בשנת 1976 מינה שר החקלאות אהרן אוזן ועדה על-מנת לחקור את תופעת ההשתלטות על אדמות מדינה. בראש הוועדה עמד מאיר זורע, אז ראש מנהל מקרקעי ישראל. בהמלצת הוועדה הוקמה באותה שנה הסיירת הירוקה והוכפפה לרשות שמורות הטבע. מנהלהּ הראשון של הסיירת הירוקה היה אלון גלילי וב-1990 החליפו אל"ם במיל. גלעד אלטמן. משנת 2005 עד שנת 2014 כיהן בתפקיד אל"ם במיל נפתלי כהן. משנת 2014 החל לכהן בתפקיד אורי מלכה. ב-1992 הועברה האחריות על רשות שמורות הטבע ממשרד החקלאות אל המשרד להגנת הסביבה. סמכויות הפיקוח והאכיפה מוקנות לפקחי הסיירת מכוח סעיף 60(א) לחוק הגנים הלאומיים, שמורות טבע, אתרים לאומיים ואתרי הנצחה, תשנ"ב-1992. ב-22 באוגוסט 1995 קיבלה ממשלת ישראל את החלטה 6014, מכוחה מונתה ועדת מנכ"לים שתפקידה לתאם את פעולות הסיירת. תחומי האכיפה בה היחידה פועלת מטעמם של הגופים הבאים: קרן קיימת לישראל - הסדרת מרעה ביערות ואיתור שטחים לנטיעות משרד הפנים - איתור בנייה בלתי חוקית בשטחים פתוחים משרד הביטחון - טיפול בהסגות גבול (רעיה בלתי חוקית, בניה במחוברים וגניבות) בשטחי אש. משרד החקלאות - הסדרת מרעה בשטחים פתוחים ואכיפת פקודת היערות הסוכנות היהודית מנהל מקרקעי ישראל - טיפול בעיבוד לא חוקי של אדמות מדינה, מניעת כרייה בלתי חוקית המשרד להגנת הסביבה - אכיפת חוק איסור נהיגה בחוף הים מקורות - פיקוח על תוואי המוביל הארצי רשות הטבע והגנים - פינוי פולשים ופיקוח צייד מע"צ - טיפול בשלטים שהוצבו בניגוד לקבוע בחוק הדרכים (שילוט) ה'תשכ"ו - 1966. הגופים שהסיירת הירוקה מבצעת בעבורם פעולות פיקוח משתתפים במימון פעולותיה. מינהל מקרקעי ישראל מממן כשליש מעלות הפעולות. על-פי החלטת הממשלה המסדירה את פעילות הסיירת היא פועלת בהתאם לסעיף 74 לתקנות ההגנה לשעת חירום הקובע כי "רשאי כל חבר לחילות הממשלה וכל שוטר לתפוס ולעצור כל סחורות, חפצים, תעודות או דברים, שיש לו טעם לחשוד שלגביהם נעשתה עבירה על התקנות". כמו-כן בסעיף 125 לתקנות, המקנה למפקד צבאי סמכות להכריז על אזור כעל שטח צבאי סגור כך ש"כל אדם הנכנס לתוך כל שטח או מקום, או יוצא מתוכם, במשך כל תקופה, שבה עומד בתקפו צו כזה ביחס לשטח או למקום ההם, ללא תעודת-היתר בכתב שהוצאה בידי המפקד הצבאי או מטעמו, יאשם בעבירה על התקנות".

ב-1994 כינה חוקר הבדואים יצחק ביילי את הסיירת "גולם שקם על יוצריו". לטענתו לא מסתפקת הסיירת באכיפת החוק אלא מתווה מדיניות שמטרתה להצר את צעדיהם של הבדואים, כולל אלה מהם המשרתים בכוחות הביטחון. בשנים 2002-2004 הפעיל מנהל מקרקעי ישראל בשיתוף הסיירת מטוסים קלים לשם ריסוס אדמות מדינה שנזרעו שלא כדין על-ידי בדואים. ב-2005 הוצא צו על תנאי האוסר להשתמש באמצעי זה. ב-2007 הכריע בית המשפט העליון כי פעולות אלה אינן חוקיות. הכותרת של כתב מעריב בנושא זה הייתה הקידוחים "גילו" את הבדואים. הכוונה למאהלי פח וצריפים שקמו סביב מתקני הקידוח עליהם שומרים בדואים והמעלים אט אט את משפחותיהם ועדריהם מהנגב לאזור אשדוד. ליד המאהל מסתובבים גמלים (בחלקם עדרים מסיני), כלבים לא מחוסנים, חמורים, וסוסים בלתי מחוסנים ומותירים אחריהם אזור יבש, חרוך והרוס. בעלי החי אוכלים הכול, חודרים לשדות ופוגעים בשמורות טבע ובפינות ירוקות. שמורת הטבע הידועה "השיטה המלבינה" בסמוך לאשדוד נאכלה ברובה. יתר על כן, עובדי רשות שמורות הטבע מאיימים כי אם הממשלה לא תטפל במטרד הם יארגנו מתנדבים שיסלקו בכוח את "הפולשים". השלטונות מאפשרים לבדואי לרשום בסניף הדואר את מגוריו בהגדרות מגוונות כמו "סמוך לאשדוד", "צומת קסטינה" ודומיהם. בעזרת רישומים אלה הוא מוכיח לנציגי הרשות כי הוא רשום כחוק ואפילו ילדיו הוזמנו ללמוד בבית ספר סמוך. חלקם נוהגים לומר כי הם גרים כבר במקום 15 שנה ואין אפשרות להזיזם. הכתב מסיים את הדיווח בביקורות נוקבת כלפי הממשלה שנוהגת "ברכות" כלפי "הפולשים" ואינה מחזירה אותם לנגב ולסיני. לדעתו, לדעתו של הכתב לביצוע פעולה מעין זו - שווה כל מחיר.

עיתון דבר, ביטאונה של מפא"י וההסתדרות באותה עת, פרסם הודעה בדצמבר 1976 בדבר גילוי של מחסן של חומרי הדברה ואביזרי השקיה גנובים משדות החקלאים בשווי כספי של כ-4 מיליון ל"י. על האירוע הזה דיווח שר החקלאות אהרון אוזן לנציגי ההתיישבות העובדת ובה נכח גם שר המשפטים חיים צדוק ונציג המשטרה ניצב מ' יעקובי. במעמד זה הציע שר החקלאות להטיל את הטיפול בנושא על "הסיירת הירוקה" בפיקוד מנכ"ל רשות שמורות הטבע הח"כ אברהם יפה. לבסוף קבע הכתב כי "הסיירת הוקמה לשם מניעת התנחלות בלתי חוקית על אדמת הלאום ותפקיד זה ידרוש תוספת כוח אדם ורכב". בשנת 1978 היו 22 אזכורים לפעילות הסיירת הירוקה בעיתונים היומיים בישראל. בינואר 1978 התפרסמה ידיעה בעתון "דבר": ועד הבדואים טוען: הסיירת הירוקה החל בהרג שיטתי של עדרי צאן. תחת הכותרת פירט העיתון כי הסיירת הירוקה שהיא תחת אחריותו של שר החקלאות אריק שרון, החלה להרוג באופן שיטתי את עדרי הצאן של הבדואים בנגב. הוועד תובע להעמיד לדין את האחראים ולחייבם בתשלום פיצויים נאותים. כן תבעו חברי הוועד להקים עבור הבדואים בנגב כפרים חקלאיים בהם יוכלו לחיות כאזרחים שווי זכויות וחובות במדינת ישראל.

במאי 1987 דיווח עיתון "דבר" על ישיבת "המערך" בנושא השתלטות הבדואים ועדריהם על קרקעות המדינה בנגב. מעמדות המשתתפים ניתן לראות את השקפות העולם של המפלגות והסיעות שהרכיבו את "המערך" באותה עת. ז'אק אמיר טען שצריך לסלק את הבדואים מהאדמות כדי להביא תעשיה לנגב; ח"כ מנחם תלמי (מפ"ם) טען שבד בבד עם הטיפול בשאלת הבדואים יש לאפשר להם לעסוק בחקלאות; ח"כ יגאל אלון הציע בתמיכת מספר ח"כים להקים ועדה פרלמנטרית בנושא ולדון בכך באופן רחב יותר. אישים בכירים במערך הזכירו כי בעבר הוצעו לבדואים מיליוני לירות עבור התפנותם כולל מתן קרקעות חליפות אך העניין לא הסתייע. הם הזהירו שאם לא ניקטו צעדים כנגד הפלישה הבדואית המתח רק יעלה בשנים הבאות. שמעון פרס הציע להבדיל בדיון בין "הטיפול הנוקשה" של הסיירת הירוקה בפולשים הבדואים לבין הצורך להפקעת הקרקע חזרה מדי הבדואים שהתמקמו בסמוך לירוחם, לידי המדינה, לטובת הקמת מפעל תעש העשוי להציל את העיירה. ח"כ הדר ביטא עמדת רבים ודרש יד תקיפה יותר כלפי הבדואים הפולשים ואף קרא בתום הדיון "האם אנו צריכים לוותר על הנגב למען הבדואים"?

עיתון "דבר" מ-18 בספטמבר 1979 מדווח על עליית המתח בין הבדואים לסיירת הירוקה בנגב. הכתב סיפר על קבוצה גדולה של בדואים שנעים בכיוון "רמת מטרד" שם עומדת המדינה להקים שדה תעופה צבאי בעקבות פינוי צה"ל מסיני לאחר הסכם השלום. הקבוצה מורכבת מ-12 משפחות הנושאים עמם בקר, צאן, חמורים וגמלים וכן חומרי בניה ומטרתם להתיישב שם, להפריע בבניית שדה התעופה ולזכות עקב כך בפיצויים מוגדלים. הקבוצה הבדואית פנתה לעורך דין ידוע בבאר שבע שינחה אותם בהיבטים המשפטיים של מהלך זה. במקביל, התקבלה במשטרה תלונה של איש הסיירת הירוקה שטען כי הותקף בסכינים ופגיונות בקרבת שדה בוקר על-ידי בדואים שקראו קריאות גנאי כנגד יהודים. הבדואים מלטו מהמקום והמשטרה לא הצליחה לעצרם. עוד מסר הכתב על חבלה חמורה בקו המים הראשי ליד מצפה רמון שנגרמה על-ידי הבדואים. כן דווח על 19 חבלות נוספות בקווי המים שמשמשים רק את הבדואים ובעיקר בקו בין נבטים לערד. הנכבדים הבדואים טענו להגנתם כי רק קבוצה קטנה של בדואים מוסתים היא שגורמת לפרובוקציות אלה. בנוסף התגלתה חבלה בקו הביוב המיוחד מהמפעלים הכימיים ברמת חובב מדרום לבאר שבע.

במסגרת הדיונים על הקמת שדה תעופה שלישי בנגב עקב הסכמי השלום פרסם אלוף (מיל) מתי פלד במעריב מ-10 באוגוסט 1979 מאמר בשם "שאלת השדה השלישי" בו הוא מציג את עמדת השמאל כלפי פינוי הבדואים, כלפי חוק המקרקעין החדש וכלפי הפתרונות העתידיים עבור השבטים. פלד תוקף את "החוק לרכישת מקרקעין" (הסכם השלום עם מצרים) שיאלץ מעתה את הבדואים להיכנס למו"מ עם מדינת ישראל על תנאי חיסול אורח החיים המסורתי שלהם. מהר מאוד הם יהפכו לדעת פלד לפרוליטריון חסר זהות ללא קרקע, מסורת ותרבות. התחייבות ישראל לפנות את הבדואים ולבנות שם שדה תעופה עומדת בניגוד לעקרונות "מגילת העצמאות" ואין לה שום קשר עם הסכם השלום עם מצריים. פלד כופר בצורך בשלושה שדות תעופה חדשים וטוען שאת השלישי, המתוכנן לנגב, יש להקים רק לאחר שיאותר שטח חליפי לבדואים שיבטיח להם המשך קיום חייהם המסורתיים. המדינה לטענת פלד, מעוניינת בהזדמנות זו לגרש את הבדואים בכל השטח שממזרח לבאר שבע ולהפוך את הבדואים לחקלאים זעירים ללא קרקע באזור אחר או לפועלי תעשיה ומסחר בערי הנגב. המדינה לדעתו, הטרידה בשנים האחרונות את הבדואים באמצעות "הסיירת הירוקה" כדי להשיג את גירושם מקרקעות המדינה בלא פתרון חליפי אמתי.

ביוני 1979 כותב שלמה גבעון במעריב כי נציגי קיבוצים המחזיקים אדמות באזור אמציה ולכיש פנו לאחרונה לסיירת הירוקה וביקשו את עזרתה במניעת חדירה של עדרי בדואים הגורמים נזק רב לשדות התבואה. ידיעה זו נמסרה לכתב העיתון מאת הסיירת הירוקה. תחילה הותר למספר עדרים לרעות בשדות השלף לאחר קציר החיטה והאפונה לזרעים אבל הרועים מוליכים את העדרים לשטחים שטרם נקצרו וגורמים נזק כפול – אוכלים את היבול ומשטחים את הקמה כך שהיא לא ניתנת לקציר על-ידי הקומביין. נציגי הקיבוצים שדה בוקר, כרמיה, זיקים ואורים ספרו אלפי ראשי צאן (כ-20 עדרים) שהסתובבו חופשי בין השדות ללא פיקוח. תחילה פנו הקיבוצים למשטרה אך זו העבירה התלונה "לסיירת הירוקה" המצוידת ברכבי שטח ובאמצעים אחרים כדי לנוע במהירות ולגרש את העדרים. ראשי הסיירת הירוקה הודיעו באמצעות כתב העיתון שהם נערכים למבצע בין שני שלבים: בשלב הראשון תינקטנה פעולות אזהרה תוך הרחקת העדרים מאזורים אסורים ברעייה ובשלב השני, יוגשו כתבי אישום ויוטלו קנסות על הבדואים העבריינים.

העיתונים היומיים מדווחים על העימותים בין הסיירת הירוקה והבדואים על-פי השקפתה הפוליטית של מפלגתם. מעריב, כלי מבטא של המרכז הפוליטי, הרבה לדווח על הנזקים שגורמים הבדואים באשר לקרקעות המדינה ולחקלאים; עיתון "דבר" מדווח על פעילות הסיירת הירוקה ומשתדל לקשור זאת בצורך בחוק המסדיר את אורח חייהם בנגב ואת רצונה של הממשלה להעבירם לאורח חיים מודרני; "על המשמר" ואישי השמאל הבליטו את הפעילות "הלא חוקית" של הסיירת, את האלימות שהפגינו כלפי העדרים והשבטים ואת תביעתם המוצדקת לפי העיתון לפיצויים הולמים בקרקע חלופית, בכסף ובתשתית לכפרים חקלאיים משלהם. בפועל מצטיירת תמונה שהסיירת שקיבלה מנדט ממשרדי הממשלה למניעת השתלטות על קרקעות המדינה נהגה לא פעם באלימות שלא לצורך, כולל הפחדות, החרמות, הצתות וקנסות. תגובתם של השבטים שסברו שזו מלחמה שנועדה לגרשם לנגב הרחוק ולסיני לבשה אופי שכלל צעדים בלתי חוקיים, נגרמו לנזקים רבים לשדות החקלאים, וכן גנבו, שרפו ואף איימו וירו לעבר אנשי הסיירת. מיעוט בקרב הבדואים שנתמך על-ידי השמאל, תבע הקמת ועדה שתשמע את טיעוניהם ותפתור את הבעיה על-ידי מתן משאבים חילופיים לקרקע המדינה תוך שמירת אורח החיים המסורתי שלהם. בשלהי שנות השבעים הזדרזה הממשלה בהכנות לפינוי אזור מלחתה וחוקקה את "החוק לרכישת מקרקעין בנגב", שהתקבל בכנסת בשנת 1980 ושנשאר תקף עד היום. החוק הכיר לראשונה בתולדות מדינת ישראל בתביעות לבעלות על הקרקע של הבדואים בנגב. לאחר קבלת החוק הייתה "הסיירת הירוקה" לכלי בידי הממשלה על-מנת להטריד ולפנות במהירות את הבדואים מאזור שדה התעופה המתוכנן לקום במלחתה. על-אף שרוב הבדואים התנגדו לחוק ולפינוי שאמור היה לבוא בעקבותיו, הם שיתפו פעולה משום שבראש מנהלת הפינוי הועמד דודיק שושני, איש קיבוץ להב, שהיה מקובל על הבדואים כאישיות ישרה והוגנת ומנע התלהמות ושפיכות דמים בעת הפינוי.