בכינוסי האינטלקטואלים היהודים בצרפת הרצו באופן קבוע שלוש דמויות: הפילוסוף עמנואל לוינס הרצה על סוגיות תלמודיות, הרב יהודה ליאון אשכנזי (מניטו) – על תחום הקבלה ותורת הסוד, ואנדרה נהר על המקרא.
מבין השלושה דומה כי נשכחה דמותו של אנדרה נהר ואין היא מוכרת לקורא הישראלי הממוצע, למרות השפעתה הנרחבת על העולם האינטלקטואלי והרוחני של יהדות צרפת. הדבר מפליא עוד יותר משום שנהר, שנולד ב-1914 בחבל אלזס שבצרפת ואת שנות מלחמת העולם השנייה העביר באירופה, עלה לישראל והתיישב בירושלים לאחר מלחמת ששת הימים (בה גם נפטר בשנת 1988).
מחקר אקדמי וכתיבה אישית-הגותית למעשה, נהר לא זכה תמיד להכרה מלאה גם בעולם האקדמי הכללי, ונראה שהדבר קשור לשילוב הייחודי שבכתיבתו – בין מחקר אקדמי לבין כתיבה אישית-הגותית, שילוב אותו הממסד התקשה לקבל משום שאין הוא כפוף לחלוטין לשיח המדעי הנוקשה. לדעת מבקרים רבים כתיבתו של נהר לא עמדה בקריטריונים המדעיים-האקדמיים. זו למשל הייתה הביקורת העיקרית שהופנתה נגדו בעקבות פרסום ספרו על עמוס הנביא – הוא הואשם בכך שהוא פותר קשיים טקסטואליים במקרא באמצעות הנחות מטאפיזיות ואידיאולוגיות על הדת והיהדות. כך גם ספרו על דוד גנץ, שנכתב על-בסיס הנחות עבודה מדעיות אך מתוך תודעה יהודית-מסורתית, לא התקבל על לב החוקרים. זאת ועוד, בישראל הקלטותו בממסד האקדמי הייתה רצופת קשיים במיוחד, שכן הז'אנר המרכזי בו הוא כתב היה Essai, כתיבה אישית והגותית בעלת ערך ספרותי, כמעט ללא הערות שוליים – ז'אנר שאינו מקובל כלל בעולם האינטלקטואלי הישראלי.
רתיעתו של הממסד כלפיו מכניסה את נהר לקבוצה של הוגים יצירתיים ומקוריים שהאקדמיה התקשתה לקבל, דוגמת מרטין בובר או אברהם יהושע השל (נהר אף כתב כמה עמודים על יחסו להשל תחת הכותרת "תלמידו של אברהם אני").
ואכן, אם נתמקד בכתיבתו של נהר על המקרא (התופסת נפח גדול מחיבוריו) ניתן יהיה להבחין כי מחקריו מבוססים על קריאה בטקסטים המקראיים מתוך נקודת מבט קיומית יהודית. נהר הכיר בשיטות הפרשניות מתחום חקר המקרא הביקורתי, אך הוא היסס להשתמש בהן, בין השאר משום שהן שהתפתחו באוניברסיטאות נוצריות-פרוטסטנטיות. הוא קיבל את הטקסט המקראי כמו שהוא מונח לפנינו וביקש לקרוא בו "קריאה קנונית", תוך שהוא דוחה את נסיונם של חוקרי המקרא לחלק את הטקסט למספר מקורות שונים. בכך סתרה עמדתו האידיאולוגית והקיומית באופן חזיתי את השיטות המדעיות הרווחות בתקופתו.
כך למשל, בספר על עמוס הנביא מקדיש נהר עיסוק נרחב למושג ה"ברית", אותו הוא רואה כקטגוריה מקראית מרכזית וכעין מפתח פרשני לכל ספר עמוס; נהר מתפלמס עם פרשנים נוצרים שמושג זה איננו מקבל מקום בכתביהם בשל הנחותיהם התיאולוגיות המזהות את "ברית סיני" עם הריטואל ועם השלב הישן של ההתגלות האלוהית. אך הוא משתמש בקטגורית הברית גם כדי לפתור בעיות טקסטואליות בהן הוא נתקל בפירושו. למשל, כשהוא מתמודד עם הסתירה המופיעה בספר עמוס בין היות עם ישראל עם נבחר ("רַק אֶתְכֶם יָדַעְתִּי מִכֹּל מִשְׁפְּחוֹת הָאֲדָמָה עַל כֵּן אֶפְקֹד עֲלֵיכֶם אֵת כָּל עֲוֹנֹתֵיכֶם" – עמוס ג, ב) לבין היותם עם ככל העמים מבחינתו של האל ("הֲלוֹא כִבְנֵי כֻשִׁיִּים אַתֶּם לִי בְּנֵי יִשְׂרָאֵל נְאֻם ה' הֲלוֹא אֶת יִשְׂרָאֵל הֶעֱלֵיתִי מֵאֶרֶץ מִצְרַיִם וּפְלִשְׁתִּיִּים מִכַּפְתּוֹר וַאֲרָם מִקִּיר" – עמוס ט, ז) הוא מסרב לאמץ את עמדת חוקרי המקרא בדבר מקורות טקסטואליים שונים שאוחדו יחד ואת ניסיונם לקבוע את הנוסח ה"אותנטי" של הטקסט. במקום זאת הוא משתמש במושג הברית ומסביר לאורו את הסתירה: בעוד הפסוק הראשון עוסק בפן הפרטיקולרי של הברית, כלומר הברית עם ישראל, הפסוק האחרון עוסק בפן האוניברסלי שלה – הברית עם בני נח. כלומר, הטקסט המקראי כפי שהוא לפנינו הוא קוהרנטי, והוא משקף שני צדדים השונים של מושג הברית.
בכמה מקומות בכתביו מעלה נהר במפורש את הבעיה שהוא מזהה בדיצפלינה של חקר המקרא. לדעתו, בכדי להבין את המקרא לעומקו יש ללכת "מעבר" לביקורת המקרא, ולנתח את הטקסט מתוך שאיפה לסינתיזה תיאולוגית. ניתן לומר שבמובן מסוים השתמש נהר במתודות מדרשיות בכדי לשלב את הזהות היהודית האישית שלו בתוך הטקסט אותו חקר. כך, בחיבור אחר שלו, העוסק בשואה, מבקש נהר לפרש את התנ"ך לאור מאורעות השואה, וגם כאן הוא משלב בין הצד האישי-היהודי לבין פרשנות הטקסט.
אכן, דומה שדמותו של אנדרה נהר לא ענתה לקריטריונים הצרים של "חוקר מקרא" או "חוקר תרבות", אך דווקא בכך נעוצים ייחודו וחשיבותו למרחב התרבות היהודית. נהר היה איש רוח, ומכאן נולדו ניסיונותיו לפורר את האבחנה החדה בין "מחקר" לבין "ספרות". הוא לא עסק רק בדיצפלינה המחקרית הצרה שלו, אלא גם בנושאים שונים העומדים על סדר יומו של הוגה דעות הרואה עצמו הומניסט. נהר הצביע על ההיבטים ההומניסטיים של התרבות היהודית, ודוגמה לכך היא ספרו על המהר"ל מפראג, בו הוא מציג עמדה המנוגדת לזו של חוקרים כמו רבקה ש"ץ ויעקב כ"ץ, שראו במהר"ל אנטי-הומניסט. בספרו טען נהר שהמהר"ל לא ראה הבדל מהותני בין יהודים ללא-יהודים אלא סבר שמתקיים ביניהם קשר אורגני.
אדם משיחי ונאיבי פוליטית ביקורת אחרת שנמתחה על נהר קשורה לצד הפוליטי בדמותו. נהר נתפס כאדם משיחי וכנאיבי מבחינה פוליטית; טענה חריפה שהופנתה נגדו הייתה כי הוא מטאפיזיקאי שאינו יודע לתרגם את מחשבותיו למישור הפוליטי באופן מוצלח, וכי המשיחיות שלו היא פועל יוצא של חוסר יכולת זו.
ואמנם, נהר עלה לישראל לאחר מלחמת ששת הימים מתוך קריאה משיחית של האירועים ההיסטוריים. אבל עיון מעמיק בדבריו מעלה כי עבורו "משיחיות" אינה תפיסה אוטופית של ההיסטוריה וייחוס קדושה למדינת ישראל ולמוסדותיה. לדעתו, מוקד המשיחיות היהודית אינו נעוץ בהווה, במציאות הקיימת (למשל בהישגים הפוליטיים של מדינת ישראל), אלא דווקא במציאות החסרה, זו שעדיין לא הושגה. בניגוד למשיחיות הנוצרית, נהר הציב במוקד המשיחיות את הדרך שעוד יש להתקדם בה ואת הדברים הפגומים שיש להשלימם ולא את העולם שכבר נגאל. לכן הוא דווקא הרבה להתלבט סביב דרכה של ישראל והטיל ספק בנכונות ההחלטות שקיבלו מנהיגיה, וניתן לומר שגישתו הפוליטית הייתה פרגמטית ולא משיחית.
נהר אומנם ראה חשיבות דתית בהקמתה של מדינת ישראל והדגיש את המימדים הדתיים שלה, אך הוא התנגד לניסיון להשליט את הדת הממוסדת על הפוליטיקה. הוא בירך על חיזוק הצדדים החילוניים של המדינה מתוך אמונה בהומניזם ובפתיחות לעולם הרחב, וחשש מכך שהמפלגות הדתיות יכתיבו את התנהלות הפוליטיקה הישראלית. מתוך הבנה של מורכבותה של הזהות היהודית ביקש נהר לשמור על המתח התמידי שבין יהדות וישראליות. נקודה זו מאפיינת את הגותו ומצביעה על תכונת האופי הייחודית ביותר שלה: בקשה לחיבור דיאלקטי ותמידי בין הניגודים השונים שבקיום (ישן וחדש, קודש וחול, פרטיקולרי ואוניברסלי) מתוך שאיפה לחוות באופן קיומי הכל גם יחד.
