משרד התחבורה מחייב את חברות התחבורה הציבורית להשתמש באוטובוסים עירוניים ואינו מאפשר להן לעשות שימוש באוטובוסים בין-עירוניים.
ההנחיה האמורה פוגעת בבטיחות התלמידים ובנוחות שלהם, שכן באוטובוסים עירוניים יש פחות מקומות ישיבה (36 לעומת 51) ותלמידים נאלצים לעמוד צפופים זה לצד זה. יתרה מכך, באוטובוסים אלה אין חגורות בטיחות וכן אין פנסי הבהוב ושילוט להסעת ילדים, כפי שמחייבות התקנות באוטובוסים בינעירוניים המסיעים תלמידים.
גם עמדת הרשות הלאומית לבטיחות בדרכים ממליצה על חגירת חגורות בטיחות בנסיעה באוטובוס לרבות בנסיעה בתוך העיר. כלומר, גם גורמי המקצוע ברשות מעדיפים שימוש באוטובוסים עירוניים על פני בינעירוניים.
במשרד התחבורה אומרים כי תקנות הנגישות מחייבות שימוש באוטובוסים עירוניים נמוכי רצפה, המונגשים לנכים ולמוגבלים, וזאת בכל הקווים הפועלים בתחומי העיר ובכללם גם קווי התלמידים.
אולם בניגוד לדברי משרד התחבורה, אין צורך בנגישות בקווי תלמידים, שכן תלמידים נכים ובעלי מוגבלויות נגישות מוסעים למוסדות החינוך בהסעות מיוחדות ומונגשות. במילים אחרות, משרד התחבורה נותן "פתרון" שאשר אין שום בעיה ולמעשה יוצר בעיה חמורה יותר של בטיחות.
בנציבות שוויון זכויות לאנשים עם מוגבלות מבהירים כי הדרישה של משרד התחבורה לאוטובוסים נמוכי רצפה כלל לא הגיעה מהנציבות ואינה על-דעתה. בתשובת הנציבות נאמר כי "דרישה זו לא הגיעה מהנציבות, מאחר שהנושא אינו מוכר לנו".
חובת הנגישות בקווי תלמידים נגזרת מכך שמשרד התחבורה הגדיר אותם כקווים עירוניים, וקווים עירוניים חייבים להיות מונגשים. החובה חלה רק בנוגע לאשכולות הפעלת התחבורה הציבורית החדשים, ולא באשכולות המופעלים על-ידי המפעילים ההיסטוריים -
אגד ודן. הפתרון לכך, הוא לבוא ולקבוע שכדי להסיע תלמידים ניתן יהיה להשתמש באוטובוסים בין-עירוניים.
באופן תמוה, מתעקש משרד התחבורה להגדיר את קווי התלמידים כקווי שירות לכל דבר למרות שמאפייניהם שונים מאשר יתר הקווים: הם אינם פועלים בחופשות בתי הספר; מסלולי הנסיעה שלהם מותאמים לפי בתי הספר; שינויי לו"ז נעשים על-בסיס יומי בהתאם לצרכי בתי הספר; מספר הנוסעים בהם שאינם תלמידים אפסי וכן הסדרי התשלום מיוחדים. אפילו משרד התחבורה עצמו, במסגרת הסכמים ומכרזים מול המפעילים, מציין את קווי התלמידים כקטגוריה נפרדת.
מדוברות משרד התחבורה נמסר כי "קווי התלמידים הינם קווי שירות לתלמידים הפועלים בתשלום, באמצעות כרטיסיות, בין תחנות קבועות בעיר ועל-פי לו"ז קבוע ולכן נחשבים קווי שירות של התחבורה הציבורית לכל דבר ועניין. אילו לא יהיו קווי התלמידים קווי תחבורה ציבורית, יהפכו הקווים לקווי נסיעה מיוחדת ולא יישארו באחריות משרד התחבורה".
בהערת סוגריים, ברשות הלאומית לבטיחות בדרכים ציינו עם זאת, כי רמת הבטיחות של כלי רכב אינה רק פונקציה של חגורות הבטיחות והפנסים המהבהבים, אלא גם של גורמים נוספים כמו מצבו המכאני של כלי הרכב, אקלים הבטיחות באוטובוס או בהסעה ועוד. ולכן, לא ניתן לקבוע באופן נחרץ שרמת הבטיחות בהסעות מאורגנות גבוהה יותר. סוגיית העלות אינה קריטריון כלל לעמדת הרשות ובאופן כללי לא ניתן לקבוע נחרצות כי הסעה מאורגנת יקרה יותר לרשויות מאשר תשלום לתחבורה ציבורית. בנסיעות בין-עירוניות יש לחייב את הילדים לשבת חגורים בחגורת בטיחות הן בהסעה מאורגנת והן בתחבורה ציבורית.
כתוצאה ממקרה של תאונה שנגמרה במוות תלמידים נקבעו נהלים לקווי תלמידים הקובעים בנסיעות מיוחדות חובת חגירת חגורות בטיחות, איסור עמידה בנסיעה ועל הנהגים להסיע הסעות תלמידים ולהביא אישור שאין להם הרשעות בתחום עבירות מין. כל אלה אינם חלים כאשר באים ומגדירים את השירות כקו תחבורה ציבורית רגיל. סיכומו של דבר, מדיניות משרד התחבורה מוזרה ומקוממת. היא מרעה עם התלמידים, מרעה עם המפעילים ואף נושאת לשווא את שם הנגישות גם כאשר אין לו קשר לעניין, וגם בניגוד לעמדת הגורמים המקצועיים בנציבות שוויון זכויות לאנשים עם מוגבלות וברשות הלאומית לבטיחות בדרכים. המאסדר (רגולטור) מתקשה להיפטר מעודף הסמכויות שלו וזה מובן, אבל מאבקי הסמכויות הללו אינם יכולים לבוא על-חשבון בטיחות הילדים שלנו.