים מוסלמיים קיצוניים אחרים. ברמה ודאית יותר ניתן לשער, שארגונים אלו קיבלו עידוד מפעולותיו של אל-קאעידה, גם אם רמת התחכום של פעולותיהם רחוקה מאוד מזו של אנשי בו-לאדן.
ב-27 בינואר 2009 נהרג חייל ישראלי ונפצעו שלושה חיילים נוספים ממטען צד שהתפוצץ סמוך לרכב סיור צבאי שבו נסעו באזור כיסופים. לאחר כמה שעות נטלה קבוצה בשם "גדודי הג'יהאד והתווחיד" אחריות על הפיגוע ומסרה בהודעתה, שהיא קשורה לאל-קאעידה.
קבוצה אחרת המסונפת לאל-קאעידה, "ג'ונוד אנסאר אללה", ניסתה לבצע פיגוע וניסיון חטיפה בקרבת מעבר קרני בעזרת סוסים, אך הניסיון סוכל על-ידי חיילים של גולני שהצליחו לחסל ארבעה מחבלים. החיילים נאלצו להשתמש בתגבורת של מסוק וטנק מחשש לחטיפה.
ב-5 בנובמבר 1990 נרצח ח"כ הרב מאיר כהנא לאחר סיום נאום במלון מריוט בניו-יורק על-ידי מתנקש שהתחפש ליהודי חרדי. לאחר מספר שנים התברר, כי המתנקש השתייך לתא טרור בהנהגתו של השייח' העיוור, עומאר עבד אל-רחמן, שהיה למעשה שלוחה ראשונה של אל-קאעידה בארה"ב. אותו תא הוא שניסה בשנת 1993 לפוצץ את מגדלי התאומים באמצעות מכונית תופת שהוטמנה בחניון המגדלים.
ב-7 באוקטובר 2004 בוצעה סדרת פיגועים בסיני במלון הילטון טאבה ובראס א-שטן ביום האחרון של חג סוכות, באמצעות שלוש מכוניות תופת (שאחת התפוצצה ללא נפגעים), שהכילו כל אחת 150 ק"ג חומר נפץ. באירוע נהרגו 34 בני אדם ובהם 12 ישראלים. פיגוע זה דמה מאוד בדרכי ביצוע לפיגוע שבוצע בבאלי בידי אל-קאעידה. הרמטכ"ל דאז,
משה יעלון, דיווח לוועדת החוץ והביטחון, כי ישראל סיכלה בעבר חדירה של הארגון לישראל.
ב-5 באוגוסט 2005 הצליחו שלטונות טורקיה וישראל לסכל פיגוע גדול בישראלים, כאשר הורו לארבע ספינות טיול שנשאו על סיפונן כ-3,500 ישראלים שלא לעגון בנמל אלניה בטורקיה ולחלופין לעגון בקפריסין. מאוחר יותר תפסו כוחות הביטחון הטורקיים מספר חשודים עם חומרי נפץ רבים, שהודו בתכנונם לפגע באחת מהספינות הללו באמצעות סירת נפץ או פיצוץ במתחם שיתאספו בו נוסעים מהספינות. גם כאן ניתן להצביע על דרכי פעולה האופייניות לאל-קאעידה.
