שיתוף הפעולה של סין עם ארה"ב בנושא לוחמה בטרור, נותר בשוליים עם הדדיות קלה של החלפת מידע. כך קובע דוח מחלקת המדינה של ארה"ב על הטרור העולמי בשנת 2013.
לעומת זאת, סין הרחיבה את שיתוף הפעולה עם מדינות באזור וערכה אימונים ללוחמה בטרור עם בלארוס, הודו, אינדונזיה, קזחסטן, קירגיסטן ורוסיה. מאמציה העיקריים של סין בלוחמה בטרור מתמקדים בתנועה האיסלאמית שבמזרח טורקסטן (East Turkestan Islamic Movement - ETIM). סין טוענת, כי הארגון פועל באזור שינג'יאנג, מחוז האוטונומי של העם האויגורי בצפון-מערב המדינה.
סין מתחה ביקורת על תגובתה של ארה"ב, לגבי פעולות שסין הגדירה כטרור. סין טענה שהדאגה של ארה"ב בנוגע ליחס למיעוטים וליקויים בשלטון החוק בסין, מהווים מוסר כפול בנוגע ללוחמה בטרור.
המיעוט האויגורי הואשם בביצוע מספר פעולות טרור בשנת 2013. אולם, הרשויות הסיניות לא סיפקו ראיות מפורטות על מעורבותם, והגבילו את יכולתם של עיתונאים ומשקיפים בינלאומיים לאמת את האשמות. דוגמה לכך היא אירוע שהתרחש ב-28 באוקטובר 2013. שלושה אזרחים אויגורים נסעו ברכב ופוצצו עצמם על גשר בכיכר טייננמן שבלב בייג'ינג. בפיגוע נהרגו שני אזרחים ו-38 נפצעו. הממשלה הסינית טענה, כי מדובר בפעולה של ETIM, כדי ליצור חוסר יציבות לקראת אסיפה פוליטית של המפלגה הקומוניסטית. למרות זאת, לא היו ראיות למעורבות הארגון בפיגוע.
מבחינת אכיפת החוק, הקונגרס הסיני תיקן חוק בסדר דין הפלילי הלאומי, שיכלול אמצעים להגנת עדים, קורבנות ואנשים אחרים שבטחונם האישי בסכנה, עקב עדותם בנוגע לאירועי טרור. החקיקה, שנכנסה לתוקפה בינואר, כללה צעדים שנויים במחלוקת, שחיזקו את הרשויות הסיניות ומאפשרות להן לכלוא אנשים החשודים בסיכון המדינה באמצעות פעולות טרור. בחקיקה זו נעשה שימוש לעצירת מתנגדי משטר, פעילי זכויות אדם ואנשי דת.
לאורך שנת 2013, סין הצהירה בפומבי על מחויבותה לעבוד עם גורמים בינלאומיים כדי להתמודד עם הטרור. סין המשיכה להביע תמיכה בשלוש ועדות של מועצת הביטחון של האו"ם: הוועדה המטפלת בסנקציות על אל-קאעידה, הוועדה ללוחמה בטרור והוועדה למניעת הפצת נשק גרעיני. סין היא אחת המייסדות של הפורום הגלובלי נגד טרור (Global Counter Terrorism Forum - GCTF). ובספטמבר 2013 הודיעה, כי היא תגביר את מעורבותה בפעילות הפורום באפריקה.
מבחינת שיתופי פעולה בנוגע ללוחמה בטרור, באוגוסט 2013 קיימו סין ורוסיה תרגילים משותפים בגבולן. בספטמבר השתתפו סין ועוד 18 מדינות בדרום-מזרח אסיה בתרגיל ללוחמה בטרור בראשות אינדונזיה וארה"ב. בנובמבר ערכה סין, לראשונה מזה חמש שנים, תרגילים משותפים עם הודו ללוחמה בטרור. באותו חודש התקיימו הסבב השלישי של תרגילי הלוחמה בטרור של סין ואינדונזיה.
